Kościół ten, jako piękny zabytek („perła Baroku”) stanowi nieodłączną część Starego Miasta Łowicza. Zbudowany został w latach 1672 -1680 z fundacji Jana Szamowskiego – kasztelana gostyńskiego oraz Wojciecha Zimnego – chłopa z Bobrownik i innych dobrodziejów; rozbudowany z fundacji arcybiskupa Michała Radziejowskiego w XVII/XVIII wieku. Gospodarzami kościoła i Kolegium od 1668 roku są Ojcowie Pijarzy. To ich staraniem przy pomocy różnych fundatorów i dobroczyńców otwarto w 1670 roku szkołę dla dzieci i młodzieży. Przy Kolegium Łowickim Ojców Pijarów odbywały się Kapituły Prowincjalne. Na jednej z nich w roku 1753 staraniem ks. Stanisława Konarskiego została uchwalona reforma szkolnictwa, najpierw pijarskiego – zatwierdzona przez papieża Benedykta XIV, a potem dała asumpt do powołania Komisji Edukacji Narodowej, co dokonało się na Sejmie Czteroletnim. Również na tej Kapitule zakonnej uchwalono nową instrukcję dla mających się organizować szkół w kraju. To właśnie wspomniany ks. Stanisław Konarski za zasługi w dziele kształcenia i wychowania otrzymał od króla Augusta Poniatowskiego medal „Sapere Auso”. Pijarzy działający przy kolegiach łowickim i warszawskim wnieśli wielki wkład w kulturę i naukę naszej ojczyzny w wiekach XVII i XVIII. Kościół i Kolegium łowickie Ojców Pijarów przechodziło różne koleje losu. W czasach wojen napoleońskich w 1831 wojsko rosyjskie ten kościół zdewastowało i zmieniło na skład prochu, a nawet podobno na stajnię. Od ten pory datuje się zniszczenie bezcennych XVII-wiecznych fresków na ścianach świątyni. Część z nich została zamalowana, a część - bardzo zniszczonych – jest widoczna. W czasach pruskich w kościele urządzono szpital wojenny, a w czasie I wojny światowej był w nim garaż dla samochodów wojskowych. Wszystko to wpłynęło na kondycję zabytkowej budowli. Dużemu zniszczeniu uległy freski przypisywane włoskiemu malarzowi Michelangelo Palloniemu. Bardzo groźnemu pęknięciu – ciągle się powiększającemu – uległa ściana zachodnia nawy świątyni. Pilnej renowacji potrzebują zabytkowe ołtarze, organy i inne elementy wyposażenia świątyni. Obecnie Ojcowie Pijarzy, którzy po długiej przerwie trwającej od roku 1864 do 1958 powrócili do Łowicza i prowadzą działalność duszpasterską (kościół rektoralny) oraz działalność edukacyjną, kontynuując wielkie dzieło ks. Stanisława Konarskiego i wielu innych pijarów minionych pokoleń. W ciągu minionych 12 lat Ojcowie Pijarzy otworzyli w Łowiczu trzy szkoły: podstawową, gimnazjum i liceum, do których uczęszcza ok. 500 dzieci i młodzieży.
