民國六十四年歲次乙卯公元一九七五年，宇宙主宰無極混元玄玄上尊及木公老祖、瑤池金母下降玄門發祥地玄樞院創立玄門。並奉無極混元三聖大天尊懿旨。以玄樞院，為無極混元三聖大天尊所屬玄門總廟，無極聖教及無極道脈之總部。嗣奉三聖尊旨令創立五樞院(即玄樞院,中樞院,文樞院,監樞院,靈樞院)。民國六十四年歲次乙卯,一九七五年九月,于現址著手開山建院。公元一九七六源菊月正殿初模竣工，同年十月二十八日無極混元瑤池金母大天尊新聖像安座開光，並定是日為玄樞院院慶。公元一九七八年奉旨安奉無極混元玄玄上尊大天尊，無極混元木公老祖大天尊寶像.公元一九七九年成立管理委員會，公元一九八三年歲次癸亥奉旨改制為財團法人無極混元玄樞院，終於公元一九八八年歲次戊辰十月竣工，同月二十一日安奉重塑之無極混元三聖大天尊及儒殿，釋殿諸仙佛寶像。
無極混元玄樞院，鍾靈聖蹟，萬年聖地，座東北朝西南，前瞻日月乾坤湖，北據龍窟，南踞虎穴，映眼翠綠竹林，花香鳥語，清淨不染，天地靈氣降聚聖地，北式建築，巍峨雄偉，古色古香，綠木扶疏，為禪修絕佳聖地。巍峨廟宇屹立於綠翠廣院中，結構高達三十七尺，外貌寬大宏偉，屋頂鋪設黃色琉璃瓦，色彩艷麗，光彩奪目。
本院中殿奉祀主神無極混元三聖大天尊，即玄玄上尊、木公老祖、瑤池金母，乃萬靈至尊。左輔南天文衡聖帝，右弼法事主席南宮孚佑帝君，前奉祀先天豁落靈官王天君、中壇元帥，左殿儒門，奉祀至聖先師孔夫子、文昌帝君、九天司命真君、李太白仙翁、邱長春仙翁，右殿釋門，奉祀三寶佛即釋迦牟尼佛、藥師佛、阿彌陀佛，及燃燈古佛、觀世音菩薩，混元一炁護法天王即不動明王，集儒道釋為一體。神人合一共同弘揚無極至理，及中國固有倫理道德，為禪修重地，修心養性，返本皈元之聖院。本院，經無極混元三聖大天尊，玉皇大天尊及佛仙聖神親駕經長年累月，著成真宗寶鑑，玄門秘笈及無極混元真經等三大經書,作為玄生修道禪修之寶鑑。
本院以董事會為決策管理及執行單位,推動院務聖事等。本院興建先後歷經十三載,自奉旨創院至今業已四十年,此生難得有幸,能在宇宙主宰無極混元三聖大天尊座下修道,應以感恩之心,造功立德,本院奉無極混元三聖大天尊之旨意為一禪修道場.
