O atual edifício não corresponde à data de fundação da Igreja, a qual está documentada desde 1091. Nas Inquirições de 1221 a Igreja surge como ecclesia de Araes, no Julgado de Felgueiras. Há registos, efetuados por Francisco Craesbeeck, em 1726, da existência de uma inscrição junto ao púlpito, entretanto desaparecida, referente ao ano de 1184. O padroado da Igreja conheceu sucessivas transferências, pertencendo à Coroa em 1394, vinculado à Ordem de Aviz. Em 1517 constituiu-se como comenda da Ordem de Cristo. No entanto, o aspeto tardio de alguns dos elementos da sua construção aponta para um edifício do final do século XIII ou mesmo do início do século XIV. As sucessivas alterações que a Igreja foi sofrendo modificaram-lhe o caráter inicial. As remodelações sofridas entre os séculos XIII e XIV introduziram-lhe elementos arquitetónicos e gramática decorativa inspirados no gótico.
É nesta campanha que o interior da Igreja é alargado, passando para três naves. Posteriormente, o movimento barroco acrescenta à capela-mor o revestimento com painéis azulejares, o altar central e o sacrário de talha dourada. A perceção plena da história do edifício e dos aspetos artísticos passa pela compreensão de dados relevantes, como o facto de ter sido uma importante comenda das Ordens Militares de Malta, na Época Moderna, transformando-se em igreja paroquial apenas em 1834, após a extinção das ordens religiosas em Portugal. As capelas de Santo Amaro, de Nossa Senhora da Assunção e de Nossa Senhora da Nazaré, na qualidade de filiais, estavam dependentes de Airães no ano de 1726. Além disso, sabe-se que, junto da Igreja, existiam vários edifícios senhoriais habitados por reitores e comendadores.
