Jego Eminencji Metropolity Bazylego z dnia 30 kwietnia 1996r. W granicach nowej parafii znalazła się również kaplica p.w. Wszystkich Świętych. To właśnie ona stała się zalążkiem nowej parafii, wokół której skupiło się życie duchowe przez kilka następnych lat. Dekret śp. Metropolity Bazylego wszedł w życie od 1 maja 1996 r., ale przygotowania zaczęły się o wiele wcześniej. 23 maja 1993 r. został wm
urowany kamień węgielny pod budowę nowej świątyni przez Metropolitę Bazylego w obecności duchowieństwa i wiernych miasta. Do pomocy śp. ks. Mitratowi A. Dziewiatowskiemu został przydzielony ks. Leonid Szeszko – wówczas wikariusz parafii Św. Trójcy. Zadaniem ks. Leonida Szeszko było przygotowanie placu pod budowę nowej Cerkwi, uzyskanie pozwoleń i nadzór nad pracami. W roku 1995 w cmentarnej cerkiewce odbyło się pierwsze nocne Paschalne nabożeństwo. Z uwagi na to, że mała Cerkiew cmentarna nie mogła pomieścić wiernych, w latach 1995 -1998 rozbudowano ją przy wydatnej pomocy ówczesnego starosty hajnowskiego Władysława Zina. W latach 1995 – 1999 ukończono stawianie murów Cerkwi p.w. Jana Chrzciciela i pokryto dach blachą miedzianą. Kolejnym wydarzeniem w życiu nowej parafii była data 6 czerwca 1999 r., czyli wyświęcenie 5-ciu dużych i 16-tu małych krzyży. W tym dniu w Cerkwi odbyła się pierwsza Św. Liturgia celebrowana przez Jego Eminencję Metropolitę Warszawskiego i całej Polski Sawę. Od dnia 04.12.2001 r., rozpoczęło się codzienne odprawianie nabożeństw w nowej Cerkwi. 22 listopada 2003 r. Jego Eminencja metropolita Sawa w asyście duchowieństwa poświęcił dolny ołtarz ku czci Św. Męczenników Ziemi Chełmskiej i Podlaskiej. Dalsze prace wykończeniowe wewnątrz i na zewnątrz świątyni zapisały się na lata 2004 – 2006. W tym też okresie wykonano ogrodzenie świątyni płotem metalowym oraz przy pomocy Wójta Gminy Hajnówka Olgi Rygorowicz wykonano oświetlenie na przyległym cmentarzu. Lata 2006 – 2010 zapisały się jako kolejne wielkie dzieło. Przystąpiono do wykonywania polichromii wewnątrz świątyni. Tegoż dzieła podjęli się ikonopiscy z Ukrainy. Polichromię wykonano naturalnymi farbami. Wielką chlubą parafii są chóry cerkiewne. To zasługa zatrudnionej w parafii od 1 lipca 1999 r. dyrygentki Wiryneji Kociubajło – absolwentki Seminarium Duchownego w Poczajewie. Uwieńczeniem wysiłku i trudu w dniu 8 maja 2011 roku nastąpiło wyświęcenie cerkwi przez Jego Eminencję Metropolitę Warszawy i całej Polski Sawę. Znaczącą częścią uroczystości było poświęcenie prestołu w ołtarzu głównym, w którym umieszczono relikwie Św. Męczenników betlejemskich. Ważną osobą w życiu parafii był proboszcz ks. prot. mgr Leonid Szeszko. Od samego początku był zaangażowany w budowę cerkwi Narodzenia św. Jana Chrzciciela w Hajnówce – najpierw jako wikariusz parafii Świętej Trójcy, następnie jako proboszcz nowej parafii. Rokrocznie organizował pielgrzymki: piesze, rowerowe, autokarowe do świętych miejsc na terenie Polski jak i zagranicę. Był wielokrotnie nagradzany. 6 czerwca 2016 roku zginął w wypadku samochodowym w Nowosiółkach koło Milejczyc. W dniach 9 i 10 czerwca 2016 r. w cerkwi parafialnej p.w. Narodzenia Św. Jana Chrzciciela w Hajnówce miały miejsce uroczystości pogrzebowe ks. mgr Leonida Szeszko. Ciało ks. mgr Leonida Szeszko spoczęło przy parafialnej cerkwi pw. Jana Chrzciciela w Hajnówce. Rokrocznie naszą świątynię odwiedza liczna rzesza turystów z kraju i zagranicy podziwiając architekturę budowli, piękno wnętrza – polichromię, ołtarz oraz słucha koncertów o tematyce religijnej w wykonaniu naszych chórów.
