La parrocchia è stata eretta da Pio VI l’11 maggio 1781 con il breve "Divina virtutum" ed affidata al clero diocesano di Roma. Il territorio è stato ottenuto da quello delle parrocchie di S. I confini con la diocesi suburbicaria di Porto e S. Rufina furono definiti il 28 novembre 1781 per atti del notaio rotale Odoardo Faraglia ("Decreta Vicariatus 1781", f.399). La cura d’anime in precedenza era
svolta dal "vicario rurale" di S. Maria in Trastevere (Cfr. "In supremae potestatis" di Clemente XIII, ibidem). La parrocchia, amministrata dal clero romano, passò ai monaci silvestrini fino alla loro soppressione, dal 17 giugno 1933 alla provincia bolognese dei Frati Minori Cappuccini e, infine, dal 1 luglio 1994 é stata nuovamente affidata al clero diocesano di Roma. La parrocchia, unica fra tutte quelle romane, dispone di un cimitero sulla via Portuense, divenuto proprietà del Comune di Roma a seguito della legge 19 giugno 1873 n.1402, mentre l’edificio parrocchiale, in vigore della stessa legge, era stato indemaniato. Con decreto del Cardinale Vicario Camillo Ruini del 22 marzo 1995, il territorio della parrocchia è stato determinato entro i seguenti nuovi confini:
“Via della Fanella con inizio da Via Portuense - Linea ideale fino all’istituto di clausura delle Suore Mantellate - Linea ideale fino al fosso di Affogalasino - Via di Affogalasino fino al punto che la detta curva verso Via del Casaletto - Largo Pepere - Breve tratto di Via del Casaletto - Via Lorenzo Rocci - Via Vincenzo Ussani - Via Isacco Newton - Piazza Eugenio Morelli - Via dei Colli Portuensi - Via Portuense, per breve tratto - Via Isacco Newton fino all’intersezione con Via Papa Leone - dalla fine di detta Via linea ideale, intersecando Via del Trullo fino a Via Clementi, tutta - breve tratto di Via Portuense fino all’inizio di Via della Fanella".