Nació en la ciudad de México en 1572. Se dice que era un niño inquieto y travieso. Una leyenda cuenta que había en su casa una higuera marchita y que en cierta ocasión su nana, harta de las travesuras del niño, había dicho «¡Ay Felipe! Esta higuera reverdecerá el día en que tú seas santo.» Así, el día de la muerte de Felipe, la higuera reverdeció. Por esta razón, otro de sus atributos es el higo.
Siendo joven entró al noviciado franciscano, el cual abandonó. Su padre lo envió a Manila en Filipinas, para que se dedicara al comercio. Allí encontró una vida mundana que lo deslumbró, sin embargo al poco tiempo reconsideró su vocación (sus amigos lo abandonaron cuando se quedó sin dinero) y regresó con los franciscanos de Manila. Ante el ofrecimiento de terminar sus estudios en México para ordenarse sacerdote, Felipe se embarcó con otros frailes, pero una tormenta desvió el barco hacia Japón, donde los franciscanos se dedicaron a hacer misión, la cual tuvo al principio mucho éxito, pero al poco tiempo se desencadenó la persecución de Toyotomi Hideyoshi “Taikōsama” contra los cristianos. Básicamente, temía que los otros daimio (señores feudales) se enriquecieran al comerciar con los extranjeros, amenazando su creciente poder. Felipe, que no había sido ordenado sacerdote aún, pudo haber evitado los tormentos y la prisión, pero optó libremente por la misma suerte que corrieron los misioneros. Los veintiséis mártires fueron llevados en procesión por varias ciudades, de Kioto a Nagasaki, para ser objeto de burla. Les fue cortada una oreja a cada uno y finalmente, en la colina Nishizaka, 6 franciscanos (de la primera y tercera orden), 3 jesuitas y 17 laicos japoneses, fueron colgados en cruces. Viendo que Felipe de Jesús se ahogaba debido a la argolla en que se encontraba prisionero su cuello, los soldados lo atravesaron con dos lanzas en los costados, de las cuales una atravesó su corazón. Murió mártir el 5 de febrero de 1597. Fue beatificado, junto con sus compañeros el 14 de septiembre de 1627 y canonizado el 8 de junio de 1862, convirtiéndose en el primer santo mexicano. La iglesia católica en México lo considera patrono de la ciudad de México y de su arzobispado. En la ciudad de Colima y Villa de Álvarez es considerado protector contra incendios y temblores. Su veneración incluye una misa anual el día 5 de febrero y la renovación del juramento. Después de estos eventos, también se realizan en Villa de Álvarez desde hace más de 150 años unas fiestas charro-taurinas, supuestamente en honor a este santo, aunque el festejo es polémico para la iglesia católica.
