En 1828 monseñor Garnica y Orjuela, tomó posesión de la diócesis de Antioquia y el 18 de abril de 1830 inauguró oficialmente el seminario bajo el patronato de Santo Tomas de Aquino.1 En 1836, mons. Juan de la Cruz Gómez Plata, segundo obispo de Antioquia, decidió darle al seminario el carácter de Colegio-Seminario que abrió el 4 de septiembre del mismo año y le dio el nombre de San Fernando.1 Ti
empo después, mons. Domingo Antonio Riaño, tercer obispo de Antioquia, le cambio el nombre al Seminario por el del Sagrado Corazón de Jesús el 5 de enero de 1859 y le dio escudo.1
El papa Pío IX, el 14 de febrero de 1868, decretó la extinción de la Silla Episcopal de Antioquia y la erección de la Silla Episcopal de Medellín.2 Su primer obispo fue mons. Valerio Antonio Jiménez, quien por medio del decreto del 30 de noviembre de 1868 ordenó el traslado del Seminario del Sagrado Corazón de Jesús a la ciudad de Medellín. El Seminario que ya tenía sus raíces históricas en Santa Fe de Antioquia no se disuelve, sino se traslada con su patrimonio. La sede actual es un campus ubicado en el oriente de la ciudad de Medellín, en el sector llamado Loreto, fue construido entre 1960 y 1962 por el rector Eugenio Restrepo Uribe durante la administración episcopal de mons. Tulio Botero Salazar Arzobispo de Medellín, y con planos del arquitecto Nel Rodríguez. La sede es un complejo arquitectónico rodeado de zonas verdes, cuenta con 20.000 m² de área construida y tiene capacidad para 250 seminaristas. El máximo regente del Seminario es el Arzobispo de Medellín.
