Los orígenes de esta Asociación se sitúan en el Colegio Virgen Milagrosa, por iniciativa de un grupo de padres y profesores para dar continuidad a la formación y espíritu religiosos de los jóvenes que terminaban sus estudios en el Colegio. La Imagen del Santísimo Cristo de la Clemencia es bendecida el 6 de Junio del 1987, fecha desde la cual reside en la Capilla del Colegio Virgen Milagrosa. Tras
la negativa del párroco de la Iglesia de San Felipe de Neri a acoger a la Asociación, se trasladaron de sede parroquial a la Iglesia de Sta. Mª de las Flores y San Eugenio en 1990. La imagen de la Virgen se bendijo en 1992 en la Capilla del Colegio La Salle Felipe Benito. Tanto la imagen de la Virgen como la del Santísimo Cristo de la Clemencia reciben actualmente culto en el Oratorio situado en C/Quiroga nº3
