De Kerk van het Vliegend Spaghettimonster werd gesticht in 2005 als protest tegen lessen in creationisme en intelligent design op scholen. De bedenker was de toen 24-jarige Amerikaanse werkloze natuurkundige Bobby Henderson, die een satirische open brief[3] stuurde aan het staatsbureau voor het onderwijs in de staat Kansas, waarin geponeerd werd dat het idee dat de wereld tot stand zou zijn gekome
n door Intelligent Design even valide is als wanneer het geschapen zou zijn door een Vliegend Spaghettimonster.[4]
Omdat hij geen reactie kreeg, zette Henderson zijn brief op zijn website, en ontving in korte tijd tienduizenden reacties. Het overgrote deel was positief, maar er waren ook veel boze reacties omdat hij andere geloven zou hebben bespot, wat leidde tot doodsbedreigingen aan het adres van Henderson. Door de satirische presentatie van het argument van Henderson: dat Intelligent Design een verzinsel was, werd het Vliegend Spaghettimonster populair bij bloggers, internetmagazines en spotwebsites als Boing Boing en Uncyclopedia, tot het ook door kranten en tijdschriften werd opgepikt.[5]
Het humoristische symbool van de strijd tegen godsdienstig aangestuurd onderwijs werd door sommigen quasi-serieus opgevat. De Zweedse ontwerper Niklas Jansson presenteerde in augustus 2005 een bewerking van Michelangelo's bekende schilderij De schepping van Adam waarbij de afbeelding van God was vervangen door een kluwen spaghetti (pasta ofwel noedels) met twee gehaktballen en twee ogen op steeltjes, naar de tekening van de Schepping door het Vliegend Spaghettimonster die Bobby Henderson bij zijn Open Brief had gevoegd. Met deze prent, Touched by His Noodly Appendage genaamd, had het Spaghettimonster zijn iconische vorm gekregen. Lezers van het internetmagazine Boing Boing creëerden een parodie op het ichthus-symbool, om te gebruiken als logo, bumpersticker en meer.
