Yayasan Islam Kelantan (YIK) yang terdapat pada hari ini lebih merupakan sebuah agensi agama kerajaan negeri Kelantan yang diamanahkan untuk menjalankan aktiviti-aktiviti pendidikan Islam dan pengajian bahasa Arab di Negeri Kelantan. Satu cadangan telah dikemukakan kepada pihak kerajaan negeri agar ditubuhkan satu Jabatan Khas untuk mengendalikan sekolah-sekolah agama. Jabatan ini diberi nama Jaba
tan Khas untuk mengendalikan sekolah-sekolah agama. Jabatan ini diberi nama Jabatan Sekolah-Sekolah Agama (JASA) Kelantan pada 1 Julai 1974 dan diletakkan di bawah Yayasan Pengajian Tinggi Islam Kelantan, Nilam Puri dengan Enakmen No. 9 tahun 1969 yang kemudian dipinda di bawah Enakmen No. 3 tahun 1977. Ia ditempatkan di bangunan Yaakubiah Lundang, Kota Bharu. JASA ditadbir oleh jemaah tadbir yang bertanggungjawab kepada Majlis Yayasan Pengajian Tinggi Islam Kelantan (Muhammad Yunan 1997). Surat Pejabat Setiausaha Kerajaan Negeri Kelantan kepada Dato’ Yang DiPertua Majlis bilangan 1703/73(26) bertarikh 2 Ogos 1976 menyatkaan bahawa Majlis Mesyuarat Kerajaan Negeri yang bersidang pada 29 Julai 1976 bersetuju melaksanakan pengambil alih sekolah-sekolah itu mulai 1 Ogos tahun yang sama. Sekolah yang terlibat dalam pengambil alih pada peringkat pertama ialah sebanyak enam buah sahaja, iaitu Madrasah Muhammadi (Kota Bharu), Madrasah Falahiah (Pasir Pekan, Tumpat), Madrasah Amir Indera Petra (Beris Kubor Besar, Bachok), Madrasah Yaakubiah (Nipah, Bachok), Madrasah Arabiah (Pasir Mas) dan Madrasah Syamsul Maarif (Pulai Chondong, Machang) dan yang lain-lain di bawah naungannya. Maksud sekolah naungan ini ialah sekolah-sekolah yang pentadbirannya diluluskan oleh MAIK serta berjalan mengikut sukatan pelajaran yang digubal oleh MAIK, tetapi dengan guru-guru yang dilantik dan dibiayai sendiri oleh jawatankuasa kemajuan sekolah masing-masing. Sebelum diambil alih oleh Jabatan Sekolah-Sekolah Agama (JASA) Kelantan pada tahun 1976, semua sekolah agama dalam negeri Kelantan terletak sama ada di bawah pentadbiran penuh MAIK menerusi satu pengisytiharan pengambilalihan oleh Kerajaan Negeri yang telah dibuat oleh Yang Amat Berhormat Dato’ Haji Ishak Lutfi bin Omar, Menteri Besar Kelantan pada masa itu. Pengisytiharan ini dibuat dalam satu majlis khas yang diadakan pada hari Isnin, 1 Julai 1974, jam 9.30 pagi di Dewan Johor Yayasan Pengajian Tinggi Islam Kelantan, Nilam Puri beberapa minggu sebelum pilihan raya umum bulan Ogos tahun berkenaan. Pengisytiharan ini dibuat kerana terjadi suatu peristiwa pada awal tahun 1971, apabila MAIK memperkenalkan sistem baru, iaitu sistem serampang dua mata untuk menggantikan sistem lama. Sistem ini diperkenalkan kerana pada awal tahun 1970 an merupakan zaman kemerosotan pelajar-pelajar di semua sekolah agama di negeri Kelantan , terutama di sekolah-sekolah bantuan atau rakyat. Minat orang ramai untuk menghantar anak-anak mereka belajar di sekolah-sekolah agama mulai berkurangan. Sistem pengajian yang sedia ada tidak lagi dapat menghadapi pergolakan zaman yang berubah dengan begitu cepat sehingga ada sekolah – sekolah agama bantuan (rakyat) yang terpaksa ditutup kerana ketiadaan pelajar. Minat orang ramai mulai tertumpu kepada sekolah menengah yang telah tumbuh di segenap pelusuk negeri yang pentadbiran dan kelengkapannya adalah lebih baik berbanding dengan sekolah-sekolah agama. Kadar kemerosotan sekolah-sekolah menengah mencemaskan terutama kedudukan negeri Kelantan sebagai pusat pengajian agama di rantau ini. Antara sebab perkara ini terjadi ialah:-
i) Sistem persekolahan agama yang berjalan sehingga penghujung dekad 1960 an merupakan sistem lama yang telah berjalan semenjak selepas Perang Dunia Kedua dan sudah tidak selari lagi dengan perkembangan zaman dan keperluan-keperluan semasa. ii) Tiada nilai ekonomi bagi sijil-sijil yang dikeluarkan oleh sekolah-sekolah agama. iii) Pengurusan dan pentadbiran sekolah tidak cekap, di samping peruntukan atau sumber kewangan yang amat terbatas. Kebanyakan berjalan dalam bentuk semasa dan tanpa perancangan jangka panjang. iv) Guru – guru tidak terlatih dan tidak tetap. Kebanyakan guru, sekolah agama hanya sekadar singgah mengajar sebelum mendapat tempat di sekolah-sekolah milik kerajaan atau di tempat-tempat lain yang lebih terjamin. Langkah-langkah awal bagi mengatasi masalah tersebut ialah dengan memperkemaskan sistem persekolahan melalui beberapa cara. Pada bulan Oktober 1967, Lembaga Peperiksaan Sijil Sekolah-Sekolah Agama Kelantan di bawah peraturan Majlis Agama Islam Kelantan telah ditubuhkan. Penubuhan lembaga ini dimaksudkan bagi menyamaratakan nilai sijil sekolah-sekolah agama Negeri Kelantan yang sebelum ini tidak diberi nilai dan pengiktirafan yang sama. Meskipun sekolah-sekolah ini memakai sistem dan kurikulum yang sama, iaitu sistem dan kurikulum MAIK, namun dalam amalannya nilai sijil yang dikeluarkan oleh masing-masing sekolah ini tidak mendapat pengiktirafan yang sama. Misalnya, terdapat sekolah yang sijilnya diterima untuk memasuki Universiti Al-Azhar seperti Maahad Muhammadi dan terdapat yang tidak. Bagi menyamaratakan nilai sijil ini supaya menjadi seragam, sebuah lembaga yang diberi nama seperti di atas ditubuhkan oleh MAIK bagi menjadi badan yang bertanggungjawab dalam perkara-perkara peperiksaan dan pengeluaran sijil. Lembaga yang diluluskan penubuhannya pada 28 September 1967 ini mula menjalankan tugasnya pada 1 Julai 1968 (Abd. Serentak dengan perlembagaan ini juga, sistem persekolahan serta sistem pelajaran (kurikulum) disusun semula dan dikemaskini. Sistem pengajian yang baru ini dinamakan Sistem baru Persekolahan Agama yang juga dikenali Sistem Serampang Dua Mata, iaitu sistem yang mengandungi peringkat pengajian yang selaras dengan sistem pelajaran Kementerian Pendidikan Malaysia bagi membolehkan pelajar-pelajar mengambil peperiksaan SRP (PMR), SMU, STU dan STPM. Sebelum sistem ini dilaksanakan, kurikulum agama di Kelantan tidak mengambil kira pengambilan sijil-sijil akademik seperti SRP (PMR) dan SPM. Dengan pelaksanaan sistem baru ini, pelajar-pelajar sekolah agama berpeluang memasuki peperiksaan-peperiksaan bagi mendapatkan sijil-sijil akademik mereka berselang seli dengan peperiksaan sijil agamanya dalam satu tempoh pengajian selama lapan tahun, dimulai dengan kelas peralihan sehingga tingkatan enam atas. Sistem ini juga adalah untuk melayakkan pelajar-pelajar agama memasuki mana-mana universiti sama ada di dalam mahu pun di luar negeri, yang beraliran agama atau pun aliran lain. Bagi menampung perbelanjaan yang agak besar, pihak MAIK mengenakan bayaran yuran bulanan kepada pelajar-pelajar. Bayaran ini mengikut kadar tingkatan masing-masing, bagi pelajar-pelajar tingkatan enam bayaran yang dikenakan sebanyak RM 10.00 sebulan. Ekoran daripada perkara itu, beberapa rundingan dijalankan di antara wakil pelajar, MAIK dan orang tengahnya di Dewan Bacaan maahad Muhammadi. Rundingan menemui jalan buntu dan para pelajar mengatur strategi dengan membuat sepanduk-sepanduk, mengadakan kelengkapan dan menghubungi para pemberita. Sepanduk yang berbunyi ‘Kalau Majlis Tidak Mampu Serahlah Kepada Kerajaan Negeri’ telah memberi kesan yang besar kepada Kerajaan Negeri dan MAIK. Ekoran daripada tindakan yang diambil oleh pelajar-pelajar di semua sekolah, pihak MAIK membuat satu keputusan yang baru, iaitu yuran persekolahan ditarikh balik. Akhirnya upacara pelancaran mengambil alih sekolah-sekolah Agama Rakyat Kelantan daripada Majlis Agama Islam Kelantan dibuat oleh Kerajaan Negeri yang dilakukan oleh YAB. Dato’ Lutfi b Umar Menteri Besar Kelantan pada hari Isnin 1 Julai 1974. Setelah kerajaan Barisan Nasional – Berjasa ditubuhkan di Kelantan pada 11 Mac 1978, pentadbiran sekolah-sekolah agama Kelantan berpindah daripada JASA kepada Yayasan Pelajaran Islam Negeri Kelantan (YPINK). Ia tertakluk terus kepada Pejabat Setiausaha Kerajaan Kelantan berkuatkuasa pada 22 Mac 1979, satu enakmen Bil. 5, tahun 1979, yang mula berkuatkuasa pada 1 Jun 1979, meluluskan bagi menjadikan jabatan ini sebagai badan berkanun serta ditukar namanya kepada Yayasan Pelajaran Islam Negeri Kelantan. Seterusnya untuk memberi kuasa yang lebih luas dan juga selepas digabungkan Fakulti Syariah Wal Qanun dan Usuluddin Wal Ijtima’, Yayasan Pengajian Tinggi Islam Kelantan Nilam Puri dengan Universiti Malaya (UM) dengan nama Akademik Islam Universiti Malaya (AIUM), kerajaan telah memansuhkan enakmen Yayasan Pengajian Tinggi Islam Kelantan. Kemudian agensi ini dipinda sekali lagi menerusi Enakmen Kelantan Bilangan 8/1982 dengan dinamakan Yayasan Islam Kelantan atau YIK yang berkuatkuasa pada 1 Mac 1983. Berikutan penukaran nama ini, pejabat Yayasan Islam Kelantan (YIK) yang bertempat di bangunan Yaakubiah, Lundang, Kota Bharu dipindahkan ke bangunan asrama sementara Yayasan Pengajian Tinggi Islam Kelantan (YPTINK) di Nilam Puri pada 4 Jun 1983. Kemudian sekali lagi dipindahkan ke bangunan lama Istana Nilam Puri yang terletak dalam Kampus Akademik Islam Universiti Malaya pada 9 September 1990 dan setelah ia diubah suai dan dibaik pulih dengan perbelanjaan sebanyak RM 120,000.00. Yayasan Islam Kelantan (YIK) bertanggungjawab mentadbir dan mengurus hal-hal berikut:-
i) Sekolah-sekolah Menengah Agama/Arab seluruh negeri Kelantan
ii) Pusat Bahasa Arab Nilam Puri
iii) Pusat Pengajian Pondok, Telong Kandis, bachok
iv) Tadika Tengku Anis, Kampung Sireh, Kota Bharu
v) Kewangan untuk pengurusan dan pembangunan
