Pierwsi wyznawcy protestantyzmu pojawili się na terenach Suwalszczyzny zaraz po reformacji, która miała miejsce w 1517 r. Należały do niej: parafia w Mariampolu z filiałami w Wiłkowyszkach, Kalwarii i Serejach; parafia w Suwałkach z filią w Augustowie oraz parafia w Wiżajnach z filiałem w Wisztyńcu. Parafia w Mariampolu (obecnie terytorium Republiki Litewskiej) powstała samorzutnie w 1822 r., jednak z powodu braku akceptacji ze strony władz rządowych Królestwa w Warszawie nie mogła uzyskać zatwierdzenia. Stan ten zmienił się dopiero po wysłaniu pisma bezpośrednio do Cara Aleksandra I. W roku 1827 wybrano zarząd parafii. Od roku 1833 parafia posiadała własnego mieszkającego na stałe księdza. W skład parafii wchodziły filiały w Kalwarii-założony w 1832r., w Wiłkowyszkach- zał. 1833 r., Serejach- zał. 1851r ( choć w zasadzie istniał on od czasów reformacji). W latach 60-tych XIX wieku parafia łącznie z filiałami liczyła ok. 6500 wiernych i posiadała 5 szkół, w których uczyło się 225 dzieci. Nabożeństwa z racji narodowości wiernych odprawiano w języku polskim, litewskim i niemieckim. Parafia uległa rozwiązaniu wraz z wybuchem II wojny światowej. W połowie XVIII wieku luteranie pojawili się w okolicy Wiżajn, gdzie została zorganizowana parafia. Niestety nie wiadomo nam wiele na temat działalności owej parafii jako, że nie zachowały się do naszych czasów żadne dokumenty z tamtego okresu. Wiadomo jedynie, iż pod koniec XVIII w niejaki Borowski, właściciel majątku Sudawskie wybudował na swym terenie kościół ewangelicki, w którym to nabożeństwa odprawiał ks. Andrzej Grabowski dojeżdżający z terenu Prus Wschodnich. Jego odejście do Suwałk w roku 1802 spowodowało upadek parafii. Przez długi okres trwały starania lokalnych ewangelików o przywrócenie parafii, jednak dopiero w 1842 r. wybrali oni kolegium kościelne, które reaktywowało działalność tejże parafii, a nawet doszło do ustanowienia filiału w Wisztyńcu. Z powodu braku odpowiedniego lokum w Wiżajnach przez pewien czas mieszkał tam ksiądz Andrzej Grabowski. Szacuje się, iż w latach 60-tych XIX w. parafia wraz z filiałem liczyła ok. 4800 wiernych oraz dysponowała 4 szkołami, w których uczyło się 134 dzieci. Parafianie byli narodowości polskiej, niemieckiej, jak i litewskiej w związku z czym nabożeństwa odprawiane były w tych językach. Murowany kościół przetrwał do czasów II wojny światowej, a po jej zakończeniu został rozebrany. Dzisiaj jedynymi śladami obecności luteran na tych ziemiach są resztki cmentarza ewangelickiego. Parafia w Suwałkach jest obecnie jedyną na terenie Suwalszczyzny. Jej początki datuje się na rok 1793, w którym to z terenu Prus Wschodnich przybyli pierwsi protestanci w liczbie 40 rodzin i osiedlili się we wsi Chmielówka k.Suwałk. Otrzymali oni na osiedlenie się 150 morg ziemi ornej i łąk od króla Polski Stanisława A. Poniatowskiego, a dodatkowe 10 morg na utrzymanie szkoły podarował im szambelan królewski Stanisław Ejsmont -także wyznania ewangelickiego. W początkowym okresie obsługiwani byli oni przez księży dojeżdżających, a w 1802 r., po prawnym uznaniu parafii stałym księdzem został ks. AndrzejGrabowski. Odprawiał on też nieregularnie nabożeństwa dla licznych wyznawców w Suwałkach.
1 sierpnia 1838 r. siedzibę parafii przeniesiono do Suwałk, a w latach 1839-1841 wybudowano tu nowy murowany kościół (zachowany do dzisiaj) w stylu klasycystycznym, projektu Karola Majerskiego (głównego budowniczego Suwałk) i Wacława Ritschela. Pierwszym proboszczem był ks.Fryderyk Wilhelm Grabowski (1838-1866)-syn ks. Andrzeja Grabowskiego z Chmielówki, a jego następcami byli ks. Juliusz Mrongowiusz (1866-1883)-pochowany na cmentarzu ewangelickim w Suwałkach, ks. Władysław Wernic (1884-1913), ks. Oskar Loppe (1913-1924), Wilhelm Borkenhagen (1924-1943). Okres po II wojnie światowej to brak stałego proboszcza. Powrócił on do parafii suwalskiej na stałe dopiero w roku 1987 w osobie ks. Piotra Sitka (1987-1997). Kolejnym proboszczem parafii był ks. Robert Wiesław Penczek (od 12 września 1997 do roku 2010). Obecnym Proboszczem -administratorem jest ks. Tomasz Wigłasz z Parafii w Białymstoku, a codzienne obowiązki wykonuje wikariusz ks. Dawid Banach. W latach 1842-44 do parafii włączono nowe filiały w Augustowie i Sejnach. W Sejnach w roku 1843 dzięki wsparciu carycy Aleksandry Fiodorownej wybudowano kościół ewangelicki. Caryca pokryła jedną trzecią wydatków związanych z jego budową, a wyasygnowana kwota wynosiła 573 ruble. Dzięki tym funduszom Filiał w Sejnach pozyskał kamienny dom modlitwy, dwa domy drewniane i 1,5 morgi ziemi pod ogród. Filiał nigdy nie posiadał własnego księdza i obsługiwany był przez księży dojeżdżających z Suwałk. Na co dzień rezydował w Sejnach kantor, który zajmował się właściwą pracą duszpasterską. Był on pomocnikiem księdza oraz pełnił rolę nauczyciela. W latach pięćdziesiątych XIX w. funkcję tę sprawował Frydrych Robbert, nauczyciel w tamtejszej szkole ekumenicznej. W okresie międzywojennym funkcję duszpasterza pełnił kapelan wojskowy Korpusu Ochrony Pogranicza. Wielu żołnierzy KOP-u, którzy stacjonowali w Sejnach było ewangelikami i wraz z wiernymi uczestniczyło w nabożeństwach. W okresie II wojny światowej nie odprawiano w Sejnach nabożeństw, natomiast po jej zakończeniu budynek kościoła stał się świątynią katolicką. Bardzo szybki rozwój parafia zawdzięcza osiedlaniu się na tych terenach przybyszy z innych części Polski i Prus Wschodnich. W skutek tego w 1851 r. parafia liczyła już 2950 wiernych (696 rodzin). W samych Suwałkach zamieszkiwało 95 rodzin (416 osób) wyznania ewangelickiego, w Chmielówce 45 rodzin, Przerośli 35 rodzin, Filipowie 27 rodzin, Rutce (gm. Kuków) 26 rodzin, Czerwonce (gm. Huta) 25 rodzin. Natomiast już w roku 1863 w samych Suwałkach zamieszkiwało 115 rodzin protestanckich. Duży spadek wiernych nastąpił na przełomie XIX i XX wieku gdzie ludność masowo wyjeżdżała za granicę w poszukiwaniu lepszego życia. Bardzo wielu suwalskich luteran osiedliło się w USA, gdzie zakładali zbory luterańskie i kultywowało nie tylko tradycje religijne, ale także kulturę i język polski. W kwietniu 2007 r. parafia nawiązała kontakty z parafią ewangelicką w miasteczku Scranton w stanie Pensylwania. Która została założona przez suwalskich Luteran w roku 1917. Wybuch I wojny światowej spowodował czystki i prześladowania ewangelików przez władze rosyjskie. Mężczyzn wcielano do armii rosyjskiej, a kobiety i dzieci wywożono w głąb Rosji. Wśród zesłańców znalazł się też ks. Oskar Loppe wywieziony do Kazachstanu wraz z częścią parafian. Kiedy doszło do zmiany okupanta władze niemieckie mianowały na administratora parafii suwalskiej ks. Bogdana, który odprawiał nabożeństwa w języku polskim i niemieckim. Po zakończeniu I wojny światowej do Suwałk powrócił ks. Oskar Loppe-pozostał tu do roku 1924, kiedy to wygrał konkurs na proboszcza parafii w Wilnie. W roku 1841 na potrzeby domu parafialnego zakupiono kamienicę przy obecnej ulicy gen. Kościuszki. W budynku tym w 1847 r. utworzono ewangelicką szkołę elementarną. Nauczycielami byli Jan Jakub Bergman (w latach 1847-52) oraz Ferdynand Mascherek (w latach 1852-75). Liczebność wynosiła od 20 uczniów w 1863 r. do 62 uczniów w 1850 r. Po roku 1875 zgodnie z ukazem carskim numer 11, wszystkie szkoły parafialne w tym i ewangelicka zostały wyłączone spod zwierzchności duchownych i przekazane władzom miejskim w zarządzane. Pismem z 13 lipca 1875 r. ministerstwo oświaty nakazało zlikwidować podział szkół według wyznań. Dawna szkoła ewangelicka otrzymała oznaczenie szkoły elementarnej nr 2. W latach 1875-1906 katechizmu i innych przedmiotów w języku niemieckim nauczał w niej ewangelicki kantor August Rydel. W 1892 r. szkołę wizytował naczelnik suwalskiej dyrekcji naukowej, który napisał: „sala szkolna ciasna dla 35 uczących się, jest mało ławek i niektórzy uczniowie siedzą na podłodze, nie ma ni ściennego zegara, ni globusa, ni mapy Rosji”. W roku 1893 szkoła z kasy rządowej otrzymała 64 ruble, a z kasy miejskiej 300 rubli. Sama zmuszona była pokryć 25% wydatków na swoją działalność. W okresie międzywojennym w mieście działała także prywatna szkoła ewangelicka prowadzona przez Panią Annę Katerfeld. Wiadomo, iż w 1911 r. liczyła ona 34 uczniów natomiast w 1914 r. 39 uczniów. Od czerwca 1928 r. działało w Suwałkach Towarzystwo Młodzieży Ewangelickiej, które miało na celu jednoczenie i współżycie młodzieży dla wzajemnego oddziaływania w duchu religijno-społecznym. Wiemy, iż w roku 1938 jego kierownictwo tworzyli: Jadwiga Szulikowska, Elza Danielczyk, August Prejs i Jan Szulc. Lata 20-te XX w. to stabilizacja i rozwój kościoła ewangelickiego w Suwałkach. Rocznie przybywało od 80 do 100 wiernych. Wyremontowano budynek kościoła i domu parafialnego, wybudowano kaplicę cmentarna w Suwałkach, Chmielówce i Zielonym Królewskim. W 1931 r. w Suwałkach wyznanie ewangelickie deklarowało 619 osób co stanowiło 2,84% ogółu mieszkańców, ale zaledwie 102 osoby, czyli 0,5% deklarowało jednocześnie język niemiecki jako ojczysty. Tuż przed II wojną parafia wraz z filiałami w Augustowie i Sejnach liczyła ok. 4,5 tys. wiernych. W okresie okupacji niemieckiej, podczas II wojny światowej restrykcje nie ominęły również ludności ewangelickiej. Od ks. W. Borkenhagena wymagano m.in. prowadzenia nabożeństw w języku niemieckim, ale z tego powodu, iż większość parafian nie mówiła w tym języku ksiądz dzięki staraniom księdza zaniechano ostatecznie jego używania. Jednak on sam w wyniku prześladowań oraz donosów na jego osobę do lokalnego gestapo zmuszony był we wrześniu 1943r. uciekać najpierw do Włoch, gdzie stacjonował w oddziałach dowodzonych przez generała Władysława Andersa, a 2 lata później trafił do Wielkiej Brytanii gdzie sprawował funkcję kapelana polskich żołnierzy ewangelików. W roku 1951 przeniósł się do Stanów Zjednoczonych gdzie powołany został na proboszcza polskiej parafii ewangelickiej w Chicago. Zmarł na obczyźnie w 1974 roku. Podobny los spotkał ks. Oskara Loppe, który w roku 1941 został aresztowany przez gestapo, a następnie więziony przez Niemców kolejno w Bydgoszczy, Poznaniu, Berlinie, Lipsku i Norymberdze. Przeżył pobyt w obozie koncentracyjnym w Dachau. Został odznaczony złotym krzyżem zasługi. Przez wiele lat był kapelanem wojskowym. Zmarł w roku 1957. Obecnie w kościele ewangelickim w Suwałkach znajdują się pamiątkowe tablice poświęcone pamięci ks. O. Loppe jak i ks. Borkenhagena. Po zakończeniu działań wojennych w roku 1945 kierownictwo struktur lokalnych Polskiej Partii Robotniczej wystąpiło z wnioskiem do władz miejskich o odebranie budynku kościoła ewangelickiego w Suwałkach jego wyznawcom i przekazanie go kościołowi katolickiemu adaptując go na katolicki kościół garnizonowy. Był to przejaw zemsty za jak się uważało niemieckie pochodzenie ewangelików i krzywdy jakie Polacy zaznali podczas działań wojennych ze strony okupanta. Było to bardzo krzywdzące, ponieważ parafianie nie czuli się Niemcami, a i sami byli przez Niemców szykanowani i traktowani na równi z innymi wyznaniami. Ostatecznie, dzięki staraniom władz kościelnych budynek kościoła udało się odzyskać w roku 1952. Świątynia była jednak bardzo zniszczona, nie posiadała ławek. W rok później ks. E. Friszke senior rady diecezjalnej Diecezji Mazurskiej w Olsztynie rozpoczął starania o restytucję suwalskiej parafii. Po II wojnie nastąpił gwałtowny spadek wyznawców kościoła ewangelickiego na Suwalszczyźnie. W samych Suwałkach (wg danych wojewódzkiego biura planowania przestrzennego w Suwałkach) 31 sierpnia 1947 roku było 101 ewangelików. Natomiast w roku 1965 około 200. W połowie lat 60-tych administrator ks. Otto Jaworski zabiegał o przeprowadzenie remontu kościoła w Suwałkach. W 1982 r. władze kościoła przeniosły parafię z Ełku do Suwałk. Podlegały jej też stacje kaznodziejskie w Ełku ( po likwidacji parafii) i Gołdapi. W okresie powojennym, aż do momentu kiedy w 1987 roku parafia otrzymała stałego pastora nabożeństwa odprawiali księża dojeżdżający do Suwałk z innych parafii. Byli to między innymi ks. Michelis z Warszawy, ks. Żmijewski z Węgorzewa, ks. Jaworski z Ełku, ks. Sauter z Pisza. W 1986 roku dokonano zakupu nieruchomości położonej przy ulicy Mereckiego z przeznaczeniem na dom parafialny w wyniku czego w roku następnym jako pierwszy w powojennej historii parafii sprowadził się do Suwałk ks. Piotr Sitek. Decyzją Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Suwałkach z dnia 25 maja 1979 r. budynek kościoła został wpisany do rejestru zabytków. Natomiast 5 kwietnia 2007 r. Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego wpisał świątynię na listę zabytków dziedzictwa narodowego. Godnym podkreślenia jest fakt, iż kościele w Suwałkach znajdują się organy z 1850 roku jedne z trzech tego typu w Polsce, posiadające prospekt (front) z motywami wschodnimi. Są one wykorzystywane nie tylko podczas nabożeństw, ale też cyklicznie podczas koncertów organowych odbywających się w ramach Suwalskiego Lata Muzycznego. Obecnie parafia w Suwałkach wraz z filiałem w Gołdapi liczy kilkudziesięciu wiernych.
