正式名称は石清尾八幡神社だが、社名が確認出来る最古の文献には「石清尾八幡宮」とあり、また、「宮」が使われていた時代の方が圧倒的に長い為、歴史と伝統を尊重し、石清尾八幡宮と呼ぶ。
旧社格は縣社。
祭神は
足仲彦命（第１４代仲哀天皇）、
誉田別命（第１５代応神天皇）、
息長帯姫命（神功皇后）。
平安時代、延喜１８年（西暦９１８年）。八幡大神が赤塔山（現在の石清尾山）に現れ、これをお祀りしたと伝えられる。もう一説には、時の国司が京都の石清水八幡宮の御分霊を戴き、祀ったとも言われている。
「石清尾」という社名は、社殿を造った赤塔山が亀ノ尾山（亀命山）の山裾にあたり、石清水と亀ノ尾をひとつに併せて、「石清尾」となったと言われている。
南北朝時代、室町幕府管領の細川頼之は石清尾八幡宮を篤く信仰し、社殿の改築や武具の奉納し、神域を守る禁令を出した。
その後、高松を治めた生駒親正は高松城を造営し城下町を整えるとともに、石清尾八幡宮を高松城の鎮護と崇め、社殿を改築し社領を寄進する。
江戸時代、高松藩主となった松平頼重も当宮を崇敬し、松平家の氏宮と定め、社殿を造営し、社領・宝物を寄進する。
石清尾祭礼もこの時代に大きく変化し、高松中から人々が集まり絢爛豪華な神輿行列が行われる様になった。
以後も歴代藩主は当宮を崇敬し、燈篭や宝物を寄進した。
時代は代わり、昭和の初めには閑院宮、梨本宮、伏見宮殿下のご参拝を仰ぎ、国幣社への昇格を目前にするが、大東亜戦争終結の為に頓挫する。
平成30年(2018年)に「創祀1100年祭」が盛大に斎行され、今に至るまで多くの人々に高松の氏神、鎮守として広く崇敬されている。
