La fundación de esta Real Archicofradía tiene lugar en 1586, estableciéndose en el desaparecido Convento de San Martín. En 1587 serían aprobados sus estatutos por el licenciado Velarde de la Co**ha, provisor General del Obispo D. La importancia de la Cofradía es muy grande, en 1729 nace de ésta la Hermandad de Nuestra Señora de los Dolores. También el Santo Entierro germina en el seno de ésta Arch
icofradía. En 1855 le fue expedida la Real Cédula por Doña Isabel II. Poco más tarde, en 1872, la Bendita Imagen de Jesús Nazareno es trasladada al Convento de las Agustinas Recoletas, siendo posteriormente en 1874 trasladado a la Iglesia Santuario de San Juan Bautista por unos diecisiete años, siempre en calidad de depósito provisional. Desde 1883, año importante para la Archicofradía, puesto que la bella Imagen es trasladada al camarín central del altar mayor de la Iglesia de San Juan de Dios, donde a día de hoy sigue presidiendo dicho Templo dicho traslado se realizó junto la Ntra. de los Dolores y San Juan Evangelista en los dos nichos laterales, que eran también de la Archicofradía.
Éste traslado se realizó en procesión junto con la Verónica, también de la Cofradía, desde la iglesia de las Agustinas Descalzas. En ese mismo año se habían realizado las obras pertinentes para la adaptación del retablo del altar mayor para acoger citadas imágenes. En la actualidad, la Virgen de los Dolores ha sido sustituida por San Juan de Dios, que da nombre a la iglesia, pasando ésta al altar derecho del crucero y San Juan Evangelista fue sustituido por una Purísima. A lo largo de los años se hizo tradicional el encuentro de Jesús Nazareno con alguna otra Hermandad, Misericordia, Mayor Dolor, Rocio entre otras se presentaban delante del Hijo de Dios. En el útlimo cuarto de siglo XX y lo que llevamos de éste, la Cofradía ha ido a más en todos los sentidos. Su despegue parte de los primos años de 1970. La presidencia había pasado por diversos organismos o entidades, como la Peña Ciclista, los romanos, tres amigos y después Hermandad Sindical de Labradores y Ganaderos; pero ninguno prometía continuidad y al final se encargó de la Cofradía el Gremio del Comercio y Panadería, ostentado muchos años la presidencia Don Rafael Manjón-Cabeza Rojas, como Hermano Mayor.
