Mikołaja stanowi spadkobiercę dwóch parafii, istniejących niegdyś w Nysie w obrębie dzielnicy Stare Miasto. Istnienie Starego Miasta zostało podczas pierwszy odnotowane w źródłach historycznych w roku 1223. Posiadało własne prawa oraz wójta. Pierwszy kościół św. Jana Chrzciciela zbudowany został w średniowieczu. Pierwsze informacje na jego temat pochodzą z roku 1240, ale najprawdopodobniej istniał
wcześniej. W XIV wieku został przebudowany w stylu gotyckim. W tamtych czasach kościół ten posiadał bardzo duże znaczenie. Z tego też powodu w 1477 roku biskup Rudolf von Rüdesheim przeniósł tu siedzibę otmuchowskich kanoników z tamtejszej podupadającej świątyni. Kościół w Nysie uzyskał wówczas drugiego patrona – św. Do tej kolegiaty wkrótce dołączono dwa inne nyskie kościoły (obecnie już nieistniejące): św. Mikołaja i Maryi Różańcowej (lub różanej - Maria in rosis). W latach 1477-1650 kościół św. Jana Chrzciciela istniał na Starym Mieście. Położenie na obrzeżach okazało się jednak zgubne. Został on bowiem, podobnie jak pozostałe wysokie budynki, wyburzony w 1663 roku przez austriackie władze jako potencjalne utrudnienie w obronie podczas najazdów tureckich. Jedyną pamiątką po dawnym kościele była wieża, którą w roku 1741 także wyburzono. Kościół św. Mikołaja znajdował się prawdopodobnie w okolicach ulicy Prudnickiej. Jana Chrzciciela natomiast stał w obrębie dzisiejszej ulicy Zjednoczenia. Zdaniem niektórych, stał on w miejscu stanowiącym dziś podwórza kamienic. Od roku 1740 parafia staromiejska straciła niemal wszystko. W miejscu jej kościołów, cmentarzy i domów parafian Prusacy wznieśli fortyfikacje, których część przetrwały do dziś. Mieszkańcy Starej Nysy przenieśli się na przedmieścia, zwłaszcza upodobali sobie miejsce zwane Neuland. Władze zobowiązały się zbudować nowy budynek kościoła na miejsce tego, który zburzony został przez Austriaków. Niestety nowi zarządcy stanowili organ protestanckiej władzy pruskiego rządu i nie mieli najmniejszego zamiaru realizować tej obietnicy. Dopiero po 29 latach zapadła decyzja, że w Średniej Wsi powstanie nowy kościół. Wznoszony na zlecenie rządu przez patronującą staronyskiemu kościołowi Kapitułę Kolegiaty budynek został ukończony w roku 1770. Nowy kościół otrzymał tytuł św. Mikołaja, gdyż jak zaznaczono w dokumencie: „Kościół ten jest prawnym następcą obu tych kościołów parafialnych na Starym Mieście.”
W roku 1827 wzniesiono budynek szkoły parafialnej. Nowy, wybudowany w późnobarokowym stylu kościół po 130 latach doczekał się rozbudowy. Wzbogacony został o prezbiterium i transept, czyli nawę prostopadłą do osi kościoła, położoną między prezbiterium a resztą budynku. Jak można podejrzewać, transept został zbudowany w miejscu dawnego prezbiterium, a cała świątynia rozrosła się w kierunku południowo-wschodnim. Zaowocowało to połączeniem barokowego stylu kościoła z neobarokową rozbudową. Orientowany na zachód przyciąga wzrok dwukondygnacyjną wieżą, w której wnętrzu znaleźć można zabytkowy mechanizm zegara, a także dzwony: św. Mikołaja i św. Jana. Po zakończeniu II wojny światowej parafia wraz z Nysą została włączona w granice państwa polskiego oraz do nowo utworzonej diecezji opolskiej.
