Sus orígenes se remontan al siglo XVI, esta antigua cofradía era la denominada " de la Virgen de la Misericordia y San Nicolás de Tolentino" fundada el 13 de junio de 1542 en el Monasterio agustino de Nuestra Señora de Gracia. El carácter de la hermandad era especialmente asistencial a enfermos terminales que eran enterrados en sagrado al término de sus sufrimientos. Adquiere definitivamente la condición de Penitencial el 3 de febrero de 1620 bajo la advocación de Jesús Nazareno. La Cofradía de la Misericordia celebraba dos fiestas anuales correspondientes a sus dos patrones en las que los cofrades debían de asistir a vísperas, misa, sermón y procesiones respectivas. El Viernes Santo por la mañana tenía lugar la "Procesión de la Misericordia y nazarenos" y en la tarde-noche se desarrollaba la "Función del desenclavo y procesión del Santo Entierro de Cristo" que consistía en el desenclavo de un Cristo Crucificado y posterior traslado procesional del ya Cristo Yacente, acompañado por una Dolorosa de bastidor. Las últimas noticias de esta Penitencial nazarena, son recogidas en 1810, desapareciendo, junto al propio convento agustino en la década de los años 20 del siglo XIX y a consecuencia de los procesos de desamortización. La mayor parte de su patrimonio ha desaparecido. Se conserva, hoy en día, una pequeña parte de su patrimonio pictórico y escultórico en el Convento de las MM. Agustinas y en la Ermita del Amparo, donde destaca el retablo rococó y la imagen de San Nicolás de Tolentino. En el año 1942, un grupo de devotos de Jesús Nazareno decide tomar como imagen titular al impresionante Nazareno de las Angustias, y fundar la Cofradía de Nuestro Padre Jesús Nazareno. Es en el año 2008 cuando se recuperan los orígenes, aprobando el nombre actual, “Misericordia y Jesús Nazareno”, en sus estatutos. Tiene su residencia canónica en la monumental Colegiata de San Antolín. La sede social, se encuentra a partir de agosto de 2000 en la popular Ermita de San Roque. Hoy en día, cerca de 500 cofrades nazarenos configuran la Penitencial, siendo así la Cofradía más numerosa de la Villa de las Ferias. Nuestro hábito, se compone de túnica morada bordeada con una banda dorada, cíngulo del mismo color y puños de encaje blanco al igual que los guantes; el capirote, morado también, lleva bordado en dorado el “JHS”. La medalla, insignia de la Penitencial, se compone de un relieve dorado de la imagen de Jesús Nazareno, incrustado en orla plateada y cordón morado. El anagrama representativo es una corona de espinas con los tres clavos de la cruz cruzados en el centro, todo ello de color dorado. Los pasos que alumbra son:
Nazareno de las Angustias, Francisco del Rincón S. de San Antolin
Nazareno de la Cruz, Anónimo S. San Roque
Cristo de la Paz, Juan Picardo S. de San Antolin
Cruz Guía, Crucificado de la Vera Cruz, S. San Roque
Jesús Flagelado, Juan Picardo S. de San Antolin
Jesús Resucitado, Mariano Nieto 1990, pertenece a la Junta de Semana Santa y se encuentra en el Centro Cultural San Vicente Ferrer
