Aleksander Kakowski 1 listopada 1919 roku, jako wotum wdzięczności za odzyskanie przez Polskę niepodległości, za jej „zmartwychwstanie”. Ziemię pod kościół (osadę „Januszew” wraz z zabudowaniami, liczącą 4 morgi 80 prętów) ofiarowała w 1918 r. Zatknięty krzyż na placu pod budowę kościoła poświecił Ks. Już 29 listopada 1918 roku uzyskano pozwolenie na budowę kościoła według projektu wybitnego archi
tekta okresu międzywojennego Stefana Szyllera w stylu dworku zakopiańskiego. Materiały dostarczyli kolejarze, inicjatorzy budowy, ze zburzonego podczas wojny Dworca Petersburskiego (Wileńskiego). Kamień węgielny poświęcił Bł. Ignacy Kłopotowski, dziekan praski. 8 września 1919 roku konsekrował świątynię Abp Achille Ratti, pierwszy w II RP Nuncjusz Apostolski, późniejszy papież Pius XI. Parafia na Targówku Fabrycznym, który stał się częścią m.st. Warszawy w 1916 r., w okresie międzywojennym świetnie się rozwijała, ilość parafian wzrosła z 3.000 do 12.000. Dramatem była II wojna światowa – ze względu na koncentrację przemysłu Targówek był zbombardowany już we wrześniu 1939 r. Największą tragedią była niemiecka łapanka 25 sierpnia 1944 roku, gdy hitlerowcy wywieźli z parafii ok. 4.000 mężczyzn w obawie, by nie wzięli oni udziału w Powstaniu Warszawskim. Wydarzenie to upamiętnia tablica wmurowana przy wejściu do kościoła. W okresie komunizmu Targówek Fabryczny miał być strefą przemysłową, dlatego był systematycznie wyludniany i niszczony. Zmiany nastąpiły dopiero w wolnej Polsce, w 1999 r. uznano kościół i budynki (drewniana dzwonnica i plebania) za zabytki. W 2000 r. mieszkańcy uzyskali formalne prawo pobytu na tym terenie, a w latach 2009-2012 przynajmniej w części, własność budynków i gruntów. Dopiero w latach 2008-2012 powstały nowe połączenia komunikacyjne i nowa dzielnica mieszkaniowa „Wilno”. Z okazji 85. rocznicy konsekracji świątyni, 8 września 2004 roku, nawiedził parafię Abp Józef Kowalczyk, pierwszy po upadku komunizmu Nuncjusz Apostolski w Polsce. W latach 2009-2012 świątynię poddano generalnemu remontowi, rekonsekrował ją Abp Celestino Migliore, Nuncjusz Apostolski w Polsce. Przy kościele stoi drewniana dzwonnica z 1919 r., która niegdyś pełniła funkcję kaplicy przedpogrzebowej, dziś po remoncie jest małą galerią. Od początku istnienia parafia była związana ze środowiskiem kolejarzy, co odzwierciedla także mała architektura, z tego powodu bryła dzwonnicy nawiązuje do kształtu małego parowozu. Szkielet konstrukcji nośnej wykonano z torów kolei petersburskiej, na których do dziś są czytelne rosyjskie sygnatury. Podczas II wojny światowej Niemcy zrabowali dzwon Tadeusz o wadze 400 kg.