யாழ்ப்பாண இராச்சியத்தின் தலைநகரான நல்லூரை நிர்மாணித்த யாழ்ப்பாணத்தின் முதல் மன்னன் குலங்கை சிங்கை ஆரியன், கைலாய நாதர் (சிவா மற்றும் பார்வதி அம்பாள்) ஆகியோருக்கு அழகிய மாளிகையையும் எழுப்பினான். அந்த கைலாய நாதர் கோவில் ஒரு பிரமாண்டமான கோவிலாகவும், 13 ஆம் நூற்றாண்டில், மிகவும் சிறப்பாக திறக்கப்பட்டது. தமிழ் மன்னர்களின் ஆட்சிக் காலத்தின் நான்கு நூற்றாண்டுகளிலும் இது புனிதமான ஸ்தலமாகத் தொடர்ந்தது.
1620
ஆம் ஆண்டில், யாழ்ப்பாண இராச்சியம் போர்த்துகீசியர்களிடம் வீழ்ந்தபோது, யாழ்ப்பாணத்தில் உள்ள 50 க்கும் மேற்பட்ட கோயில்களுடன் இந்த கோயிலும் அழிக்கப்பட்டது. பல ஆண்டுகளுக்குப் பிறகு, உள்ளூர் மக்கள் இடிக்கப்பட்ட கட்டிடத்தில் ஒரு பிள்ளையார் சிலையைக் கண்டுபிடித்து, அதை மரத்தின் அடியில் வைத்தனர். கைலாயப் பிள்ளையார் கோவில் என்று அழைக்கப்படும் ஒரு ஆலயம் ஆரம்பிக்கப்பட்டது, இது படிப்படியாக நமது பெரியவர்களால் கோயிலாக மேம்படுத்தப்பட்டது. பொதுமக்களின் விருப்பத்திற்கு இணங்க, சி.சுந்தரம் மற்றும் பின்னர் அவரது சகோதரி மாணிக்க அம்மையார், பிறரின் உதவியுடன், 1946 இல் கோயிலை மீண்டும் கட்டி, கூடுதல் மூர்த்தியை நிறுவினர். அந்தக் கோயிலின் பெயர் கைலாசநாதப் பிள்ளையார் கோவில் என்று மாறி இருவழி நுழைவு வாயில் இருந்தது. 163 இல், ஒரு பஞ்ச முகப் பிள்ளையார் நிறுவப்பட்டது மற்றும் சி.சுந்தரலிங்கம் அவர்களால் மற்ற மேம்பாடுகளைச் செய்தார்.
இப்போது இந்த அரச கோவில் நிர்வகிக்கப்படுகிறது மற்றும் கோவிலின் பராமரிப்பை தலைமை பூசாரி ஸ்ரீ கே. குருசாமி சர்மா குருக்கள் கவனித்து வருகிறார், மேலும் அவர் இந்தியாவின் காசி (பெனாரஸ்) ஸ்ரீ கங்காதர ஐயரின் வழித்தோன்றல் ஆவார். Kulankai Singai Ariyan the first King of Jaffa, who build Nallur the capital city of Jaffna Kingdom, also erected a beautiful edifice for Kailaya Nathar (Load Siva and Parvathi Ambal). That Kailaya Nathar Kovil was a grand temple and was inaugurated with great splendour, on the 13th century. It continued as sacred sthalm all through the four century – period of reign of the Tamil Kings. In 1620, when the Kingdom of Jaffna fell to the Portuguese, this temple was destroyed, along with over 50 other temples in Jaffna. Years later, the local people discovered a Pillayar statue amoung the debris of demolished structure and placed it under a tree for reference. A shrine, called the Kailaya Pilliyar Kovil, thus commenced which was gradually improved into a temple by our elders. In response to the desire of the public, C.Suntharam and later his sister Manika Ammiyar, with the help of others, rebuilt the temple in 1946, installing an additional Moorthi. The name of the temple then became Kailasanatha Pillayar Kovil and had a two way entrance. In 163, a Pancha Muga Pillayar was installed and other improvements effected by C.Suntharalingam. Now This Royal Temple is managed and the maintains of the temple is taken care by the Chief Priest Sri K. Kurusamy Sarma Kurukkal and he is the descendant of Sri Gangadhara Iyer of Kashi (Benares) in India.