De naam van De Boom gaat terug op een schuilkerk die sinds 1578 door paters franciscanen bediend werd. Deze was gelegen in een voormalige brouwerij op de plaats waar later Vroom & Dreesmann een vestiging had aan het Rokin. In 1771 werd de schuilkerk vervangen door een meer zichtbaar gebouw, dat ruimte bood aan 500 gelovigen. De nieuwe Boom
De stadsuitbreiding maakte de verhuizing van 't Boompje no
odzakelijk. Men verkocht het pand en de grond aan Vroom & Dreesmann. Van de opbrengst werd een nieuwe kerk gebouwd bij Sloterdijk aan de nog nieuwe Admiraal de Ruijterweg. De nieuwe kerk, een ontwerp van P.J. Bekkers, werd op 7 mei 1911 ingewijd door Mgr. Callier, bisschop van Haarlem. Tot 1921 lag dit gebouw in de gemeente Sloten, in 1921 werd het bij de gemeente Amsterdam gevoegd. De Boom beschikt over een zeer fraai Hilgersorgel uit 1774. Het is meeverhuisd uit het Oude Boompje. (bron: Wikpedia)
Sinds eind 2008 wordt De Boomkerk tevens gebruikt door de Afrikaanse gemeenschap van All Saints die voorheen in het Afrikahouse hun onderkomen hadden. In 2010 is het parochiecentrum geopend. Dit bestaat uit de vroegere Imeldaschool, die geheel gerenoveerd is, en een grote ontmoetingsruimte die gecreëerd is door een glazen overkapping van de binnenplaats tussen school en kerk. Het doet dienst als ontmoetings- en activiteiten centrum voor mensen uit de gehele kerkelijke regio en is ook voor andere activiteiten op het gebied van bezinning en dialoog beschikbaar.