Pura ini cukup luas dimana didalamnya banyak terdapat palinggih-palinggih dan meru. Palinggih pokok adalah stana Hyang Widhi Wasa dalam manifestasi-Nya, sebagai Hyang Wisnu berupa meru tumpang 11. Upakara Yadnya atau pengaci dipura Batu Madeg terdiri dari piodalan pada hari Soma Umanis Tolu, ngusaba warga siram pada hari penanggal 5 sasih ke-Lima, dan Penaung Bayu pada hari Tilem Sasih Ke - Lima.
Palinggih Palinggih di Pura Batu Madeg antara lain :
Bebaturan tempat pemujaan Bhatara Gajah Waktera. dimasa-masa yang lalu yaitu pada perjuangan merebut kemerdekaan, konon para pejuang banyak yang bersemadi dipalinggih ini. Bebaturan Linggih Bhatara Batudinding
Gedong Palinggih Bhatara Pujung Sari
Meru Tumpang 11 Palinggih Bhatara Manik Bungkah
Meru Tumpang 11 Palinggih Bhatara Bagus Bebotoh
Meru Tumpang 11 Palinggih Bhatara Sakti Batu Madeg (Hyang Wisnu)
Bebaturan Palinggih Iratu Kelabang Apit, Tempat masyarakat memohon keselamatan bila akan membuat empelan (bendungan besar) dan memohon agar sawah-sawahnya tidak kekurangan air
Meru Tumpang 9 Palinggih Bhatara Manik Buncing
Meru Tumpang 9 Palinggih Bhatara Manik Angkeran yang di muliakan oleh para pertisentananya dan sekarang dikenal dengan sebutan Pinatih, Sulang dan Waya Baya, disamping oleh masyarakat Hindu umumnya. Bale Tegeh Palinggih Lingga
Bale Pesamuan Agung tempat Pemujaan umum kehadapan Ida Sang Hyang Widhi Wasa dalam manifestasinya sebagai Hyang Wisnu
Bebaturan palinggih Bhatara SangHyang Batur
Gedong Palinggih Sanghyang Kumpi Batur
Enam buah bale pelik diantaranya terdapat tempat pemujaan Dukuh Suladri di bale pelik bagian timur
Bangunan Bale Pegat , Bale Gong ,Bale pawedaan , dan Candi Bentar
Bila terdapat karya- karya agung di Pura Besakih , demikian p**a karya pengaci di Pura Batumadeg , maka semua palinggih- palinggih terdapat di pura ini dihiasi dengan pengangge - pengangge palinggih seperti ider-ider, lelontek, pedapa dan lain- lainnya dengan warna serba hitam
