Seminarium duchowne w Białymstoku jest spadkobiercą i kontynuatorem tradycji Diecezjalnego Seminarium Duchownego w Wilnie i jako takie jest jedną z najstarszych tego rodzaju instytucją w Polsce. biskup wileński Jerzy Radziwiłł. Przez prawie dwa wieki seminarium diecezjalne mieściło się w pałacu biskupim i początkowo liczyło nie więcej, niż kilkunastu alumnów. Prawdziwy rozkwit instytucja ta przeży
wała pod zarządem księży misjonarzy św. Wincentego á Paulo. W przeddzień rozbiorów seminarium liczyło ok. 60 alumnów, okres nauki trwał cztery lata, klerycy korzystali też z wykładów na Uniwersytecie Wileńskim. W 1774 r. bp Masalski przeniósł seminarium do przestronnego budynku pojezuickiego nowicjatu przy kościele św. Ignacego, zaś jego następca, bp Jan Nepomucen Kossakowski, po przejęciu przez rząd carski pomieszczeń seminaryjnych na koszary, umieścił kleryków w pokarmelickim klasztorze przy kościele św. Jerzego. Tutaj przetrwało ono aż do roku 1945. Okres niewoli narodowej komplikował, a nierzadko uniemożliwiał pracę seminarium, na formacji alumnów dotkliwie ciążyła polityka rusyfikacyjna i represje popowstaniowe. Warunki zmieniły się wraz z odzyskaniem niepodległości. W 1925 r. seminarium połączono z Wydziałem Teologicznym Uniwersytetu Stefana Batorego. Po wybuchu II wojny światowej pracowało ono jeszcze do 3 III 1942 r. Po wyzwoleniu Litwy spod okupacji niemieckiej, seminarium dn. 1 X 1944 r. wszczęło swoją działalność, jednakże niedługo potem, na początku 1945 r., władze sowiecko - litewskie podjęły decyzję o jego zamknięciu. W tej sytuacji metropolita wileński abp Romuald Jałbrzykowski dn. 20 II 1945 r. postanowił przenieść seminarium do pozostającego po stronie polskiej, a należącego do archidiecezji wileńskiej Białegostoku. Przez prawie 40 lat seminarium mieściło się w budynkach zastępczych. Dopiero w roku 1981 uzyskano pozwolenie na budowę nowego gmachu, do którego już w 1984 r. mogli wprowadzić się alumni. W latach następnych rozbudowano część rekreacyjną i dydaktyczną. W ciągu 60 lat istnienia seminarium w Białymstoku wykształciło ono ponad pół tysiąca duchownych. W zasadzie uczelnia ta kształci alumnów pochodzących z terenu archidiecezji białostockiej, chociaż nie brak w jego murach kandydatów do kapłaństwa z innych diecezji oraz alumnów z Rosji i Białorusi. Ci ostatni, po ukończeniu studiów najczęściej podejmą pracę w rodzimych diecezjach. Białostockie seminarium zgodnie ze swym statutem kształci duchownych dla swojej diecezji. Wielu księży jednakże po odpowiednim przygotowaniu podejmuje pracę misyjną w Ameryce Południowej i Afryce, niektórzy prowadzą duszpasterstwo w USA, Brazylii, Argentynie, Rosji, Białorusi i w wielu innych krajach. Istnieje również możliwość dalszych studiów. Dlatego wielu księży po ukończeniu Seminarium i po kilkuletnim posługiwaniu w parafii zostaje oddelegowanych na studia za granicę do Włoch, Szwajcarii, Hiszpanii, Francji, lub w Polsce.
