当院は、霊亀山と号し禅宗の一派である黄檗宗に属する京都・宇治の黄檗山萬福寺の末寺で、別格地であります。
当院の草創は、大坂で最古の名所記である『蘆分船』に「龍渓禅師庵」として小さい草庵の図をのせ、『九条村絵図』に「屋舗五歩、興禅庵大隨」とあるのが始まりであったと考えられます。
その後、幕府役人の香西晳雲、土豪の池山一吉らの衢壌島開発に際して発展し、寛文3年（1663）拙道和尚を迎え、九嶋庵と称した草庵を、新田鎮護と五穀豊穣を祈念して寺にし、祈壽道場にしました。
拙道和尚は、入佛開堂の法要に当たって師匠の龍渓禅師を請拝して開山和尚と仰ぎました。山号の霊亀山は、寛文10年（1670）8月15日、龍渓禅師による入佛開堂の法要の時、大きな海亀が花を背負って現れ来て祝福したという吉瑞に由来します。
8日後の同年8月23日、当地に台風・大津波が来襲。当時、龍渓禅師は入佛開堂の法要を執行中でした。弟子の拙道和尚らは、禅師に再三避難をすすめましたが、禅師は沈着冷静、生死は数なりと一偈を書いて篋中におさめ、自らは堂中に端然と坐禅不動、海水中に入寂されました。『蘆分船には、龍渓禅師の最後を記し、且つその徳を讃えて、次の和歌一首を添えています。
世寿69。古人は、龍渓禅師を称して『九条の人柱』とよび、その不慮の死を弔い、かつ又その死を無駄にせぬよう祈ったといいます。と言い、その不慮の死を、弔い、かつ又その死を無駄にせぬよう祈ったという。その10年後、幕府は河村瑞賢に命じて、九条島を開削し安治川を通したが、龍渓禅師の人柱がその動機になったと思われる。
後水尾法皇は龍渓禅師の御弟子で、寛文9年（1669） 禅師に『大宗正統禅師』の特賜号を下賜されていた。同11年（1671） 法皇は、詔し給いて毎年8月水灯施餓鬼を修し、国の災禍を払い、五穀豊穣を祈らしめられ併せて禅師の菩提を弔われ給うた。
延宝8年（1680）9月19日 後水尾法皇崩御遊ばるるや、皇女林丘寺（修学院離宮内）光子内親王は、法皇のご尊碑一基並びに法皇の御念持仏といわれる準提観世音菩薩像（現存）、光子内親王御使用の菊花御紋章入りの乗輿（かご）（戦災で消失）などを当院に御下賜給うた。併せて、当院の菊花御紋章使用を公許された。当院第5代瑄州和尚の時宝永年間に創建よりの『九島庵』の寺号を官許を得て、『九島院』と院号に変えた。爾来幾多の変遷を経て昭和45年大阪市史跡と指定された。
平成2年より復興大事業に着手、息災延命観音像建立、禅苑整備、本堂修築、龍燈会館が完成し、近代寺院に生まれ変わった。
