A Igreja começou a ser construída em 1663, pelo generoso devoto Affonso Corrêa de Pina, com esmolas da população, num sítio oferecido pelos herdeiros de Martim Afonso de Souza, “ARARIBÓIA”. Em 17 de agosto de 1671 na pequena ermida de São Domingos foi lavrada a escritura da igreja de Nossa Senhora da Conceição de Niterói pelo tabelião Manoel Cardoso Leitão. A partir desta data, formou-se a Irmanda
de de Nossa Senhora da Conceição, que administra o seu patrimônio, até os dias de hoje. Em 1770, a pequena ermida foi derrubada e construída uma nova igreja. No século XIX, os festejos em honra a Nossa Senhora da Conceição já eram os mais concorridos, com a presença do presidente da província, membros da corte que atravessavam a baía da Guanabara em vapores, a Guarda Nacional que em forma de parada acompanhava a procissão, além de um grande número de devotos que vinham das freguesias de Jurujuba, São Gonçalo, São Lourenço e Itaipu. Em 1850, por provisão do Bispo do Rio de Janeiro D. Manoel do Monte Rodrigues de Araújo (Conde de Irajá), a Irmandade foi elevada com o título de Confraria de Nossa Senhora da Conceição da Imperial Cidade de Nictheroy, com direito a uso de hábito. De 1839 a 1854, a Igreja da Conceição foi sede e matriz da cidade, guardando em seu Altar a imagem de São João Batista, padroeiro de Niterói, que foi levado em solene procissão no dia da inauguração da nova Catedral. Com a elevação do Bispado de Niterói à Arcebispado, nossa Irmandade foi elevada com o título de Arquiconfraria de Nossa Senhora da Conceição de Niterói, em 24 de janeiro de 1964, por decreto assinado por D. Antonio de Almeida Morais Junior. Todos os anos as festividades em honra a Nossa Senhora da Conceição no dia 8 de dezembro, revestem-se de grande gala, pois comemoramos mais de três séculos de existência.
