Em 7 de junho de 1908 o Papa Pio X, publicou a Bula “Diocesium Nimiam Amplitudinem”, dando uma nova constituição a Província Eclesiástica em São Paulo criando a Arquidiocese de São Paulo e cinco novas dioceses: Taubaté, Botucatu, Campinas, Ribeirão Preto e São Carlos do Pinhal. Duarte Leopoldo e Silva, Bispo da Diocese de São Paulo fez uma viagem a Roma, e a expectativa era que essa viagem prendia
-se à criação de uma nova Província Eclesiástica, desdobrando em seis a vastíssima Diocese de São Paulo. A confirmação desse ato se deu em março de 1908: elevação da Diocese de São Paulo a arquidiocese e a criação das dioceses de Taubaté, Campinas, Ribeirão Preto, Botucatu e São Carlos do Pinhal. Na mesma ocasião foi anunciado que o Santuário de Nossa Senhora Aparecida, embora estivesse dentro do espaço geográfico da nova Diocese de Taubaté, pertenceria à arquidiocese de São Paulo. Para a constituição do patrimônio das novas dioceses foram organizadas comissões de arrecadação e contou-se também com contribuições espontâneas. Na Diocese de Taubaté, as preciosas contribuições dos Monsenhores Miguel Martins da Silva e Antônio Nascimento Castro constituiu a quase totalidade do patrimônio da recém criada diocese. Miguel Martins da Silva despojou-se inteiramente de sua fortuna em prol da Diocese de Taubaté, doando todo patrimônio que possuía em São Paulo e Mons. Antônio Nascimento Castro, antevendo a necessidade de uma sede episcopal, adquiriu junto à Igreja Nossa Senhora do Rosário, o palacete que pertencera à família do Barão do Pouso Frio, doando-o inteiramente à diocese. Enquanto se esperava o nome do Bispo de Taubaté, Dom Duarte como Administrador Apostólico nomeou em 4 de novembro de 1908, o Monsenhor Antônio Nascimento Castro, até aquele momento Vigário Episcopal de Taubaté, para exercer a função de Governador do Bispado com a incumbência de organizar a Cúria Episcopal. Para tanto lhe foi concedida todas as faculdades de direito para administrar, reger e governar em seu nome, a nova Diocese. A organização e instituição da nova Diocese de Taubaté finalmente foi concluída e a 29 de abril de 1909, o Papa Pio X nomeou o Cônego Epaminondas Nunes de Ávila e Silva como Bispo Diocesano de Taubaté. Os limites traçados para a Diocese de São Francisco das Chagas de Taubaté atingiam até o litoral paulista, compreendia todas as cidades do Vale do Paraíba Paulista, o lado paulista da Serra da Mantiqueira e da Serra do Mar e do Litoral Norte. A ela estavam ligadas as seguintes paróquias: Areias, Bairro Alto (Bairro de Natividade), Bananal, Buquira (Monteiro Lobato), Caçapava, Cachoeira, Campos Novos de Cunha, Embahú (Cruzeiro), Cunha, Guaratinguetá (igreja Santo Antônio), Guaratinguetá (igreja Coração de Maria), Igaratá, Jacareí, Jambeiro, Lagoinha, Lorena, Natividade, Paraibuna, Pindamonhangaba, Pinheiros (hoje bairro de Queluz), Piquete, Queluz, Redenção, Salesópolis, Santa Branca, Santa Isabel, Santo Antônio do Pinhal, São Bento do Sapucaí, São Francisco Xavier, São José do Barreiro, São José dos Campos, São Luiz do Paraitinga, Silveiras, Taubaté, Tremembé. Posteriormente, a Diocese de Taubaté passou a ter novas paróquias: Caraguatatuba, Ubatuba, Vila Bela (Ilha Bela), Quiririm, Campos do Jordão, Roseira e Jatahy (Santa Cabeça, hoje Bairro de Cachoeira Paulista).
