Najniższym szczeblem w strukturze KSM i jednocześnie jego najważniejszym elementem jest oddział parafialny bądź koło szkolne czy akademickie (w zależności od miejsca funkcjonowania), którego działalnością koordynuje kierownictwo, zaś opiekę duchową sprawuje ksiądz asystent parafialny. Natomiast pracami zarządów diecezjalnych kieruje Prezydium Krajowej Rady, a pomaga mu ksiądz asystent generalny. KSM jest jak najbardziej demokratycznym stowarzyszeniem, dlatego też raz w roku delegaci z każdego oddziału i koła spotykają się w swoich diecezjach na Zjeździe Diecezjalnym, aby pomówić o bieżących sprawach organizacji, o planach na przyszłość, wybrać nowy skład zarządu i komisji rewizyjnej (organ kontrolujący poczynania zarządu). Analogicznie przedstawiciele poszczególnych diecezji spotykają się podczas Krajowej Rady, natomiast ważne kwestie dla danego oddziału są omawiane na Walnym Zebraniu Członków. Działalność i funkcjonowanie KSM opiera się na dwóch nurtach: formacyjno – modlitewnym, związanym z duchowym rozwojem, oraz skupiającym się na działalności zewnętrznej. Z modlitwy i rozwoju wewnętrznego musi wypływać działanie, w przeciwnym bowiem wypadku jest to znak, że coś nie jest w porządku z formacją. Z drugiej strony samo działanie, jeśli jest oderwane od modlitwy i życia duchowego, staje się tylko pustym aktywizmem. Dlatego też KSM funkcjonuje na czterech płaszczyznach: religijnej, patriotyczno – społecznej, charytatywnej oraz kulturalno – rozrywkowej i sportowej. Odpowiednio do nich Zarząd KSM Diecezji Rzeszowskiej wysuwa rozpięty wachlarz licznych propozycji spędzania czasu wolnego. Należą do nich: rekolekcje, zimowiska, turnusy wakacyjne, trzystopniowe szkolenia dla zastępowych, szkolenia wprowadzające w tajniki stowarzyszenia - Start w KSM, a także zawody sportowe i złaziska.
