วัดเบญจมบพิตร เดิมเป็นวัดโบราณ มีชื่อว่า "วัดแหลม" หรือ "วัดไทรทอง" ไม่ปรากฏหลักฐานว่าสร้างในสมัยใด จนถึงปี พ.ศ.๒๓๖๙ ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๓ จึงปรากฏชื่อขึ้นในประวัติศาสตร์ เมื่อเจ้าอนุวงศ์ผู้ครองนครเวียงจันทน์ ประเทศราชของไทย ได้ก่อการกบฎยกทัพมาตีไทย
พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯให้ พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระพิพิธโภคภูเบนทร์ (พระองค์เจ้าพน
มวัน พระเจ้าลูกยาเธอ ในพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหน้านภาลัย กับเจ้าจอมศิลา ต้นราชสกุล พนมวัน) เป็นผู้บัญชาการกองทัพในส่วนการรักษาพระนคร โดยทรงตั้งกองบัญชาการอยู่ในบริเวณ "วัดแหลม" หรือ "วัดไทรทอง" นี้
เมื่อเสร็จสิ้นการปราบกบฏแล้ว พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระพิพิธโภคภูเบนทร์ พร้อมด้วยพระเชษฐภคินี พระขนิษฐภคินี และพระกนิษฐภาดา ร่วมเจ้าจอมมารดาอีก ๔ พระองค์ ทรงบูรณะปฏิสังขรณ์ขึ้น ประมาณปี พ.ศ.๒๓๗๐-๒๓๗๑ แล้วทรงสร้างพระเจดีย์ ๕ องค์ รายด้านหน้าวัดเป็นอนุสรณ์
ครั้นถึงสมัยรัชกาลที่ ๔ ปรากฏในพระราชพงศาวดารว่า พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้พระราชทานนามวัดใหม่ว่า "วัดเบญจบพิตร" ซึ่งมีความหมายว่าเป็นวัดของเจ้านาย ๕ พระองค์ หรือวัดที่เจ้านาย ๕ พระองค์ทรงปฏิสังขรณ์ขึ้น
