Dzieje każdego Seminarium duchownego nieodzownie związane są z istnieniem i życiem wspólnoty wiernych na konkretnym terytorium. Określane przez Sobór Watykański II jako „serce” diecezji (cor dioecesis) pozwala człowiekowi mieć nadzieję na posiadanie duszpasterzy prowadzących do Królestwa Bożego, pasterzy dobrze przygotowanych i właściwie uformowanych duchowo i intelektualnie. Dlatego nie jest rzec
zą dziwną, że każdy biskup troszczy się, aby w powierzonym jego pasterskiej pieczy Kościele lokalnym to „serce” biło, biło rytmicznie poruszając duchowy organizm diecezji. Troska o przygotowanie kandydatów do kapłaństwa na terenie obecnej diecezji toruńskiej w zorganizowanej instytucji nazywanej Seminarium duchownym (od łac. „semi” – nasienie), rozwijającej w młodych ludziach zarodki powołania, posiada dość długą historię. zobowiązał biskupów diecezjalnych do zakładania seminariów przygotowujących do posługi kapłańskiej. Inspiratorką i założycielką pierwszego seminarium w diecezji chełmińskiej (teren diecezji chełmińskiej utworzonej w 1243 r. w całości znajduje się dziś w diecezji toruńskiej) była ksieni benedyktynek chełmińskich Magdalena Mortęska. Dzięki ofiarowanym przez nią na ten cel Kolegium Jezuickiemu w Toruniu 11.300 zł rozpoczęła się w 1618 r. realizacja postanowień soborowych. Niestety rozprzestrzeniająca się w 1624 r. zaraza spowodowała śmierć siedmiu kleryków załamując istniejącą fundację seminarium przy toruńskim kolegium jezuickim. Kolejne próby zakładania seminarium, ale już w stolicy diecezji w Chełmży, podejmowali biskupi Jakub Zadzik (1625) i Jan Lipski (1638). 13 września 1651 r. biskup chełmiński Andrzej Leszczyński erygował Seminarium w Chełmnie w podarowanej jego poprzednikowi Kasprowi Działyńskiemu kamienicy przy ul. Za zmianą miejsca przemawiała reorganizacja chełmińskiego gimnazjum akademickiego, które miało stać się zapleczem intelektualnej formacji kleryków. Na utrzymanie alumnów przeznaczył biskup 36.000 zł oraz dochody ze wsi Dziemiony wraz z wolnym wyrębem drzewa w lesie w Grzegorzu, opłaty za przewóz przez Wisłę w okolicy Niedźwiedzia, połowę dochodów ze szkoły chełmińskiej i probostwa w Fiszowie pod Elblągiem. Po dwóch latach, z powodu zniszczenia budynku seminarium w czasie potopu szwedzkiego biskup Jan Gębicki przenosi placówkę do Chełmży polecając kapitule katedralnej znalezienie odpowiedniego miejsca zamieszkania dla dwunastu kleryków. 15 kwietnia 1680 r. nastąpiło wznowienie fundacji biskupa A. Leszczyńskiego w Chełmnie. Formacja kandydatów do kapłaństwa powierzona została wówczas Zgromadzeniu Ojców Misjonarzy. pracowało w seminarium czterech profesorów. Rektor Leszczyński wykładał teologię spekulatywną i rubrum, o. Pantion historię Kościoła i śpiew gregoriański, o. Faszczewski dogmatykę, Pismo św. i wymowę kościelną (retoryka/homiletyka), a o. Bieńkowski teologię moralną, sakramentologię i ceremonie kościelne. Wiadomo też, że w 1824 r. wykładano także prawo kanoniczne oraz, że alumni praktykowali rozmyślanie, czytanie Pisma św., czytanie duchowne, rachunek sumienia i wspólnie uczestniczyli we Mszy św. Po kasacji zgromadzenia misjonarzy przez władze pruskie przeniesiono seminarium w 1829 r. do nowej stolicy diecezji w Pelplinie. Dnia 25 marca 1992 r. Jan Paweł II bullą cyrkumskrypcyjną Totus Tuus Poloniae Populus dokonał reorganizacji administracji Kościoła katolickiego w Polsce. W wyniku tej reformy powołana została diecezja toruńska. Do najważniejszych zadań, które stanęły przed pierwszym biskupem toruńskim Andrzejem Wojciechem Suskim było zapoczątkowanie działalności najważniejszych instytucji centralnych tj.: kuria, ośrodki rekolekcyjne i Seminarium duchowne. O ile u samych początków znalazły odpowiednie lokum urzędy diecezjalne, sprawa erygowania Wyższego Seminarium Duchownego musiała poczekać jeszcze półtora roku. Młoda diecezja toruńska, choć bogata w 750-letnią tradycję eklezjalną na Ziemi Chełmińskiej, nie posiadała bowiem odpowiedniego miejsca, w którym mogliby kształcić się kandydaci do kapłaństwa. Oczekiwaniom na utworzenie tej jakże ważnej dla Kościoła partykularnego instytucji towarzyszyła stała modlitwa biskupa ordynariusza oraz wielu osób i wspólnot parafialnych. Kolejny rok pozwolił zrealizować podejmowane zabiegi o powołanie do istnienia uczelni duchownej. Po zakupie przez diecezję starego, dość sfatygowanego gmachu, zlokalizowanego nieopodal miasteczka uniwersyteckiego w Toruniu, biskup toruński Andrzej Wojciech Suski dnia 8 września 1993 r. erygował Wyższe Seminarium Duchowne Diecezji Toruńskiej im. Księdza Stefana Wincentego Frelichowskiego. Od tego momentu rozpoczęły się prace remontowe przystosowujące budynek na dom formacyjny. Po roku wstępnych prac remontowych klerycy toruńscy, studiujący dotychczas w WSD w Pelplinie, powrócili do swojej diecezji. Oczekiwana przez wszystkich inauguracja nowego roku akademickiego miała miejsce 15 października 1994 r. w auli Uniwersytetu Mikołaja Kopernika. Był to wymowny znak, gdyż od tej pory WSD Diecezji Toruńskiej dołączyło do grona wyższych uczelni grodu Kopernika. Wydarzenie to miało również, jak pisał odezwie do diecezjan biskup Andrzej Wojciech Suski, wyjątkowe znaczenie dla całej społeczności diecezjalnej, zwłaszcza dla kapłanów, którzy najlepiej rozumieją i wyczuwają niezbędną rolę seminarium w przygotowaniu do kapłaństwa. Rektorem WSD mianowany został wówczas ks. Franciszek Drączkowski, wicerektorem ds. wychowania ks. dr Krzysztof Lewandowski, wicerektorem ds. studiów ks. dr Mirosław Mróz, a ojcem duchownym ks. dr Józef Szamocki. Dzisiaj, dzięki powołanemu do istnienia Wydziałowi Teologicznemu od 1 października 2001 r. toruńscy klerycy odbywają formację intelektualną na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika oczekując realizacji przesłania zawartego w herbie seminaryjnym Euntes docete – Idąc nauczajcie wszystkich Dobrej Nowiny o Zbawieniu.
