Chùa Ba La Mật nay thuộc xã Phú Thượng, huyện Phú Vang, bên phải đường từ Huế về Thuận An, cách Đập Đá khoảng 2km, đối diện với Nhà máy Bia Huế. Người khởi dựng năm Đồng khánh nguyên niên (1886) là bà Công Tôn Nữ Thị Tư (1839-1899), hiệu Thanh Trất Từ Thiện phu nhân, tạo nơi tu hành cho chồng, ông Bố chánh Nguyễn Khoa Luận (1834-1900), bán thế xuất gia, pháp danh Thanh Chân, Pháp Hiệu Viên Giác đạ
i sư.
Ông tự Đàm Trai, thuộc đời thứ chín họ Nguyễn Khoa, cháu nội của Nguyễn Khoa Minh, con thứ năm của Nguyễn Khoa Học, sinh ngày 6 tháng Hai năm Giáp Ngọ (15.03.1834). Bấy giờ, Pháp đã chiếm Nam Kỳ, lại đánh ra Bắc Kỳ, ông đau lòng, dâng sớ đề nghị cử người đi ngoại quốc học pháo binh, mua súng tố và cải cách quân đội để khôi phục và giử gìn cơ đồ, nhưng triều đinh không nghe, lại bị nhóm chủ hòa châm biếm, vu khống. Năm 1882, ông làm Bố chánh Quảng Ngãi, bắt đầu đi lại với sư chùa Thiên Ân, tìm hiểu giáo lý nhà phật. Năm 1884, đổi ra Bố Chánh Thanh Hóa, khi nghe tin vua Hàm Nghi xuất bôn và phát hịch Cần Vương, ông cũng hưởng ứng, sửa soạn thành trì, đạn dược. Nhưng việc không thành, ông xin treo ấn từ quan, lên chùa trên núi nằm dưỡng bệnh. Pháp nghi ngờ theo dõi, ông bực mình theo đường núi vào dẫn đến Quảng Ngãi, ở chùa Thiên Ân, ít lâu trở về Huế, cũng ẩn tích trong các chùa, rồi cắt tóc quy y với hòa thượng Hải Thiệu chùa Từ Hiếu. Phu nhân là Thanh Trất Từ Thiện thấy ông lênh đênh nay chùa này mai chùa nọ, bèn bỏ tiền riêng và quyên góp bà con, dựng ngôi chùa Ba La Mật để sư tu hành, ở kề nhà thợ họ. Năm 1891, ông thọ tỳ kheo giới tại đại giới đàn Báo Quốc do hòa thượng Hải Thiệu làm đường đầu, qua năm 1894 thì thọ Bồ Tát giới, pháp húy Thanh Chân, pháp danh Viên Giác. Năm Canh tý (1900), đại sư lâm bệnh, yếu dần, truyền y bát cho đệ tử Viên Thành, rồi thị tịch ngày 27 tháng sáu (23.07.1900). Đại sư Thuộc đời 41 dòng Lâm Tế chính tông. Sư Viên Thành kế thế trụ trì chùa Ba La Mật. Đến năm 1923, sư Viên Thành lập riêng chùa Tra Am, giao lại cho đệ tử là Trí Hiển về trụ trì. Đến năm 1928, sư Viên Thành viên tịch, Trí Hiển phải lên Tra Am làm giám tự, rồi cũng viên tịch (1840), đại đức Trí Thủ kế thế trụ trì Ba La Mật. Dòng họ Nguyễn Khoa, do bà vợ Nguyễn Khoa Tân giữ chức hội chủ, vận động bà con trùng tu lần đầu năm 1924, lần thứ hai năm 1937(có bia), lần thứ ba năm 1943, năm 1992 xây thêm thành phía trước và nhà thờ phía sau. Khuôn viên chùa rộng khoảng 2.500m2, có la thành bao quanh. Giấy tờ lưu trữ gồm trích lục địa bạ, di vật có tấm bia khắc bài văn thuật tiểu sử Viên Giác đại sư.
