Fue en el verano de 1993 cuando la Comunidad de San Francisco Xavier abrió una casa de misión en la Diócesis de Teotihuacan, Estado de México. Como parte de su espiritualidad, deseaban abrir un centro devocional en honor del Señor de la Divina Misericordia, con la finalidad de expandir el mensaje de Jesús misericordioso que el papa Juan Pablo II tanto promovía. Después de reflexionar sobre dónde e
ra el mejor lugar para construir este templo, eligieron el Cerro del Cosito en Tocuila, un pequeño pueblo perteneciente a Otumba, dentro del impresionante Valle de Teotihuacán, exactamente frente a la pirámide del Sol y a sólo 60 kilómetros de la ciudad de México. Los trabajos de construcción comenzaron el 14 de septiembre de 1997. Al principio el templo era muy sencillo pero aun así, la gente, domingo a domingo, llegaba para asistir a la eucaristía y rezar delante del Señor de la Misericordia. Se empezaron a dar generosos donativos y ofrendas, así que el Santuario fue terminado rápidamente. El 11 de septiembre de 1999, el Señor Arzobispo de Tlanepantla Don Carlos Aguiar Retes, consagró el altar y el santuario frente a miles de devotos, ese mismo día SS. Juan Pablo II envió la Bendición Apostólica a todas las personas que desde ese momento asistan confiados en Dios a este Santuario.
• El Santuario de Tocuila fue declarado centro diocesano de peregrinación el 24 de diciembre de 1999.
• Cada año, el viernes Santo se realiza el Vía crucis por la Comunidad de Tocuila, llevando una Reliquia de la Santa Cruz de Nuestro Señor (que consiste en una astilla del madero de la Cruz).
•El 28 de Diciembre del año 2015 el Señor obispo de Teotihuacán Mons. Guillermo Francisco Escobar Galicia, abrió la Puerta Santa del Santuario para ganar la Indulgencia plenaria del Jubileo de la Misericordia
• Se celebran dos fiestas en honor del Señor de la Divina Misericordia en Tocuila: Principal, que es también la más grande, es el segundo Domingo de Pascua,instituida por SS. JUAN PABLO II, por mandato de Jesús a Santa Faustina Kowalska (de la cual el Santuario custodia una Reliquia) ; la segunda es el 11 de septiembre, aniversario de la consagración del altar y del santuario.