Stefan Zekorn studierte katholische Theologie und Philosophie an der Westfälischen Wilhelms-Universität in Münster und katholische Theologie an der Päpstlichen Universität Gregoriana in Rom. Oktober 1984 empfing er in Rom durch Joachim Kardinal Meisner das Sakrament der Priesterweihe für das Bistum Münster. Laurentius in Warendorf. Anschließend war er von 1987 bis 1990 persönlicher Sekretär un
d Kaplan des Bischofs von Münster. Zudem wurde Zekorn 1987 Domvikar am St.-Paulus-Dom in Münster und Promotor iustitae am Bischöflichen Offizialat in Münster. 1990 wurde Zekorn Subsidiar in der Pfarrei St. Ludgerus in Münster-Albachten. 1992 wurde er an der Westfälischen Wilhelms-Universität zum Doktor der Theologie promoviert. Von 1992 bis 2006 war Zekorn als Spiritual am Collegium Borromaeum, dem Priesterseminar des Bistums Münster, für die geistliche Ausbildung und Begleitung der Theologiestudenten verantwortlich. Von 1992 bis 1994 war er zudem Zeremoniar am Dom zu Münster. 2006 wurde Zekorn Pfarrer an der Marienbasilika in Kevelaer, Rektor der Wallfahrt sowie nichtresidierender Domkapitular am Dom zu Münster. Dezember 2010 ernannte ihn Papst Benedikt XVI. zum Titularbischof von Aquae Albae in Mauretania und zum Weihbischof im Bistum Münster. Zekorn wurde am 13. Februar 2011 im Dom zu Münster durch Bischof Felix Genn zum Bischof geweiht. Zekorn ist als Regionalbischof für das Stadtdekanat Münster sowie die Kreisdekanate Coesfeld (seit 2017) und Warendorf zuständig. Er ist außerdem Bischöflicher Beauftragter für die Weltkirche und residierender Domkapitular. In der Deutschen Bischofskonferenz gehört er seit 2011 der Kommission Weltkirche an. Außerdem war er Mitglied der Glaubenskommission (2011–2017), der Unterkommission für wissenschaftliche Aufgaben im weltkirchlichen Bereich mit Zuständigkeit für die Wissenschaftliche Arbeitsgruppe für weltkirchliche Aufgaben (2011–2016) sowie der Unterkommission für Entwicklungsfragen (insbes. MISEREOR) (2016–2018).