Jauh sebelum kelahiran MATAN, pada tahun 2000 Rois Am Maulana Habib Luthfi sudah berkeinginan untuk mengorganisir kalangan pemuda berthoriqoh, dan hal ini baru dapat terealisasi pada periode ke 3 kepemimpinan beliau sebagai Rois Am di JATMAN tepatnya pada Muktamar ke XI di Kabupaten Malang, Jawa Timur. Gagasan awal MATAN bermula dari diskusi kecil di sore hari tanggal 2 Agustus 2009 Pukul 15.30 –
17.00 di emperan ndalem Habib Luthfi bin Ali Bin Yahya Pekalongan, antara DR. H. Dimyati Rois( Mustasyar PBNU serta Pengasuh PP Al-Fadlu Kaliwungu ), bersama beberapa mahasiswa; Abdul Rosyid, M.Mahfudz, Syariful Anam, Asep Syaiful Zulfikar,M.Ridlo, Kholid Abdillah, Nurul Mu’amar,Dedi Rosadi, Ubaidillah dan Riyadli Muhlisin. Mbah Dimyati Rois memberikan apresiasi dan dukungan atas visi pergerakan spiritualitas dan intelektualitas di kalangan mahasiswa yang diwacanakan, Diskusi intensif pun berlanjut bersama Habib Luthfi, Rois ‘Am JATMAN, di dalem beliau, tepatnya Pukul 21.00 – 22.30. Gagasan dan visi pergerakan mahasiswa tersebut disambut beliau dengan penuh apresiatif, Setelah mendengarkan deskripsi tentang fenomena pergerakan mahasiswa yang cenderung radikal dan pragmatis, dengan spontan, Habib Luthfi mengatakan : “Kita dirikan MATAN” !. Ditanya oleh Ustadz Hamdani “Apakah MATAN ?” , beliau menjawab “MATAN itu singkatan Mahasiswa Ahlit Thoriqoh Al-Mu’tabaroh An-Nahdliyyah”.Serentak para tamu yang hadirpun, khususnya Hamdani cs mengamini dan mengucapkan rasa syukur dan gembira atas tergagasnya pembentukan sebuah organisasi baru dengan nama “MATAN” . Habib Luthfi dawuh “Saya ingin lahir mursyid-mursyid dari MATAN !”. Subhanallah, sungguh sangat mulia dan besar harapan beliau dari MATAN. Dan selanjutnya beliau memberikan arahan dan do’a kepada KH DR Hamdani, dan beberapa sahabat mahasiswa yang bersamanya dengan mengijazahkan ayat Kursi dan mensarankan untuk ziyarah ke makam Auliya. Gagasan dibentuknya MATAN dimulai setelah diskusi dengan Habib Luthfi dan KH. Dimyati Rois di atas, tepatnya dimulai sejak Agustus 2009 di Pondok Pesantren Al-Ibrahimiyyah Kranggan III Kaliwungu Kendal Jawa Tengah, pesantren asuhan Hamdani Mu’in. Dimulai dengan merumuskan SOP - JUKNIS MATAN hingga kepanitiaan deklarasi MATAN. Beberapa tokoh yang ikut mendampingi dan membantu dalam proses kelahiran MATAN adalah Drs. Untuk mendapat dukungan dan do’a dari para masyayikh, maka dilakukan sosialisasi MATAN melalui sowan-sowan ke beberapa masyayikh, seperti ke Mbah KH. Sahal Mahfudz, KH. Musthofa Bisri (Gus Mus), Mbah KH. Maemun Zubaer. Di samping itu, sosialisasi MATAN pun dilakukan ke pejabat pemerintahan, seperti Mendiknas Prof. Muhammad Nuh, Menag H. Maftuh Basuni, Menhut MS Ka’ban dan Pangdam IV Dioponegoro. Berdasarkan arahan dan mas**an dari Habib Luthfi bin Yahya sebagai Roís Am Jatman deklarasi MATAN akhirnya dilakukan bersamaan dengan Muktamar XI JATMAN di Pondok Pesantren Al-Munawariyyah Bululawang Malang Jawa Timur pada tanggal 10 – 14 Januari 2012 M / 16 – 20 Shafar 1433 H. Muktamar XI mensepakati lahirnya MATAN sebagai Badan Lajnah Mustaqilah dari JATMAN. Dan tepatnya pada acara penutupan Muktamar XI tersebut Rois ‘Am JATMAN Habib Luthfi mendeklarasikan MATAN.
