ഉത്തര കേരളത്തിലെ പ്രധാന നാഗക്ഷേത്രങ്ങളില് ഒന്നാണ് കണ്ണൂരിനടുത്ത് സ്ഥിതി ചെയ്യുന്ന പെരളശ്ശേരി അമ്പലം.കണ്ണൂരില് നിന്നും കൂത്തുപറമ്പ് ലേക്കുള്ള വഴിയില് ഏതാണ്ട് 15 കിലോമീറ്റര് സഞ്ചരിച്ചാല് പെരളശ്ശേരിയില് എത്താം നാഗ പൂജയ്ക്ക് പ്രാധാന്യമുള്ള ദിവസമാണ് ആയില്യം.പെരളശ്ശേരിയില് പ്രധാന പ്രതിഷ്ഠ സുബ്രഹ്മണ്യനാണ്. വടക്കേ മലബാറിലെ പ്രധാന സുബ്രഹ്മണ്യ ക്ഷേത്രങ്ങളിലൊന്നാണ് പെരളശ്ശേരി അമ്പലം.കൂടാതെ നാഗ പ്രതിഷ്
ഠയും, ശാസ്താവും ഗണപതി പ്രതിഷ്ഠയും ഉണ്ട്. മുന്പ് ഈ ക്ഷേത്രം ഒരു അയ്യപ്പന് കാവായിരുന്നത്രേ അതിനു ശേഷം ശ്രീരാമനാണ് ഇപ്പോള് കാണുന്ന സുബ്രഹ്മണ്യ പ്രതിഷ്ഠ നടത്തിയത്.അതിനു മുന്പ് അയ്യപ്പക്ഷേത്രമായിരുന്നു ഇവിടെ ഉണ്ടായിരുന്നത്. ഈ സ്ഥലം അയ്യപ്പന്കാവ് എന്നാണ് അറിയപ്പെട്ടിരുന്നത്.
വനവാസകാലത്ത് രാവണന് സീതയെ അപഹരിച്ചപ്പോള് ശ്രീരാമന് ഇവിടെ എത്താനിടയായി.ക്ഷേത്രം ദര്ശിച്ച ശ്രീരാമന് ഇവിടെ സുബ്രഹ്മണ്യ സാന്നിധ്യം അനുഭവപ്പെടുകയും ആ ചരിത്രം ഹനുമാനോടും ലക്ഷ്മണനോടും പറയുകയും ചെയ്തു.
ഒരിക്കല് ബാലസുബ്രഹ്മണ്യന് ബ്രഹ്മാവിനോട് ഓംകാരത്തിന്റെ പൊരുള് ചോദിച്ചു.എന്നാല് ബ്രഹ്മാവിനു അതിന്റെ അര്ത്ഥം യഥാവിധി പറഞ്ഞു കൊടുക്കാന് പറ്റിയില്ല. ഇതില് ദേഷ്യം വന്ന സുബ്രഹ്മണ്യന് ബ്രഹ്മാവിനെ തടവിലിടാന് വീരബാഹുവിനോട് പറഞ്ഞു. പ്രപഞ്ചസൃഷ്ടാവായ ബ്രഹ്മാവ് തടവിലായത് പ്രപഞ്ചത്തില് സൃഷ്ടി നിലയ്ക്കാന് കാരണമായി.പിന്നീട് പരമേശ്വരന്റെ നിര്ദേശപ്രകാരം ബ്രഹ്മാവിനെ സുബ്രഹ്മണ്യന് മോചിപ്പിച്ചു.പക്ഷേ പ്രായശ്ചിത്തം ചെയ്യേണ്ടി വന്നു.കുറച്ചുകാലം അജ്ഞാത വാസത്തില് കഴിയേണ്ടി വന്നു.അതനുസരിച്ചു അയ്യപ്പന് കാവിലെ പൊട്ടക്കിണറ്റില് സര്പ്പരൂപത്തില് ഏകാന്തവാസം നയിച്ചു.വെയിലും മഴയും കൊള്ളാതെ സര്പ്പങ്ങള് തന്നെ കിണറിനു മുകളില് ഫണം കുടയാക്കി പിടിച്ചു അദ്ദേഹത്തെ കാത്തു പോന്നു. അതു കൊണ്ട് ഇവിടെ സുബ്രഹ്മണ്യസ്വാമിക്ക് സുപ്രധാന സ്ഥാനം നല്കി പൂജിക്കണമെന്നു പറഞ്ഞു. അങ്ങനെ അവര് ക്ഷേത്രദര്ശനം നടത്തുകയും,ഇവിടെ സുബ്രഹ്മണ്യ പ്രതിഷ്ഠ നടത്തേണ്ടതിന്റെ ഔചിത്യത്തെക്കുറിച്ച് അയ്യപ്പനുമായി ആശയവിനിമയം നടത്തുകയും ചെയ്തു.അയ്യപ്പന് താനിരിക്കുന്ന പ്രധാന ശ്രീകോവില് സുബ്രഹ്മണ്യ പ്രതിഷ്ഠയ്ക്ക് തരാമെന്ന് പറഞ്ഞു.ആ ശ്രീകോവിലിന്റെ തെക്കു ഭാഗത്തായ് തനിക്ക് സ്ഥാനം നല്കിയാല് മതിയെന്നും ശ്രീ രാമനോട് പറഞ്ഞു. വിഗ്രഹത്തിനായി ശ്രേഷ്ഠമായ ശില കണ്ടെത്താന് ശ്രീ രാമന് ഹനുമാനെ പറഞ്ഞു വിട്ടു.വിഗ്രഹത്തിന് പോയ ഹനുമാന് പ്രതിഷ്ഠാ മുഹുര്ത്തമായിട്ടും തിരിച്ചെത്തിയില്ല.ശുഭമുഹുര്ത്തം തെറ്റാതിരിക്കാന് ശ്രീ രാമന് തന്റെ കൈയ്യിലെ പെരുവള ഊരിയെടുത്ത് ബിംബത്തിന്റെ സഥാനത്ത് പ്രതിഷ്ഠിച്ചു.അപ്പോഴേക്കും ഹനുമാന് ബിംബവുമായ് എത്തി.ശ്രീ രാമന് വളയുടെ മുകളില് തന്നെ പ്രതിഷ്ടിക്കാന് നോക്കുന്നതു കണ്ട ഹനുമാന് വള എടുത്തിട്ടു പ്രതിഷ്ഠിച്ചുകൂടെ എന്നു ചോദിച്ചു.വള തിരിച്ചെടുക്കാന് ഹനുമാന് ശ്രമിച്ചപ്പോള് വള ഇളകിയില്ലെന്നു മാത്രമല്ല ഒരു സര്പ്പം വന്നു വളയില് ഇരുന്നു എടുക്കരുതെന്ന് ഫണം കാണിച്ചു.തുടര്ന്ന് ശ്രീ രാമന് വളയുടെ മുകളില് തന്നെ ബിംബം പ്രതിഷ്ഠിച്ചു. അങ്ങനെ പെരുവള ഊരി പ്രതിഷ്ഠിച്ചതിനാല് പെരുവളശ്ശേരി എന്ന് അറിയപ്പെട്ടു,കാലാന്തരത്തില് ലോപിച്ചു പെരളശ്ശേരി എന്നു രൂപാന്തരം പ്രാപിച്ചു.