Paroki HSP Maria Tak Bercela Kumetiran memiliki sejarah yang cukup panjang dan terkait erat dengan usaha misi dan situasi politik pada waktu itu. Pada tahun 1922, Rm Frans Strater SJ, seorang pimpinan Jesuit di Yogyakarta mencoba mengembangkan kerasulan pewartaan dan menanamkan ajaran Gereja Katolik di wilayah Yogyakarta. Tujuannya agar Kerajaan Allah dapat dikenal, diketahui dan dirasakan oleh
masyarakat. Ia setiap hari mengadakan kunjungan ke pedesaan-pedesaan di wilayah Yogyakarta dan sekitarnya. Ia juga mendirikan beberapa sekolahan termasuk di antaranya Sekolah Guru Agama. Untuk mendukung pendidikan tersebut, Rm. Frans Strater SJ juga mendirikan Asrama khusus bagi siswa-siswi SGA.Atas bantuan KRT Harjokusuma, seorang Bupati yang kemudian menjadi Patih KPH Danurejo VIII, Rm. Frans Strater mendapat sebidang tanah seluas 5.400 m2 lengkap dengan sebuah bangunan rumah yang berbentuk tiga joglo milik Bpk. Raden Penewu Karto Kaskoyo (seorang perangkat kraton) yang terletak di tengah-tengah kampung Pringgokusuman. Karena seorang asing, Rm Strater tidak boleh memiliki tanah, maka sertipikat tanah tersebut kemudian diatas namakan Rama Djoyoseputro SJ. Pada tahun 1939, tempat dan bangunan tersebut menjadi asrama calon Guru Agama. Namun fungsi itu tidak berlangsung lama sebab pada tahun 1942 di Yogyakarta kedatangan tentara Dai Nippon. Mereka menangkap dan menginternir orang-orang Eropa dan merampas semua bangunan yang dikuasai oleh orang-orang Eropa tersebut. Seminari dan Gereja Kotabaru pun tak lepas dari pendudukan Jepang. Tempat-tempat itu dijadikan gedung pemerintahan dan gudang perbekalan sehingga peribadatan tidak mungkin diadakan di Gereja Kotabaru apalagi para gembala juga ditangkap dan dilarang mengajar agama. Akibat dari penangkapan dan pelarangan pengajaran agama tersebut, asrama SGA tidak berfungsi lagi karena tidak ada siswa yang belajar. Pada tahun 1943, asrama SGA tutup. Bagaikan ada benih tumbuh di atas tanah yang tandus, demikianlah yang terjadi dengan keadaan Gereja. Setelah para gembala ditangkap oleh tentara Jepang, muncul tokoh-tokoh awam katolik yang mengambil alih kegiatan gerejani. Mereka memberikan pelajaran agama di rumah-rumah, mempersiapkan orang untuk menerima baptisan dan menyelenggarakan ibadat sabda. Usaha ini terus berkembang, sampai akhirnya Bruder Endrodarsono SJ yang waktu itu mengurus asrama Calon Guru Agama menawarkan agar asramanya itu digunakan untuk melaksanakan kegiatan Gerejani, sebagai pengganti Gereja Kotabaru yang dikuasai oleh Jepang. Pada tanggal 13 Agustus 1944, untuk pertama kalinya di asrama Calon Guru Agama itu diadakan perayaan Ekaristi oleh Rm B. Sumarno SJ dari Paroki Bintaran. Sejak saat itulah secara rutin asrama SGA itu menjadi tempat beribadat. Atas peran serta kaum awam katolik dan ketekunan Bruder Endro dalam mengajar agama, membimbing anak-anak muda, perkembangan umat semakin meningkat. Kemudian ada peristiwa yang menggembirakan untuk masyarakat Indonesia, khususnya juga umat katolik Yogyakarta. Tentara Jepang ditarik kembali ke negaranya karena kota Hirosima dan Nagasaki dijatuhi bom atom oleh Amerika Serikat. Mereka mengembalikan kepada para pemiliknya semua gedung yang dikuasainya, termasuk diantaranya Gereja Kotabaru. Maka dengan diserahkannya Gereja Kotabaru, Gereja ini dapat difungsikan kembali untuk peribadatan, umat Kotabaru yang selama mengungsi ke Kumetiran untuk mengikuti peribadatan. Sebagian besar umat memang kembali ke Kotabaru, tetapi umat di sekitar Kumetiran atau umat di bagian barat Jalan Malioboro tetap menginginkan beribadat di Gereja Kampung bekas asrama SGA itu. Karena banyaknya umat yang tetap bertahan dan kemandirian umat di Gereja Kampung Kumetiran, maka sejak tanggal 31 Desember 1945, secara administratif Gereja Kampung Kumetiran tidak lagi dilayani oleh Gereja Kotabaru dan kemudian ditetapkan sebagai Paroki mandiri dengan nama Pelindung Hati Santa Perawan Maria Tak Bercela
