「看哪，我要做一件新事；如今要發現，你們豈不知道嗎？我必在曠野開道路，在沙漠開江河。」（賽四三：19）
主後1874年7月26日，加拿大長老教會宣教士偕叡理（馬偕）博士，將福音帶到新店。暫借高霞嫂房舍作為佈道所。
1883年因信者增多，遂於碧潭東岸，現今灣潭渡船頭附近，用石塊、土确、茅草起造第一所禮拜堂，有長條椅60條，約可容納200會眾禮拜。獻堂後半年（1884年10月3日）因中法戰爭爆發。暴徒藉口基督徒通敵，信徒多人殉
教，教堂遭到拆毀。
1885年偕牧師獲清朝巡撫劉銘傳，賠款一萬墨銀，重建新店等十所禮拜堂。尤其新店禮拜堂選定碧潭東岸，現今新店路95-97號屋後河邊為基地，採哥德式建築。包括七層鐘塔，美侖美奐。二層置有荊棘圖案，象徵「焚而不燬」精神，這是第二所禮拜堂。不幸1924年設教50禧年當天，新店發生罕見大水災，整座教堂毀於洪流。
災後，牧師郭水龍帶領會眾在現址（國校路22號，後街91號），堅定信心重建聖殿，終於1927年11月19日完工獻堂。
1995年起，教會為宣教作準備，培養門徒，積極推動成人主日學。聖靈大大感動，在「不是老師就是學生」的號召下，全體兄姊熱烈參與上課。出席主日禮拜的人數約150人，出席上、下午課程人次達170人，因此，教室不敷使用，遂有禮拜堂擴建之議。曾有多位建商想與教會合建，幸楊耀弘牧師及多位有遠見的同工極力反對，上帝的基業才得以保全，且擴張地界。但是以教會原有的土地根本不能取得建照，若能改建完成，那真是主奇妙的作為，在曠野開道路，在沙漠開江河。
2000年1月30日舉行和會，確定改建之議，追討被鄰舍佔用之土地約20坪。並購併土地。2001年1月19日召開聖殿改建委員會，2004年1月11日通過結構外審及舊堂拆除執照，並銓衡發包小組，2004年9月26日開工，幾經波折始建構完成，終於在2008年11月11日取得使用執照。
當我們數算過去時，看見信仰前輩佳腳蹤值得我們跟隨;展望未來時，讓我們共同竭智盡力多做主工，以期更加榮神益人。
