Dobrego Pasterza, na ciągle rozbudowującym się osiedlu, przyczyniła się kaplica św. Jana Chrzciciela, która jako punkt sakralny służyła mieszkańcom Prądnika Czerwonego przez blisko 400 lat. Została ona wybudowana przez dominikanów w 1587 r. Kaplicę jednak strawił pożar w 1. poł. XVII w. Stojącą do dzisiaj kaplicę o wystroju barokowym wybudowano w 1642 r. Do 1924 r. w kaplicy odprawiane były niedzielne Msze św., a w dni powszednie śpiewano Godzinki o NMP, odbywały się też nabożeństwa majowe i różańcowe w październiku prowadzone przez oo. Dominikanów. W tym czasie Prądnik Czerwony należał do parafii św. Mikołaja. W 1924 r. ks. abp krakowski książę Adam Stefan Sapieha erygował nową parafię pw. Pana Jezusa Dobrego Pasterza, na terenie której znalazła się kaplica św. Jana Chrzciciela. W okresie międzywojennym dla mieszkańców tzw. Zadworza odprawiane były tylko nabożeństwa majowe i różańcowe oraz uroczystości odpustowe 24 czerwca.
27 marca 1950 r. majątek dominikański został przejęty na rzecz Skarbu Państwa jako „dobra martwej ręki”. Od tej pory mienie kościelne było użytkowane kolejno przez Urząd Bezpieczeństwa, „Konsumy”, Akademię Medyczną, a w końcu przez Pomocnicze Gospodarstwo Rolne Szpitala im. S. Żeromskiego w Nowej Hucie. W 1958 r. parafia Dobrego Pasterza przejęła od zakonu klucze od kaplicy i rozpoczęła pomocniczą dla parafii działalność duszpasterską. W niedziele odprawiano w niej Msze św., a w tygodniu katechizowano przedszkolaków i uczniów ze Szkoły Podstawowej nr 60. Od 2 maja 1961 r. w kaplicy przechowywano Najświętszy Sakrament. Parafia św. Jana Chrzciciela zawdzięcza swój początek decyzji ks. kard. Karola Wojtyły o podziale osiedla Prądnik Czerwony na dwie wspólnoty: Pana Jezusa Dobrego Pasterza, jako parafii macierzystej i nowej – św. Decyzja ta zapadła 31 maja 1976 r., a 15 lipca tegoż roku ks. Grzegorzowi Cekierze powierzono opiekę duszpasterską nad kaplicą św. Jana Chrzciciela (z planem utworzenia tu przyszłości nowej wspólnoty parafialnej i budowy kościoła). 22 sierpnia 1976 r. rozpoczęło działalność osobne duszpasterstwo w kaplicy. Wprowadzono trzecią Mszę św. w niedzielę, a l września rozpoczęła się katechizacja młodzieży ze szkół średnich, dzieci ze szkoły podstawowej oraz przedszkolaków. Na przedłużeniu kaplicy powstała salka katechetyczna. W pracy katechetycznej pomocą służyła s. Albina Magiera – służebniczka. l listopada 1976 r. Kuria Metropolitalna wydała zezwolenie na prowadzenie osobnej kancelarii parafialnej w pełnym wymiarze. Założono nowe, osobne księgi chrztów, ślubów i pogrzebów, chociaż granice terytorialne nowej parafii nie były jeszcze dokładnie określone. 15 listopada 1976 r., na wyraźne życzenie ks. Karola Wojtyły, ks. Grzegorz Cekiera zamieszkał w pobliżu kaplicy, przy ul. Harnasiów 3, aby wierni mieszkający koło kaplicy wiedzieli, iż jest to ich duszpasterz posłany z misją tworzenia nowej parafii. Granice ośrodka duszpasterskiego zostały ustalone i zatwierdzone przez ks. Franciszka Macharskiego 24 października 1979 r. Podjęto plany budowy nowej świątyni w tej części Prądnika Czerwonego i wystąpiono do władz świeckich o wydanie stosownego zezwolenia. Delegacje parafian wiele razy udawały się do Urzędu Miasta, by ośrodek duszpasterski otrzymał takie zezwolenie. Po ponad czterech latach walki wydano wstępne zezwolenie 24 lutego 1981 r. W roku następnym – 18 maja 1982 r. Metropolita Krakowski ks. Franciszek Macharski erygował parafię św. Jana Chrzciciela na Prądniku Czerwonym w Krakowie. Pierwszym proboszczem został mianowany ks. Grzegorz Cekiera. W tym samym roku, 17 grudnia, parafia uzyskała lokalizację kościoła i sal katechetycznych na terenie 1,7 ha.
1 czerwca 1983 r. Ks. Kardynał poświęcił plac pod budowę nowej świątyni. Rozpoczął się okres bezpośrednich przygotowań do tego ogromnego zadania, m.in. prace rozbiórkowe budynków PKP przy ul. Bosackiej, czyszczenie cegły (ponad milion sztuk), budowa zaplecza technicznego oraz salek katechetycznych i mieszkań dla kapłanów. 19 grudnia 1983 r. parafia otrzymała prawomocne pozwolenie na budowę kościoła. Prace budowlane rozpoczęły pierwsze wykopy pod fundamenty 5 kwietnia 1984 r. 14 listopada 1985 r. Franciszek Macharski wmurował kamień węgielny, poświęcony na Błoniach przez Ojca Świętego Jana Pawła II w 1983 r. Kamień składa się z trzech części: z kamienia z Ain Karim – miejsca urodzenia św. Jana Chrzciciela, z rzymskich katakumb oraz Bazyliki Laterańskiej w Rzymie
Budowa świątyni, projektu architekta Wojciecha Obtułowicza, przy wielkim wsparciu finansowym (również wielu innych parafii) oraz wysiłku fizycznym świętojańskich parafian trwała do roku 1989, kiedy to 2 grudnia mury kościoła poświęcił ks. Franciszek Macharski. 16 grudnia 1994 r. Metropolita Krakowski dokonał konsekracji ołtarza, poświęcił tabernakulum, zespół figuralny chrztu Pana Jezusa w Jordanie (autorstwa prof. Wincentego Kućmy) i ambonkę, zaś w Roku Jubileuszowym 2000 – 16 grudnia – konsekrował świątynię. 19 kwietnia 2008 r. Stanisław Dziwisz uroczyście poświęcił organy, które wyróżniają się pięknym brzmieniem. Obecnie trwają przygotowania do wymiany drzwi kościoła wg projektu prof. Wincentego Kućmy. Parafia liczy ok. 15 tys. osób. Wykaz ulic należących do świętojańskiej wspólnoty: Aliny, Antyczna, Bachledy, Balladyny, Bitschana, Boznańskiej, Brzechwy, Dobrego Pasterza – od nr. 93, Dziedzica, Harnasiów, Janosika, Kazimierza Odnowiciela, Krzesławicka, Kwartowa, Liryczna, Łuszczkiewicza, Marchołta, Naczelan, Nikifora, Olszecka, Pana Cogito, Powstańców, Promienistych, Rozrywka, Sabały, Skalbmierska, Słoneckiego, Strzelców.
