本宮恩主 開基 欽冊御妹 玉三聖母娘娘，原為明鄭時期由官軍隨艦奉迎來台，龍神渡海來台已屆三百餘年，肇自祖家 【台南 山上天后宮】延祀，前身則為故居【台南大內 三崁天后宮】之開基二媽。
三崁故居舊址，原位於古曾文溪河道旁，為諸羅縣與府城交界，見證著販運樟腦、鹿皮來往商客船舶，為大武壠與倒風內海航運之貿易中繼站，一時善信如織，人口最盛時期，據說有三千口火鼎，目前僅存乾隆年間大武壠巡檢駐紮的隘門遺跡與可供會車的一段石板路‘’雙獻街‘’可供憑弔，見之無不感嘆滄海桑田，遙想當年，其繁盛可見一斑。
日換星移，清道光三年，因連日續暴雨，致曾文溪(此段古稱灣裏溪)改道氾濫，造成土石流，並於上游形成堰塞湖，此也導致下游的倒風內海淤積；至清道光二十三年間，位於三崁上游的堰塞湖崩潰，造成更大的洪災，山崩地裂，此次天災，也使得地處的下游倒風內海全面淤積塞，亦是傷亡慘重，而內海航運也日漸式微。
面對無情的天災肆虐，一時間多處村毀人亡，尤在三崁庄頭，更為死傷慘重，家戶無力收埋遺體，更導致瘟疫病肆虐，恐有毀庄廢村之厄，當年的玉三聖母娘娘雖明白生死自有定數，然慈心難捨，不忍生靈塗炭，更為保全三崁庄民，不惜逆觸天條，逆風救命，朝見玉帝叩求告免，並於金殿之外長跪，為民乞命，只求為三崁留下人丁人種，讓庄民在劫後餘生，還得以繁衍生息。
蒼天灼見，念聖母精誠所至，慈心有感，遂允得保三崁庄中人丁人種，但逆天犯責，須削職並於原址囚禁百年以示懲處即“革職留任”，待百年期滿後，必須捨去主神之尊位，從頭開始，終於在百年之後的昭和17年，責滿起用，調任至僅一水之隔的 祖廟【山上天后宮】，銜綬天上聖母三媽之職。
民國四十二年，三媽在位於嘉義市番仔溝的嘉義第四機械廠宿舍，始安符設壇濟世，因聖母神威顯赫，治癒諸多疑難雜症，香火日盛，遂鳩資以名貴香木，延聘名師恭雕今玉三聖母聖像，謹於民國四十四年十月十五日開光。
民國四十五年至四十八年間，由先賢林料安恭請三媽金身，往返全台各地開壇濟世，遊縣吃縣，遊府吃府，因善信日眾，僅有每逢農曆過年或壽誕方才請回過節，沒幾日便又被請出門遊巡濟世。
民國四十八年八月，金身終回嘉義永鎮，同年十月，聖母採先賢莊清木出輦濟世，拯民無數，始為現今的嘉義天后宮奠定了深遠的基礎，遂於民國五十六年，由先賢柳啟鏞擔任管理委員會主任委員，率領眾人操持宮務，終於嘉義市林森東路現址，落戶奠基，即今【嘉義天后宮】。民國六十二年，宮務香火日盛，成立財團法人，由先賢蔡結擔任第一屆董監事會董事長。
民國六十三年間，上蒼 念聖母於前捨身濟世，後續匡世扶化，終蒙上蒼綬獲殊勛，欽命冊封為御妹，晉［玉］字，如同賜國姓，擢封為【玉三聖母】，為祖家山上玉二聖母後，唯二獲玉旨頒封玉字之天上聖母。
民國七十三年，增購廟後土地，同年十二月，舉行重建動土奠基，至民國七十八年九月（農曆八月十五日），舉行臨時入火安座。
民國八十年六月十五日產生第三屆董監事會執行建宫事務，全體團結，奉獻犧牲，積極籌措，逐步發包，外部剪粘、人物皆用交趾燒，名師呂勝南與吳龍先生作品，牆壁貼丁字磚，內部神房結網一色木雕，畫樑雕棟，按金畫色，巍峨莊嚴，富麗堂皇，善信遍佈全國各地，香火鼎盛。
茲因玉三聖母正取頭籤 先賢莊清木仙逝，民國九十二年間由時任董事長率董監事會，恭向玉三聖母娘娘求禱，冀採取新乩以利濟世萬方，於民國九十三年三月，選定正取頭籤金子 李○宇，續而扶輦濟世，並指示自此後，嘉義天后宮永不再採納任何新乩，日後以認理默化為主，此永為庭訓。
同年隨即連續辦理三年之夜巡遶境，招安驅邪，保境安民，一時盛況空前，亦為嘉義市暗巡之濫觴。
民國九十六年謹遵奉 玉三聖母娘娘 懿諭，擇於民國九十八年二月十二至十八日，舉行湄洲天后宮謁祖進香，活動共計六百餘人參加，搭乘【合富號】客輪，並遵循古禮，以盛大的儀杖，由嘉義縣布袋港直航福建湄洲港，為兩岸的首次合法客運首航。
民國九十八年二月十九日上午，副總統蕭萬長代表總統馬英九蒞臨致贈「孚佑遐方」匾額，感念玉三聖母護國庇民，保佑蒼生平安。
民國九十八年，奉聖諭申請成立「財團法人嘉義市天后宮附屬玉三聖母扶濟慈善會」，積極主動關懷弱勢，持續推動社會公益。民國一 0 八年四月，在秉持玉三聖母聞聲救苦的廣大慈悲精神，致贈嘉義市消防局湖內分隊救護車「玉三聖母號」，徵示玉三聖母慈悲顯化，實現於扶危救傷、搶救寶貴生命於頃刻之間。
民國一 0 二年，謹遵 玉三聖母娘娘指示辦理【有苦方有憶，歷艱而煉心】的徒步進香活動，玉三聖母帶我們故地重臨，探視讓祂悲憫牽掛的一切人事物，連接起相距百年又分隔百里兩地的牽掛，宛如一位母親般的，不辭辛勞百里跋涉，回返故居的那個家，只為看看一眼祂在那裡的孩子們，這片慈心，令人感佩動容。
本宮董監事會 奉聖諭 即統籌整備，聖母並指示現任蕭總幹事推動【默行文化】，閤宮上下內外一心，戮力推動徒步進香相關事宜，始行經歷三年單程緩衝期完成後，即為「嘉南盛事-行百里心香路」-【嘉義天后宮玉三聖母復駕故居行視巡安進香】，以由玉三聖母鑾駕引領花婆腳們，以苦行的方式，晝夜不息、曉行夜赴，鑾駕全程步行，是為嘉南地區最具規模之長程徒步進香，在進香活動中，每位花婆腳們遵守本宮良好的紀律，獲官署肯定，目前已然成為嘉義市每年標的性的重要優質宗教活動。
