Biskupa Wojciecha Ziembę powołano 29 czerwca 1992 roku parafie pod wezwaniem Najświętszego Serca Pana Jezusa w Suwałkach. We wrześniu nastąpił akt powierzenia nowo powstałej parafii Matce Bożej. Szczególną wymowę miała wrześniowa Msza św. za Ojczyznę z udziałem prof. Edwarda Szczepanika – suwalczanina – ostatniego premiera rządu emigracyjnego oraz z udziałem Andrzeja Miłosza – brata sławnego poety
.17 października był dniem inauguracji roku akademickiego. W Eucharystii udział wzięli księża Biskupi oraz Marszałek Sejmu prof. Wiesław Chrzanowski.W parafii zaczęła funkcjonować Szkoła Ekspresji Artystycznej, a także Stowarzyszenie Rodzin Katolickich „Agape”.Powstało Koło AA do walki z plagą alkoholizmu. W styczniu1993 r. parafia otrzymała od Zarządu Miasta budynek na nowy Dom Parafialny. W marcu nastąpiło spotkanie z Ks. Biskupem Edwardem Samselem oraz Ks. Biskupem Tunaistisem, biskupem pomocniczym wileńskim, który przewodniczył Mszy św. dla wspólnoty litewskiej.Wzruszającym przykładem pielęgnowania pamięci narodowej było spotkanie w maju na uroczystej Eucharystii członków suwalskiego podziemia, którzy modlili się za pomordowanych w kraju w stanie wojennym kolegów.W sierpniu minister Edukacji Narodowej – dzięki staraniom ks. Jerzego Zawadzkiego – wydał zgodę na utworzenie w Suwałkach Wyższej Szkoły Służby Społecznej. Uczelnia kształcić będzie w duchu katolickiej nauki społecznej na kierunkach: administracja, przedsiębiorczość prywatna i pomoc społeczna w ramach 5-letnich studiów magisterskich. Rozwój działalności duszpasterskiej zaowocował ustanowieniem niedzielnych wykładów w domu parafialnym, które poruszają różnorodną tematykę, m.in. biblijną, religioznawczą oraz nauki społecznej Kościoła. W listopadzie wprowadzone zostały Msze święte o charakterze misyjnym. Listopad był miesiącem powstania zespołu charytatywnego, który zajął się zbiórką i rozdzielaniem darów wśród najbardziej potrzebujących. Styczeń 1994 rok przyniósł piękną inicjatywę zmobilizowania się wiernych w obronie życia poczętego. Parafianie zebrali podpisy pod listem w obronie nienarodzonych, który przesłali do parlamentu.Od stycznia w budynku parafialnym zajęła miejsce Parafialna Podstawowa Szkoła Romska, zarejestrowana jako szkoła niepubliczna z uprawnieniami państwowymi.20 lutego odbyła się uroczystość nadania imienia ks. Franciszka Blachnickiego Wyższej Szkole Służby Społecznej. W uroczystościach brał udział Moderator Krajowy Ruchu Światło–Życie ks. Kwiecień stał się miesiącem nawiedzenia Suwałk przez relikwie św. Wojciecha w tysięczną rocznicę męczeńskiej śmierci Świętego. Na granicy miasta relikwie powitał ks. Biskup Wojciech Ziemba.Dla potrzeb służby ewangelicznej w parafii powstała wspólnota modlitewno-formacyjna pw. Serca Jezusowego. Wspólnota podejmuje działania w zakresie przygotowania osób dorosłych do Pierwszej Komunii Świętej i innych Sakramentów Świętych oraz wszelkiej pomocy duchowej osobom wewnętrznie zagubionym. Wrzesień był miesiącem wznowienia działalności grup formacyjnych – Ruch Rodzin Nazaretańskich, Ruch Światło–Życie. We wrześniu otwarta została Parafialna Szkoła Języków Obcych z sekcjami języka niemieckiego i angielskiego.W listopadzie odbył się w Suwałkach Kongres Rodzin z inicjatywy Stowarzyszenia Rodzin Katolickich. Od 29 września 1995 r. ukazywać się zaczął biuletyn informacyjny parafii.W dniach 13 – 20 października trwał Tydzień Kultury Chrześcijańskiej; ważnym wydarzeniem była transmisja w Radiu Maryja Mszy św., której przewodniczył J. Biskup Edward Samsel. Odbyły się też inne uroczystości, m.in. spotkanie Rodzin Radia Maryja, Apel Jasnogórski, audycja słowno-muzyczna dla młodzieży.Powstała nowa wspólnota Ruchu Neokatechumenalnego. Rozpoczęto prowadzenie katechez neokatechumenalnych dla dorosłych.Rok1996 ten przyniósł umocnienie już istniejącej wspólnoty Odnowy w Duchu Świętym i wspólnoty Ruchu Rodzin Nazaretańskich .W ramach Ruchu Światło–Życie utworzony został Krąg Rodzin.W parafii istnieje formacja ministrantów, chór parafialny, chór młodzieżowy, biblioteka parafialna. Powstał w parafii Klub Emerytowanych Nauczycieli i Pracowników Oświaty. Na terenie parafii znajduje się siedziba diecezjalna Stowarzyszenia Rodzin Katolickich. W parafii powstała Poradnia Rodzinna oraz Parafialny Oddział Akcji Katolickiej. W lutym 1997 r. minęła I rocznica śmierci ks. Kazimierza Hamerszmita. Mszy św. przewodniczył J. Biskup E. W lutym dzięki inicjatywie Stowarzyszenia „Przystań” objęto opieką duszpasterską dzieci uczęszczające do świetlicy środowiskowej. W kwietniu Fundacja „Ognisko domowe” zaczęła budowę domu dla osób starszych w Przerośli. Zapewniona będzie opieka duszpasterska, medyczna i materialna. Od października do biuletynu „Głos Serca” dołączono wkładkę dla dzieci „Iskierka” redagowaną wspólnie z wydawnictwem księży franciszkanów „Wieczernik”. W lutym 1998 r. z inicjatywy ks. proboszcza Jerzego Zawadzkiego w kościele parafialnym umieszczono tabliczki epitafijne z nazwiskami zmarłych suwalskich nauczycieli. Jest to nawiązanie do tradycji świątyni jako kościoła gimnazjalnego. Na bazie Katolickiego Stowarzyszenia Służby Dzieciom parafia uruchomiła świetlicę środowiskową. We wrześniu na terenie parafii odbył się Jesienny Turniej Piłki Nożnej zorganizowany przez Salezjańską Organizację Sportową. W październiku miało miejsce włamanie do kościoła i profanacja Najświętszego Sakramentu. W nocy z 13 na 14 października świętokradca zabrał Hostię Świętą i porozrzucał komunikanty. Msze św. ekspiacyjne odbyły się 25 października w parafii jak też w całej diecezji. Od listopada (środy i piątki) podjęta została dzienna adoracja Najświętszego Sakramentu. W grudniu uruchomiony został Punkt Interwencji Kryzysowej dla osób borykających się z problemami przemocy w rodzinie. W styczniu 1999 r. w związku z obchodami 60. rocznicy śmierci Romana Dmowskiego odbyła się uroczysta Msza św., której przewodniczył J. Samsel, obecny był też prof. W. Chrzanowski. 30 maja odbyło się poświęcenie dzwonu imienia „Jana Pawła II”. Zabrzmiał on po raz pierwszy w chwili lądowania Ojca Świętego w Wigrach. Czerwiec przejdzie do historii diecezji jako szczególny czas wizyty Jana Pawła II. Mile zaskoczył wszystkich nieplanowanym spotkaniem z rodziną państwa Milewskich w Leszczewie koło Suwałk oraz odwiedzinami na plebanii w Studzienicznej. Najświętszego Serca Pana Jezusa ofiarowała Ojcu Świętemu ikonę Madonny Cygańskiej autorstwa Andrzeja Taraszkiewicza. W październiku odbyły się V Dni Kultury Chrześcijańskiej. Program obejmował Mszę św. w intencji ś.p. ks. K. Hamerszmita w 60. rocznicę Jego święceń kapłańskich. Mszy przewodniczył J. Przy świetlicy środowiskowej powstała ochronka dla dzieci w wieku przedszkolnym. W listopadzie parafia gościła delegata Stolicy Apostolskiej ds. mniejszości litewskiej z racji Mszy świętych odbywających się – od czasu powstania parafii – również w języku litewskim. W grudniu w parafii zawiązało się Kółko Różańcowe.
5 marca 2000 r. Ojciec Święty Jan Paweł II beatyfikował 11 męczenniczek z Nowogródka ze zgromadzenia Sióstr Nazaretanek. Wśród nich znajdowała się zakonnica z Suwałk – siostra Kanizja Eugenia Mackiewicz. Uroczysty charakter miała Msza św. sprawowana w 60. rocznicę śmierci grupy kapitana Stanisława Bielickiego „Ziomka”. Była to pierwsza grupa ruchu oporu na Suwalszczyźnie podczas II wojny. W ciągu roku w parafii zorganizowano wiele wycieczek dla dzieci z rodzin najuboższych. W październiku odbyła się wizytacja kanoniczna parafii, podczas której J. Samsel udzielił sakramentu bierzmowania. Miała też miejsce Msza św. w intencji nauczycieli z okazji Dnia Edukacji Narodowej. Pokojowy marsz „Zło dobrem zwyciężaj” zainaugurował 7. Dni Kultury Chrześcijańskiej w Suwałkach. 28 października odbyły się w konkatedrze suwalskiej uroczystości poświęcenia obrazów Błogosławionych Sióstr Męczenniczek, w tym i bł. s. Kanizji, której wizerunek znajduje się w zachodniej kapliczce obok prezbiterium konkatedry św. Aleksandra.
10 maja 2001r. parafia przeżywała nawiedzenie figury Matki Boskiej Fatimskiej. 27 maja obchodzony był Jubileusz 25-lecia kapłaństwa proboszcza parafii ks. kan. Jerzego Zawadzkiego. W kościele parafialnym miała miejsce interesująca wystawa cyklu obrazów E. Musiałowicza. W listopadzie Parafialna Podstawowa Szkoła Romska otrzymała I nagrodę za całokształt działalności w dziedzinie dyplomacji społecznej przyznaną przez Fundację „Pro Publico Bono” pod przewodnictwem prof. Andrzeja Zolla. Kwiecień 2002 r. upłynął pod znakiem modlitw za aresztowanych i wywiezionych przez sowietów na „nieludzką ziemię”. Z myślą o zagospodarowaniu czasu wolnego młodzieży – w czerwcu powstał młodzieżowy klub o nazwie „Katakumby”. Od 6 do 13 października w parafii trwały Misje Święte, które zaowocowały powstaniem Wspólnoty Apostolstwa Miłosierdzia. W styczniu 2003 r. zmarł Ksiądz Biskup Edward Samsel.
6 kwietnia miało miejsce w parafii poświęcenie obrazu Pana Jezusa Miłosiernego. Było to przygotowanie do przyjęcia relikwii św. Faustyny. 27 kwietnia uroczyście umieszczono w kościele relikwie św. Faustyny. Uroczystościom przewodniczył dziekan suwalskich parafii ks. prałat Krzysztof Kaczyński. Nowym Biskupem Ełckim mianowany został ks. Jerzy Mazur.
16 i 17 sierpnia parafia przeżywała I rocznicę zawierzenia świata Miłosierdziu Bożemu. Replika obrazu Bożego Miłosierdzia umieszczona została w oknie wieży kościoła. W maju 2004 r. Punkt Charytatywny parafii przekształcił się w Parafialny Zespół CARITAS.
15 – 17 sierpnia minęła II rocznica zawierzenia świata Miłosierdziu Bożemu. Uczestnikami uroczystości byli m. in. goście z Chorwacji, delegat Biskupa Ełckiego, księża ze wszystkich parafii suwalskich.22 października obchodzona była 20. rocznica zamordowania ks. Jerzego Popiełuszki.
2 kwietnia 2005 r. zmarł Papież Jan Paweł II.W kwietniu rozpoczęły się Suwalskie Dni Świętości Życia. Młodzież z parafii podjęła się duchowej adopcji dziecka poczętego. Zorganizowano również Marsz Życia. W maju parafia przyjęła peregrynujący obraz Miłosierdzia Bożego i zawierzona została Miłosierdziu Bożemu. W lipcu miały miejsce obchody złotego jubileuszu ks. prałata Przemysława Rogowskiego. W sierpniu uroczyście upamiętniono III rocznicę zawierzenia świata Miłosierdziu Bożemu, ponawiając akt zawierzenia. Od listopada zaczęło organizować się duszpasterstwo akademickie przy udziale ks. Jacka Chałko. W lutym 2006r. proboszcz ks. Jerzy Zawadzki uhonorowany został nagrodą „Włócznia Jaćwingów” przez Kapitułę pod przewodnictwem prezydenta Suwałk za osiągnięcia na rzecz społeczności lokalnej oraz na rzecz suwalskich Romów. 2 – 3 kwietnia odbyła się w parafii wizytacja ks. Biskupa J. Mazura. W czerwcu z okazji Dni Suwałk zostały zaprezentowane dwa filmy o Ojcu Świętym Janie Pawle II. W czerwcu odbyły się parafialne uroczystości Najświętszego Serca Pana Jezusa. W czerwcu minęła I rocznica poświęcenia w kościele parafialnym tablicy pamiątkowej ufundowanej przez suwalskich Sybiraków.
23 kwietnia 2007 r. zmarł ksiądz kanonik Jerzy Zawadzki. Uroczysty pogrzeb odbył się
26 kwietnia 2007 r. Obecnym proboszczem jest ksiądz Jarema Sykulski .
