วัดสาลโคดม เดิมชื่อวัดศาลาโค่น เพราะตั้งอยู่ริมน้ำน้ำเซาะตลิ่งพัง จึงมีการยกพื้นพระอุโบสถขึ้น วัดสาลโคดม เดิมเป็นวัดที่สร้างขึ้นในสมัยอยุธยาตอนกลาง ราวปี พ.ศ.๒๑๙๐ ชาวบ้านเรียก “วัดสาลโคตร” ต่อมาได้กลายสภาพเป็นวัดร้างและชาวบ้านเรียกวัดนี้สืบกันมาว่า "วัดสาลาโค่น"
โดยในปี พ.ศ.๒๕๑๕ ชาวบ้านได้ฝันเห็นวัดร้างอยู่ติดริมน้ำเจ้าพระยา และเศียรพระพุทธรูปที่งดงาม ต่อมาภายหลังจึงได้ค้นพบเศียรพระพุทธรูปเก่าที่บริเวณริมแม่น้ำหน้าวัดร้าง จึงเรียกว่า "หลวงพ่อเศียร" เพราะมีเพียงเศียรไม่มีองค์พระ หลวงพ่อเศียรได้แสดงอภินิหารเป็นที่เลื่องลือว่ามีความศักดิ์สิทธิ์เป็นยิ่งนัก จึงนำไปสู่การทำองค์สรีระขึ้นใหม่ด้วยการก่ออิฐถือปูน ส่วนพระเศียรสร้างขนาดใหญ่กว่าเดิม แล้วนำ"เศียรพระ"(เดิม) บรรจุไว้ภายใน
สมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงวชิรญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายกพระองค์ที่ 19 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ วัดบวรนิเวศวิหาร ประทานนามใหม่ว่า “พระพุทธชินวรมุนี” โดยปรารภเหตุแห่งความงามและความศักดิ์สิทธิ์ อยากจะให้เป็นหนึ่งในชุดพระพุทธรูปที่มีนามว่า "ชินะ" อาทิ พระพุทธชินราช พระพุทธชินสีห์ เป็นต้น
สมเด็จพระมหาวีรวงศ์ (ทิม อุฑาฒิโม) เจ้าอาวาสวัดราชประดิษฐสถิตมหาสีมาราม รูปที่ ๔ แต่ครั้งดำรงสมณศักดิ์ที่ “พระธรรมปาโมกข์” ได้เป็นประธานสงฆ์ในการจัดหาทุนบูรณปฏิสังขรณ์ เห็นว่านามวัดไม่เป็นมงคล จึงได้ขนานนามวัดใหม่ว่า "วัดสาลโคดม" หมายถึง วัดของสมเด็จพระสมณโคดม ดังที่เรียกกันในปัจจุบัน ปรากฏหลักฐานตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ ลงวันที่ ๓๐ ตุลาคม ๒๕๑๘ และได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อวันที่ ๑๗ กันยายน ๒๕๑๙
ความสำคัญของวัดสาลโคดม
ในปี พ.ศ.๒๕๑๗ ความทราบถึงหม่อมหลวงบัว กิติยากร พระชนนีในสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง เป็นประธานในพิธีวางศิลาฤกษ์อุโบสถหลวงพ่อเศียร วัดสาลโคดม โดยสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง พระราชทานพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์ เป็นทุนเริ่มสร้างอุโบสถ และพระราชทานพระราชานุญาต ให้เชิญอักษรพระนามภิไธย ส.ก.ประดิษฐานไว้หน้าบันอุโบสถหลวงพ่อเศียร ถวายไว้เป็นพุทธบูชาในพระพุทธศาสนาเป็นหลังแรก
สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี แต่ครั้งดำรงอิสสริยยศที่ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารีเสด็จพระราชดำเนินไปทรงเป็นประธานในพิธีตัดลูกนิมิต และถวายผ้าป่าสมทบทุนการบูรณปฏิสังขรณ์ เมื่อ พ.ศ.๒๕๓๘ และทรงปลูกต้นสาละลังกา เมื่อวันที่ ๓ เมษายน พ.ศ.๒๕๓๙ อีกทั้งทรงมีพระราชศรัทธาถวายผ้าห่มพระประธาน พระพุทธชินวรมุนี (หลวงพ่อเศียร) อย่างต่อเนื่อง
เนื่องในมหามงคลวโรกาส สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง ทรงเจริญพระชนมพรรษา ๖ รอบ ในวันพฤหัสบดีที่ ๑๒ สิงหาคม ๒๕๔๗ รัฐบาลได้เล็งเห็นความสำคัญของพระราชกรณียกิจส่วนพระองค์ ที่ทรงกระทำไว้ดังกล่าวแล้ว จึงอนุมัติงบประมาณจำนวน ๕ ล้านบาท และมูลนิธิพระพุทธชินวรมุนี (หลวงพ่อเศียร) ร่วมสมทบอีกประมาณ ๓ ล้านบาท บูรณะอุโบสถซึ่งเป็นที่ประดิษฐานพระนามาภิไธย ส.ก.โดยดีดอุโบสถให้สูงขึ้นประมาณ ๑.๘๐ เมตร เพื่อให้ตัวอุโบสถพ้นจากอุทกภัย และมีภูมิทัศน์ที่สง่างามให้สมพระเกียรติ
ต่อมา พระเจ้าวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าโสมสวลี กรมหมื่นสุทธนารีนาถ เสด็จพระราชดำเนินไปทรงเป็นประธานพิธีสมโภชอุโบสถ ส.ก. และบำเพ็ญกุศลทักษิณานุปทานอุทิศแด่ หม่อมหลวงบัว กิติยากร พระชนนีในสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง และทรงปลูกบัวหลวง และต้นสาละลังกา เมื่อวันที่ ๑๐ สิงหาคม พ.ศ.๒๕๔๗
เมื่อวันที่ ๒๘ มีนาคม ๒๕๖๕ เวลา ๑๕.๐๐ น. พระสิงหคณาจารย์ เจ้าคณะจังหวัดสิงห์บุรี (ธ) วัดกระทุ่มปี่ ต.โพธิ์ชัย อ.อินทร์บุรี จ. สิงห์บุรี เป็นประธานมอบใบคำสั่งเจ้าคณะตำบลอิทร์บุรี (ธ) แต่งตั้งให้พระมหาอนุลักษ์ ชุตินนฺโท ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดราชประดิษฐสถิตมหาสีมาราม เป็น ผู้รักษาการแทนเจ้าอาวาสวัดสาลโคดม ณ อุโบสถ วัดสาลโคดม ตำบลทับยา อำเภออินทร์บุรี จังหวัดสิงห์บุรี
