Jahrhundert stieg die Zahl der Katholiken in Dortmund deutlich an. Dies war der Anlass für den Propst der Propsteikirche, sich um eine Niederlassung der Franziskaner zu bemühen, um so einen Ort für die Seelsorge an katholischen Christen zu schaffen. Neunzig Jahre nach Aufhebung des ersten Klosters an der heutigen Klosterstraße, kamen so 1895 die Franziskaner zum zweiten Mal nach Dortmund. Die Prop
steigemeinde stellte ihnen ein Haus in der Hamburger Straße zur Verfügung. Da die Räumlichkeiten sehr beengt waren, suchte man ein neues Grundstück für den Neubau des Klosters und einer Kirche.
1897 wurde das Kloster am jetzigen Ort erbaut. Die Grundsteinlegung der Kirche erfolgte 1901. Zunächst war sie Klosterkirche der Franziskaner. 1911 wurde ihnen ein Filialbezirk der Propsteigemeinde für die Seelsorge zugewiesen. 1924 erfolgte die Bildung einer selbständigen Filialgemeinde, die 1959 zur Pfarrei St. Franziskus und Antonius erhoben wurde.
1944 richteten Bombenangriffe erheblichen Schaden an der Kirche an, doch blieb die Architektur der neugotischen Kirche erhalten.
2006 kam es zu einer grundlegenden Renovierung der Kirche, in der sie ihr heutiges Aussehen erhielt. Februar 1922 verstarb der von vielen Menschen als Heiliger verehrte Bruder Jordan Mai. Aufgrund der großen Verehrung seines Grabes auf dem Ostfriedhof wurden seine Gebeine 1950 in die Kirche übertragen und 1970 an den heutigen Platz im Seitenschiff verlegt. Um die Lebendighaltung seines Erbes kümmert sich das Bruder-Jordan-Werk. Als Weiterführung der Anliegen Br. Jordans in unserer Zeit, gibt es seit 2013 den Jordan-Treff, ein Frühstücksangebot für bedürftige Menschen. Seit 2004 ist die Franziskaner Mission, das Missionswerk der deutschen Franziskaner, in Dortmund ansässig. Seit 2006 ist im benachbarten Bruder-Jordan-Altenzentrum eine der Senioren- und Pflegestationen der Franziskaner in Deutschland untergebracht. Hier leben die Brüder, die eine intensivere Pflege benötigen.
2004 wurde die benachbarte Gemeinde Christus unsere Hoffnung in die Gemeinde St. Seit 2007 bildet die Gemeinde zusammen mit St. Bonifatius den Pastoralverbund Heiliger Weg. Seit 2017 gehört die Gemeinde zum Pastoralen Raum Dortmund Mitte mit neun Gemeinden und ca. 30.000 Katholiken. Zur Gemeinde St. Franziskus gehören derzeit rd. 5.200 Gläubige.