Kościół już od początków swego istnienia był murowany, jednonawowy w stylu późnogotyckim... Pałukowie darowali na rzecz kościoła wieś Wieszki, co zostało zatwierdzone przez króla Kazimierza Wielkiego, a król Władysław Jagiełło również uznał tę darowiznę, rozciągającą się w oznaczonych granicach /włącznie bór aż po Noteć i między rzeką Gostuszą i Notecią aż po Nakło/. Tę własność zatwierdził równie
ż król Zygmunt August. Do uposażenia kościoła należało także meszne /dziesięcina/ od mieszczan i kmieci, oraz ziemia w Szubinie Wsi /dziś tzw. Dziekanka/
Pierwszym plebanem znanym historii był Mikołaj z Tworzymirek Tworzymirski /1406-1421/. Kolatorami /opiekunami i dobrodziejami/ byli właściciele Szubina Wsi, Pińska i Zalesia
Kościół posiadał do niedawnych czasów sześć ołtarzy: św. Marcina, Przenajświętszej Trójcy, Matki Bożej, grobu pańskiego, św. Rocha wszystkie pięknej, snycerskiej roboty /przed spaleniem/. W drugiej połowie XVI w. dobudowano kaplicę tzw. jagiellońską. W kaplicy tej odprawiano legaty królewskich donatorów i stąd pochodzi jej nazwa. W 1840 r. pożar zniszczył część miasta (od strony Łabiszyna). Pastwą płomieni padł kościół (dach i sklepienie zniszczało, a wnętrze zostało wypalone). Zdołano uratować obraz Matki Bożej z XV w. słynący łaskami i artyzmem; obraz św. Marcina z XVIII w. nieznanego malarza; misę chrzcielną z XVI w. i kilka drewnianych rzeźb-figur (np. aniołki obecnie ustawione na głównym ołtarzu). Spłonęła wówczas plebania, a dzisiejsza stoi na fundamentach XIV/XV w. Po pożarze odbudowano kościół i 13.11.1842 r. główny ołtarz został benedykowany przez ks. Kanonika i Oficjała Ziemkiewicza. (Kościół św. Marcina mimo swych 600 lat nie był jeszcze konsekrowany). Po pożarze dobudowano obecną wieżę w stylu gotyku nadwiślańskiego
Zniszczenia przyniosły i wojny światowe. W I wojnie (1914-1918 r.) władze niemieckie zabrały trzy dzwony z r. 1605, 1765 1767. W II wojnie (1939-1945) Niemcy zniszczyli zegar z 1867 r. zabrali dzwony, a sam kościół zamienili na magazyn. Na zewnętrznych murach (od strony południowej) zachowały się znaki obyczaju religijnego, które wyryło klingą szabel rycerstwo polskie ruszające na wojny z Krzyżakami i Pomarzanami. Według wykazu z 1868 r. parafia obejmowała następujące miejscowości:
Szubin - miasto,
Szubska - wieś,
Łachowo Stare - wieś,
Łachowo Polskie - wieś,
Podlesie - osada,
Łapigrosz -borostwo,
Smolniki - wieś,
Nowy Dwór - folwark,
Grzeczna Panna - wieś,
Pińsko - wieś
Dokonano - borostwo
Wścibin - oberża
Nowy Świat - wieś
Folusz - młyn
Wolwark - wieś
Obecnie /2009 r./ do Parafii należą miejscowości:
Szubin - prawie połowa
Szubin Wieś
Łachowo
Smolniki
Grzeczna Panna
Na terenie parafii istnieje również kościół p.w. św. Małgorzaty (na cmentarzu) zbudowany niegdyś przez mieszczan szubińskich, a odbudowany w 1748 r. przez kasztelanową Mycielską. Ołtarz zbudowano w stylu baroku ludowego. Kaplica sama jest zabytkiem na swą konstrukcję (poddasze przy prezbiterium). Od 1945 r. parafia przejęła dawny zbór ewangelicki, który stał się w latach 70-tych kościołem parafialnym nowo powstałej parafii w Szubinie p.w. św. Andrzeja Boboli. Ołtarz główny przeniesiony z kaplicy jagiellońskiej /kościoła pw. św. Marcina/, jest w stylu neogotyckim, oryginalny ze w3zględu na ujęcie tajemnic radosnych różańca świętego. Parafia św. Marcina w 1887 r. liczyła 2500 dusz, a obecnie około 4300 dusz. Przed I wojną światową (1914 r.) na terenie parafii zamieszkiwało 1500 Niemców wyznania protestanckiego i 500 Żydów wyznania mojżeszowego, co niezawodnie miało swój wpływ na stosunki religijno moralne. Obecnie parafia ma charakter jednolity. Przy benedykcji ołtarza głównego, przeszło 100 lat temu, ks. kanonik Ziemkiewicz wypowiedział słowa, które nigdy nie stracą na swej aktualności: „Z kościoła niech sądzi o wierze i obyczajach ludu, który ten kościół odwiedza.”
