Jana Křtitele náleţí k Třebonínské farnosti. Zcela určitě byl vystavěn roku 1579 Janem M. Všeobecně se říká, ţe v lesích okolo Nové Lhoty ţil na náklady pana Salavi mnich – poustevník a slouţil zde bohosluţby. Časem dubina
zanikla a chatrč se rozpadla, na jejím místě dal roku 1579 Jan M. Salava vybudovat kostelík zasvěcený sv. Roku 1708 byl kostel dosud pod tehdejší sedleckou vrchností přidán k T
řebonínské farnosti. V kostele se slouţili mši svaté kaţdou šestou
neděli, na svátek Boţího Těla byla slouţena mše, mše slovní s procesím v pondělí po úmrtí některého člena farnosti slouţila se za něj
zádušní mše. Člen farnosti býval pochován na zdejším hřbitově, zřízeném okolo kostela, na svátky mimořádné musel farář docházet
pěšky a mše slouţil zadarmo. V té době neměl kostel ţádný
majetek a slouţil pouze k Bohosluţbám. Roku 1819 6. Září přešlo panství i s kostelem pod
Schwarzenbergskou vrchnost. S novým majitelem dostal kostel i
majetek, který v roce 1842 vynášel tři sta třicet zlatých
12. července 1880 zuřila na Čáslavsku prudká bouře, nejvíc
byl postiţen Třebonín, Chedrbí, Lomec, Lomeček z částí Paběnice,
Hraběšín, Souňov a část Nové Lhoty. Bouře rozbila 21 skleněných
tabulek u sv. Jana Křtitele. Kostelík léta chátral a hrozil sesutím, v roce 1886 ho chtěla
místní vrchnost ponechat svému osudu, avšak místním
osadníkům se kostela zţelelo a rozhodli se uspořádat sbírku na
jeho opravu. Tato sbírka vynesla 151 zlatých a 11 krejcarů. Lhotečtí obyvatelé darovali 60 zlatých. Pozlacení oltáře a kazatelny bylo
zadáno zlatnickému mistru Antonínu Budkovi z Hory Kutné za 135 zlatých. nová cínová lampa věčná, stála 15 zlatých. Veleslavný
patronátný úřad dal kostel zvenčí i uvnitř obílit. Daroval lavice hlavní oltář, nové dveře ke hřbitovu. To vše za 200 zlatých. Celá oprava
stála asi 600 zlatých.
28. června 1891 byl kostelík panem Vikářem a děkanem ze Záboře Václavem Vaňkem slavnostně vysvěcen. V roce 1922 zaslala
církev Československá ţádost o věnování kostela sv. Jana Křtitele pro její účely. Církev římskokatolická odmítla se zdůvodněním: ve
filiálním kostele sv. Jana Křtitele konají se bohosluţby za výroční pouť na slavnost posvěcení chrámu, posvícenské requiem slouţí se
deset fund. Mší jak patrnost fundační knihy, odbývají se pohřby s requiem, vdavky se mší a křty, coţ dosvědčuje farní matrika. Mimo to
mnohokráte do roka slouţí se mše, které tam příslušníci římskokatolické z Nové
Lhoty a Souňova si přejí.
4. června 1929 kolem páté hodiny odpoledne se strhla vichřice, vyvracela
stromy a ze střech strhávala krytinu. Z kostela strhla věţičku a odhodila aţ za
hřbitovní zeď. Na den nanebevstoupení Páně roku 1936 a jeho jasnost Pan
patron Schwarzenberg zdejší kostel navštívil a ohlásil nejbliţší opravy. V srpnu
1936 nařídil zevní otlučení omítky, novou omítku, nový nátěr kostela zevně, nové
bílení uvnitř, opravy stropů, pořízení nové věţičky, nového šindelového krytu a
opravy krovu. Vše na svoje náklady. Ze vzpomínek pamětníků (František
Mrkvička, Alois Polák) uvádím, ţe kníţe K. Schwarzenberg zajišťoval pro
pracovníky svačinu a pivo. letech 20. století, byl v kostele nově omítnut strop z vnějšku byl kostel
otlučen do kamene a znovu omítnut cementovou maltou. Šambrány okolo oken a
dveří byli namontovány podle původního vzhledu. Tato akce byla dělána na popud Třebonínského faráře profesora Meisnara. V posledních 30. letech byl kostel několikrát vykraden tak, ţe se z jeho inventáře, kromě lavic a torza oltáře nezachovalo zhola nic. V roce 2010 se kostel nacházel v havarijním stavu, vlastník stavby římskokatolická farnost Třebonín a zástupci obce Kluky se dohodli na
spolupráci při opravě památky. V roce 2012 byla dokončena rekonstrukce krovu a střešní krytiny lodi. Také bylo provedeno odvodnění. Díky těmto zásahům mohl být kostel zpřístupněn a opět slouţí ke svému účelu. Kromě bohosluţeb zde budou konány výstavy
s regionální tématikou a příleţitostné koncerty. V následujících letech bude také opravena střecha nad kněţištem. V kostele se dvakrát ročně koná mše svatá. Mše se zúčastňuje 80 aţ 100 lidí. Na úspěšném uţívání kostela v Nové Lhotě mají
zásluhu téţ pracovníci obecního úřadu, profesorka Monika Peková, která pro interiér vytvořila dvě sochy a pan L. Krtil, který zhotovil do
čela oltáře dřevěný kříž
