Kościół wybudowano na przełomie wieków XV i XVI, o czym dowodzi zachowany z roku 1506 dzwon. W swojej historii kilkakrotnie popadał w ruinę. W roku 1577 z nieznanych przyczyn uległ zburzeniu. W roku 1726 ponownie odnotowano zburzenie kościoła. Ufundowany w roku 1746 dzwon świadczy znowu o istniejącym kościele. Odbudowana z lat 1778-1792 okazała się trwała. Kościół budowano wówczas w dwóch fazach: 1778-1792 oraz 1792. Wieżę wzniesiono w roku 1842. Dzwon z roku 1506 zawiera łaciński napis: "Jusu Christe Fili Dei vivi misere nobis. Maria-Anno Domini 1506" (Jezu Chryste, Synu Boga Żywego, zmiłuj się nad nami. Maryja w Roku Pańskim 1506). W 1987 roku biskup warmiński Edmund Piszcz intronizował w kościele św. Jana Chrzciciela w Zielonce Pasłęckiej cudowny obraz Pana Jezusa Miłosiernego oraz wydał dekret, w którym napisał m.in.: „Dla pogłębienia wiary i umocnienia świętości ludu Bożego ustanawiam niniejszy kościół parafialny w Zielonce Pasłęckiej diecezjalnym sanktuarium Jezusa Miłosiernego”. Coraz liczniej przybywających pielgrzymów przyciąga, obok cudownego obrazu, Golgota wybudowana z polnych kamieni obok kościoła w latach 1986-87. W pobliżu świątyni znajduje się również grota Matki Bożej z Lourdes.W ostatnich latach wybudowano w Zielonce Pasłęckiej niezwykłą Drogę Krzyżową, która ciągnie się na przestrzeni 2,5 km wśród domów i zagród mieszkańców wioski. Najwięcej pątników przybywa do Zielonki Pasłęckiej w trzecią niedzielę września, kiedy to organizowane są uroczystości dziękczynne za plony - dożynki diecezjalne. Licznych pielgrzymów gromadzą także uroczystości odpustowe w Niedzielę Miłosierdzia Bożego oraz w uroczystość narodzenia św.
