La costruzione della chiesa di Santa Sofia, erroneamente datata al 1510, come riportato su di un'epigrafe sulla facciata, risale in realtà al 1595, sulla stessa area dove precedentemente esisteva una chiesa dedicata a san Carlo: fu proprio grazie alla sua costruzione che iniziò il popolamento della zona di Anacapri. La nuova chiesa fu completata nel 1642 e divenne subito nuova sede parrocchiale, s
ostituendo quella della chiesa di Santa Maria a Costantinopoli; nel 1685 iniziarono lavori di ampliamento per volontà della congregazione della Santissima Concezione: questi si conclusero nel 1698 con la costruzione di due nuove cappelle e l'ampliamento della navata verso la piazza A. Nel 1706 venne istituito nella chiesa il Monte del Purgatorio, mentre altri importanti lavori si ebbero nel 1765, quando fu completata la facciata e nel 1777, quando venne concluso il campanile: nel 1790 la chiesa fu consacrata dal vescovo della diocesi di Capri, Nicola Saverio Gamboni. Gli ultimi lavori di ampliamento si ebbero nel 1879 ed interessarono principalmente il presbiterio, oltre alla costruzione di alcuni locali, adibiti a foresteria. Un importante restauro si è avuto nel 2004 quando un fulmine colpì la cupola, facendola crollare.
