“วัดกาลหว่าร์” เป็นวัดเก่าแก่มีความเป็นมาพร้อมกับกรุงรัตนโกสินทร์ สามารถพูดได้อย่างเต็มปากว่า เป็นวัดคาทอลิกคู่กรุงรัตนโกสินทร์ก็ว่าได้
เมื่อทางสันตะสำนัก (กรุงโรม) ประกาศแต่งตั้งประมุขมิสซังสยาม อันได้แก่ คณะสงฆ์มิสซังต่างประเทศ ซึ่งเป็นชาวฝรั่งเศส จึงทำให้ชาวโปรตุเกสแบ่งเป็น 2 กลุ่ม กลุ่มหนึ่งยอมรับอำนาจการปกครองของบรรดาประมุชมิสซังฯ ส่งบุตรหลานเข้าเรียน และช่วยเหลือกิจการของมิสซัง เช่น ที่บ้านเณรเล็กนักบุญยอแซฟ (บ้านเณรแห่งแรกในกรุงสยาม ที่อยุธยา) และบ้านเณรใหญ่ อีกกลุ่มหนึ่ง ไม่ยอมรับอำนาจของประมุขมิสซัง และชาวฝรั่งเศส จะยอมรับเฉพาะพระสงฆ์ชาวโปรตุเกส
ปี ค.ศ.1767 ทหารพม่าบุกเข้ายึดกรุงศรีอยุธยา พวกพระสงฆ์โปรตุเกสยอมมอบตัวแก่ทหารพม่า ส่วนพระสังฆราช และพระสงฆ์ชาวฝรั่งเศสถูกจับเป็นเชลย วัดนักบุญยอแซฟถูกทำลาย ทรัพย์สมบัติถูกยึดไปมากมาย บรรดาคริสตังชาวโปรตุเกสและชาวญวณจำนวนหนึ่งที่รอดจากการถูกจับ หรือถูกฆ่า ได้พากันอพยพลงมายังบางกอก (กรุงเทพ) โดยล่องมาตามลำน้ำเจ้าพระยา
กลุ่มชาวโปรตุเกส ที่ไม่ยอมรับอำนาจของพระสังฆราชประมุขมิสซัง ได้นำเอาทรัพย์สมบัติไปด้วย และในบรรดาสมบัติดังกล่าวนั้น มีรูปปั้นมีค่ายิ่งสองรูป รูปแรก คือ รูปแม่พระลูกประคำ (คือรูปที่ใช้แห่ทุกๆ ปี ในโอกาสฉลองวัดในปัจจุบันนี้) อีกรูปหนึ่ง คือ รูปพระศพของพระเยซูเจ้า (ซึ่งใช้แห่กันทุกปี ในวันศุกร์ศักดิ์สิทธิ์ จนปัจจุบัน)
ปี ค.ศ.1786 พระเจ้าอยู่หัวได้พระราชทานที่ดินที่พวกเขาอาศัยอยู่นั้น สำหรับสร้างวัด และในปี ค.ศ.1787 วัดก็สร้างเสร็จ เป็นวัดแบบเรียบง่าย สร้างด้วยไม้ ยกพื้นสูง เพราะที่ดินแปลงนี้เคยถูกน้ำท่วม มีห้องประชุมใหญ่สำหรับสัตบุรุษ และห้องซาคริสเตีย ด้านข้างมีบ้านพักพระสงฆ์ขนาดย่อม สำหรับเจ้าอาวาสที่จะมาพัก เพราะคริสตังเหล่านี้หวังว่า สักวันหนึ่งเขาจะมีพระสงฆ์ชาวโปรตุเกสมาปกครอง วัดนี้ชื่อมีว่า วัดกาลหว่าร์ ตามชื่อรูปพระตายหรือกาลหว่าร์ ซึ่งพวกเขานำมาจากอยุธยา คริสตังชาวโปรตุเกสเหล่านี้ขอให้ พระอัครสังฆราชแห่งเมืองกัว ส่งพระสงฆ์โปรตุเกสมาปกครองพวกตน แต่ทางเมืองกัวไม่ยอมส่งโดยมีเหตุผลว่าพวกเขามีผู้ปกครองอยู่แล้ว คือพระสังฆราชชาวฝรั่งเศส ซึ่งพระสันตะปาปาทรงแต่งตั้ง ดังนั้น คริสตังโปรตุเกสจึงค่อยๆ กลับใจยอมรับอำนาจการปกครองของมิชชันนารีฝรั่งเศสในที่สุด เพราะจนถึงเวลานั้นที่วัดกาลหว่าร์ยังไม่มี พระสงฆ์องค์ใดมาทำมิสซาโปรดศีลได้
ปี ค.ศ.1820 พระเจ้าอยู่หัวพระราชทานที่ดินเพื่อตั้งสถานกงสุลโปรตุเกส ต่อมาภายหลังสถานกงสุลนี้ ได้รับฐานะเป็นสถานทูต ท่านกงสุลขอให้พระเจ้าอยู่หัวประกาศว่าที่ดินค่ายแม่พระลูกประคำ เป็นที่ดินพระราชทานแก่ประเทศโปรตุเกส พระเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 2) จึงทรงมีพระบรมราชโองการตอบว่าที่ดินผืนนี้มิได้ พระราชทานให้รัฐบาลโปรตุเกส แต่ให้คริสตังโปรตุเกสสร้างวัดได้ และดังนั้นที่ดินนี้จึงเป็นกรรมสิทธิ์ของมิสซัง โรมันคาทอลิก ไม่ว่าใคร ชาติใด ที่เป็นประมุขของมิสซัง พระสังฆราชฟลอรังส์ จึงเข้าปกครองวัดกาลหว่าร์และทำมิสซาอย่างสง่าเป็นครั้งแรกเมื่อวันที่ 25 สิงหาคม ค.ศ. 1822 เพื่อเป็นการเทิดเกียรติแด่พระนางมารีอา
ชาวโปรตุเกสที่อาศัยอยู่บนที่ดินผืนนี้ค่อยๆ อพยพโยกย้ายไปทำมาหากินในที่ต่างๆ จึงมีจำนวนลดลง เรื่อยๆ และมีชาวจีนเข้ามาอยู่อาศัยแทน นานๆ ครั้งจึงจะมีส่งพระสงฆ์ไทยมาทำมิสซา และโปรดศีลให้ ปี ค.ศ. 1837 คุณพ่ออัลบรังด์ มาอยู่ที่วัดกาลหว่าร์ เพราะสะดวกสำหรับการติดต่อแพร่ธรรมในหมู่ชาวจีน ท่านได้สร้างห้องโถงใหญ่ ด้วยไม้ไผ่ มุงแฝก สำหรับใช้เป็นสถานที่แพร่ธรรมให้แก่คริสตังใหม่และคริสตังชาวจีน เนื่องจากวัดเก่าที่ชาวโปรตุเกสสร้างเมื่อปี ค.ศ.1887 นั้นผุพังไปเกือบหมดแล้ว พระสังฆราชกูรเวอซี จึงสั่งให้รื้อ และสร้างใหม่ เป็นวัดครึ่งอิฐครึ่งไม้ ทำพิธีเสกในวันที่ 1 ตุลาคม ค.ศ.1839 โดยพระคุณเจ้าปัลเลอกัว ซึ่งเป็นพระสังฆราชผู้ช่วย และตั้งชื่อวัดว่า "วัดแม่พระลูกประคำ" แต่ชาวจีนยังคงเรียกว่า "วัดกาลหว่าร์" มาจนถึงปัจจุบันนี้
ในสมัยคุณพ่อดือปองด์ เป็นเจ้าอาวาส (ค.ศ.1846-1864) ในปี ค.ศ.1858 เพื่อเป็นการลบล้างการทุรจาร วัดกาลหว่าร์ ซึ่งเกิดจากการมาจุดประทัดในวัด พระเจ้าอยู่หัวได้พระราชทานที่ดินอีกแปลงหนึ่งให้ ในวันที่ 2 กุมภาพันธ์ ค.ศ.1864 ได้เกิดเพลิงไหม้ที่วัดกาลหว่าร์ ทำลายบ้านพักพระสงฆ์ และหลักฐานทุกอย่างของวัดกาลหว่าร์รวมทั้งหลักฐานและบัญชีศีลศักดิ์สิทธ์ของวัดทุกวัดที่เปิดตั้งแต่สมัยคุณพ่ออัลบรังด์
ใน ปี ค.ศ. 1890 คุณพ่อแดซาลส์ เจ้าอาวาส ได้รื้อวัดกาลหว่าร์ซึ่งมี อายุ 50 กว่าปีแล้ว และทำการสร้างใหม่ ซึ่งก็คือหลังปัจจุบัน เสกศิลาฤกษ์ วันที่ 4 ตุลาคม ค.ศ.1891 โดยพระสังฆราชเวย์ และเสกวัดใหม่ในปี ค.ศ.1897 ในสมัยคุณพ่อเปอตีต์ เป็นเจ้าอาวาส วัดหลังนี้ได้มีโอกาสใช้เป็นสถานที่สำหรับทำพิธีอภิเษกคุณพ่อแปร์รอสเป็นพระสังฆราชเมื่อวันที่ 30 มกราคม ค.ศ.1910 พระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 5 ทรงแต่งตั้งผู้แทนมาร่วมพิธีด้วย
ในสมัยคุณพ่อกิยูเป็นเจ้าอาวาสได้จัดฉลองครบรอบ 25 ปี ในวันที่ 1 ตุลาคม ค.ศ.1922 จัดฉลองครบรอบ 50 ปี ในวันที่ 5 ตุลาคม ค.ศ.1947 ในสมัยคุณพ่อโอลลิเอร์ เป็นเจ้าอาวาส ในสมัยคุณพ่ออาแมสตอย เป็นเจ้าอาวาสได้ทำการบูรณะซ่อมแซมวัด ทาสีทั้งภายนอกและภายในวัดให้ดูสวยงามและสง่าขึ้นและได้จัดฉลองครบรอบ 60 ปีของวัดเมื่อวันที่ 6 ตุลาคม ค.ศ.1957
คุณพ่อฮั่วเซี้ยง กิจบุญชู (พระอัครสังฆราชแห่งกรุงเทพฯ และพระคาร์ดินัล) ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสองค์ที่ 13 ในระหว่างเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ.1965 ถึงเดือนสิงหาคม ค.ศ.1965 นับเป็นเจ้าอาวาสซึ่งเป็นพระสงฆ์คนไทยองค์แรกของวัดกาลหว่าร์ และนับจากนั้นเป็นต้นมา เจ้าอาวาสทุกองค์ของวัดกาลหว่าร์ก็ได้ถูกมอบหมายให้ดับพระสงฆ์ไทย นับเป็นความภาคภูมิใจประการหนึ่งของวัดนี้
เหตุการณ์ที่น่าสนอีกประการหนึ่งเกิดขึ้นในสมัยที่คุณพ่อประวิทย์ พงษ์วิรัชไชย ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสในระหว่างปีค.ศ. 1983-1989 นั่นคือ คุณพ่อได้ทำการบูรณะซ่อมแซมและปรับปรุงสภาพของตัววัดซึ่งกำลังทรุดโทรมมาก ให้มีความสวยงามขึ้น โดยพยายามรักษารูปแบบตลอดจนลวดลายของเดิมไว้ให้มากที่สุด
เมื่อวันพฤหัสบดีที่ 16 เมษายน ค.ศ.1987 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา สยามบรมราชกุมารี ได้พระราชทานรางวัลประกาศนียบัตรอาคารอนุรักษ์ดีเด่นให้แก่คุณพ่อประวิทย์ พงษ์วิรัชไชย ซึ่งเข้ารับพระราชทานรางวัลในฐานะเจ้าอาวาส นับว่าเป็นความภูมิใจไม่เฉพาะของวัดและสัตบุรุษวัดกาลหว่าร์เท่านั้น แต่ยังเป็นความภูมิใจของพระศาสนจักรในประเทศไทยที่มีส่วนในการอนุรักษ์ศิลปะที่มีคุณค่าต่อประเทศเทศชาติด้วย
ปี ค.ศ. 2014 บูรณะพระรูปพระนางมารีย์ผู้ปฏิสนธินิรมลอุ้มพระกุมารเยซู (พร้อมจัดพิมพ์หนังสือกระบวนการบูรณะ)
วันอาทิตย์ที่ 7 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 2016 ที่ประชุมสภาอภิบาล ภายใต้การนำของคุณพ่อประเสริฐ ตรรกเวศน์ ได้มีมติเห็นชอบในการบูรณะวัด เนื่องในโอกาสฉลองวัดครบรอบ 120 ปี ในปี ค.ศ. 2017 โดยให้คณะสถาปัตยกรรมศาสตร์จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยเป็นผู้ศึกษา สำรวจสภาพ เพื่อหาแนวทางการบูรณะตามแนวทางของ UNESCO โดยเริ่มต้นศึกษาตั้งแต่เดือนมีนาคม ค.ศ. 2016 - มีนาคม ค.ศ. 2017
ปี ค.ศ. 2017 ศึกษาแนวทางการอนุรักษ์และปรับปรุงอาคารโบสถ์วัดแม่พระลูกประคำ เนื่องในโอกาสครบรอบ 120 ปี โดยคณะสถาปัตยกรรมศาสตร์จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ได้เสร็จสิ้นลงและได้ส่งมอบเอกสารให้กับสันติพิทักษ์เพื่อเป็นแนวทางในการบูรณะต่อไป
วัดหลังปัจจุบันเป็นหลังที่ 3 เป็นวัดที่มีโครงสร้างแบบถาวรด้วยสถาปัตยกรรมนีโอกอทิก (Neo-Gothic architecture หรือ Gothic Revival architecture) มีผังเป็นรูปกางเขนโรมันหันหน้าสู่แม่น้ำเจ้าพระยา บริเวณพระแท่นอยู่ด้านในสุดของโบสถ์ เป็นที่ตั้งของพระแท่นหินอ่อน เหนือพระแท่นมีพระรูปจำลองขนาดใหญ่ของแม่พระและพระกุมารขณะกำลังมอบสายประคำให้กับนักบุญดอมินิกและนักบุญกาธารีนาแห่งซีเอนา ถัดมาทางมุขด้านหน้าบริเวณพระแท่น มีพระแท่นเล็กตั้งไว้ตรงกันในมุขสองด้าน โดยบริเวณเหนือพระแท่นเล็กด้านใต้เป็นพระรูปพระหฤทัยของพระเยซู และด้านเหนือเป็นรูปนักบุญโยเซฟ
นอกจากนั้น ตามผนังยังมีรูปปั้นนักบุญต่างๆ และรูป 14 ภาค แขวนไว้โดยรอบ บริเวณด้านหน้ามีรูปทูตสวรรค์ถือเปลือกหอยบรรจุน้ำเสกสำหรับผู้เข้า-ออกใช้ทำสำคัญมหากางเขนตั้งอยู่ทั้งสองข้าง และเหนือหน้าต่างทุกบานมีกระจกสีช่องแสงสวยงาม เป็นเรื่องราวเกี่ยวกับพระคัมภีร์เก่าและใหม่ควบคู่กันไป เมื่อมองจากภายนอกจะเห็นยอดสูงซึ่งเป็นหอระฆัง บนยอดปักรูปกางเขนแลดูสง่างาม
สำหรับรูปแม่พระลูกประคำและรูปพระศพของพระเยซูเจ้า ในปัจจุบันก็ยังคงได้รับการเก็บรักษาไว้อย่างดี โดยรูปแม่พระลูกประคำจะนำมาแห่รอบวัดปีละ 1 ครั้งในโอกาสฉลองวัด ขณะที่รูปพระศพของพระเยซูเจ้าจะนำมาแห่รอบวัดปีละ 1 ครั้งในวันศุกร์ศักดิ์สิทธิ์ เพื่อให้บรรดาสัตบุรุษได้กราบไหว้นมัสการ
