A l’any 1149, Ramon Berenguer IV juntament amb Ermengol VI, comtes de Barcelona i d’Urgell, recuperen la ciutat de Lleida, i es restaura la diòcesi amb la posterior consagració de la catedral a la ciutat, prenent aquesta el nom de Santa Maria in Sede. A l’any 1168, el bisbe de Roda, Guillem Pere de Rabidats, fou proclamat a l’hora bisbe de Lleida i a ell es deu la primera organització del Capítol
de la catedral amb les Ordinationes ecclesie Ilerdensis. No fou fins les reformes fetes entre 1441 i 1444 que s’instal·là l’arxiu a l’edifici de la Canonja de la Seu Vella, on hi va romandre fins el 1707. Abans de cloure aquesta etapa s’inicia un període de decadència, marcat bàsicament per:
- Any 1640, la guerra dels Segadors.
- Any 1707, presa de la ciutat per Felip V. Tancament de la catedral al culte, emprada llavors com a caserna militar, i així es va mantenir fins a la retirada de les tropes de l'exèrcit l’any 1948. Com a conseqüència es trasllada l’arxiu de la catedral a l’església de Sant Llorenç. L’any 1781 ’arxiu s’instal·là definitivament a les sales habilitades en un edifici annex a la Catedral Nova. Allí patí els estralls de dos incendis. Durant la Guerra Civil, més en concret, entre el 18 de juliol i el 25 d'agost de 1936, un funcionari de l’Ajuntament de Lleida, recollí tota la documentació de l’arxiu de la catedral i la traslladà als baixos de l'Institut d'Estudis Ilerdencs. Posteriorment es varen transportar a l'ermita de Butsènit i d'allí a Saragossa. Finalitzada la guerra, la documentació de l'Arxiu es diposità al Palau Episcopal fins a l'any 1955 en què s'instal·là novament a les dependències reconstruïdes de la seu nova.
