Le Centre orthodoxe du Patriarcat œcuménique fut fondé par décision du regretté Patriarche Athénagoras et du Saint-Synode du Patriarcat œcuménique le 7 juin 1966. Les principaux objectifs du Centre recouvrent des activités, régulières et occasionnelles, s'étendant sur 50 ans, notamment, depuis l'achèvement de nouvelles installations et de la belle église dédiée à saint Paul l'Apôtre des Nations (1
8-19 octobre 1975). Par lettre scellée du Trône œcuménique, le Centre désormais achevé a été élevé au rang de « stavropégie », sa mission étant précisée comme suit :
« Que ce Centre orthodoxe soit à jamais la propriété sous dépendance stavropigiaque de notre très saint Trône œcuménique, apostolique et patriarcal et qui relève uniquement de son autorité et de sa juridiction [...]
Que ce Centre devienne tout particulièrement une pépinière théologique et scientifique dans une perspective œcuménique capable de former, au degré d'études supérieures, des cadres en provenance des Églises orthodoxes, de leur donner les compétences pour faire face aux besoins de leurs Églises, spécialisés dans la conduite de dialogues interorthodoxes et interconfessionnels impliquant une rencontre théologique entre l'Orient et l'Occident [...] et cela dan le but unique d'édifier de corps du Christ dans l'unité d'une seule foi et confession». Dans ce contexte institutionnel, le Centre opère comme une fenêtre de l'Orient ouverte sur l'Occident et vice-versa, et comme un pont permettant à l'orthodoxie de communiquer avec toute la chrétienté.
