Historia naszej parafii zaczęła się już w 1945 roku. 14 kwietnia, uprzednio protestancka świątynia została poświęcona przez o. W tydzień później, 20 kwietnia ojcowie jezuici otrzymali od wojewody Stanisława Okęckiego zezwolenie na objęcie kościoła. 3 maja, w uroczystość Królowej Korony Polskiej odbyła się pierwsza uroczystość, która zgromadziła wiernych z całego Gdańska, organizacje ze sztandarami
, wojsko i ówczesne władze. W tym samym miesiącu przyszedł też dekret bpa gdańskiego Karola Marii Spletta zezwalający na objęcie kościoła. W tym samym roku - 12 lipca 1945 - przybyły do parafii trzy pierwsze siostry Służebniczki Starowiejskie. A 20 lipca odbyła się wizytacja ojca prowincjała Emila Życzkowskiego. 5 sierpnia ojcowie objęli parafię w całości, po wyjeździe kapłanów i ludności niemieckiej. W 1945-46 odbyły się pierwsza Pasterka, Rezurekcja, I Komunia Św. dzieci, procesja Bożego Ciała, Bierzmowanie.
24 maja 1948 roku odbyło się uroczyste poświęcenie obrazu Matki Bożej Ostrobramskiej. Od 1949 roku zaczęły się prześladowanie władz komunistycznych - najpierw zlikwidowano naukę religii w nowo tworzonych szkołach (tzw. bezwyznaniowych), potem używając brutalnie siły odebrały siostrom przedszkole (mimo ostrych protestów rodziców i dzieci), a następnie zabrano parafii działkę, którą przed wojną kupili katolicy od Senatu Wolnego Miasta Gdańska. W 1953 roku, z okazji mianowania prymasa Stefana Wyszyńskiego kardynałem, odbyła się 12 marca uroczystość w parafii. W 1956 odprawiono uroczystą nowennę przed 400-leciem śmierci św. W tym samym roku, 1 listopada odprawiono uroczyste "Te Deum" w dziękczynieniu za uwolnienie ks. Wyszyńskiego. W grudniu opiekę nad diezecją objął ks. bp Edmund Nowicki, z tej okazji bito w dzwony; wmurowano też tablicę ku czci Adama Mickiewicza w stulecie jego śmierci.
12 stycznia 1957 ks. bp Edmund Nowicki wydał dekret erekcyjny dla kaplicy przy Szpitalu Klinicznym, w lutym kaplica została poświęcona. 5 maja 1957 rozpoczęto Wielką Nowennę Tysiąclecia. Dziewięć lat później, 3 maja 1966 odbyły się uroczyste obchody z okazji Tysiąclecia Chrztu Polski. W 1965 roku w małym kościele Mszę Świętą dla ministrantów i ich rodziców, po raz pierwszy twarzą do wiernych, celebrował ojciec Mieczysław Hejnowski. W trzy lata później w pierwszą niedzielę adwentu zaczęto używać języka polskiego w czasie Mszy Świętej. W latach 1966, 67, 68, 73, 74 etapami realizowano nowy wystrój wnętrza kościoła w duchu zaleceń II Soboru Watykańskiego. Projektantem nowego wystroju był inż. Leopold Taraszkiewicz. proboszcz z Jasnej Góry przywiózł obraz Nawiedzenia Rodzin, w 1969 odbyła się wizyta o. generała Pedro Arrupe.
30 grudnia 1970 odprawiono Mszę Świętą za poległych w strajkach, odczytano orędzie ks. prymasa Stefana Wyszyńskiego. W 1971 roku podjęto starania o prawa własności kościoła i plebanii, zakończone podpisaniem umowy z Kurią Biskupią. Plebania i kościół św. Andrzeja Boboli stał się własnością zakonu, a kościół Św. Krzyża własnością diecezji. 24 października 1972 ks. bp L**h Kaczmarek (nowy biskup od 19.12.1971) wydał dekret erekcyjny nowej parafii św. Stanisława Biskupa i Męczennika, wskutek tego uległa zmianie granica naszej parafii. W 1978 roku, 6 sierpnia zmarł papież Paweł VI, wybrano nowego papieża Jana Pawła I, który zmarł po zaledwie miesiącu. 16 paĽdziernika konklawe na papieża wybrało ks. kard Karola Wojtyłę, który przyjął imię Jana Pawła II. Następnego dnia odbyła się w parafii Msza Święta dziękczynna, a rok później wmurowano tablicą pamiątkową. Pierwsza pielgrzymka Jana Pawła II do Ojczyzny (2-10.VI.1979). Pielgrzymi z naszej parafii spotkali się z Ojcem świętym w GnieĽnie. W 1980 roku, 7 września przekazano do kościoła krzyża strajkowego portowców, jako wotum za pomyślnie zakończony strajk. 16 paĽdziernika odbyła się konsekracja kościoła p.w. św. Parafia otrzymała telegramy gratulacyjne od prymasa Stefana Wyszyńskiego i ojca generała Pedro Arrupe. W dniach 14-17 maja 1981 odbyły się nabożeństwa w intencji ciężko rannego papieża (w wyniku zamachu 13 maja). W tym samym miesiącu modlono się też za ciężko chorego ks. prymasa. 30 maja 1981 odprawiono Mszę Świętą koncelebrowaną za zmarłego ks. Stefana Wyszyńskiego - proboszcz i dwie siostry brały udział w pogrzebie. Druga pielgrzymka Jana Pawła II do Ojczyzny (16-23.VI.1983). Pielgrzymi z naszej parafii spotkali się z Ojcem świętym w Poznaniu.
31 lipca 1984 zmarł ks. biskup L**h Kaczmarek, 3-4 sierpnia odbyły się uroczystości żałobne, 31 grudnia nowym biskupem zostaje ks. Tadeusz Gocłowski. Trzecia pielgrzymka Jana Pawła II do Ojczyzny (11-12.VI.1987). Pielgrzymi z naszej parafii spotkali się z Ojcem świętym w Trójmieście. W 1988 - druga peregrynacja w parafii obrazu Nawiedzenia. 1 września 1990 nastąpił powrót religii do szkół. 15 września Prowincja Wielkopolsko-Mazowiecka oo. jezuitów przekazała diecezji dom i kościół św. Bartłomieja w Gdańsku w zamian za kościół Św. Krzyża. Od 27 sierpnia 1990 do 31 lipca 1991 trwał Rok Ignacjański - obchody z okazji 450 rocznicy założenia Towarzystwa Jezusowego i 500 rocznicy urodzin św. W 1992 roku ks. bp Tadeusz Gocłowski został przez papieża Jana Pawła II wyniesiony do godności Arcybiskupa Metropolity. Czwarta pielgrzymka Jana Pawła II do Ojczyzny (1-9.VI.1991). Pielgrzymi z naszej parafii spotkali się z Ojcem świętym w Koszalinie.
