Segundo o Livro I do Tombo da Paróquia, datado de 6 de agosto de 1926, a cidade de Sorocaba estava crescendo muito e os habitantes do Além Ponte tinham dificuldades de ir à Catedral devido à distância. Preocupado com essa situação, o então bispo diocesano, Dom José Carlos de Aguirre, encarregou o Pe. Antônio Francisco Cangro, coadjutor da Catedral, da construção de uma capela provisória onde pudes
sem celebrar os ofícios religiosos. Alberto Kenworty, há uns 500 metros da igreja atual. Terminada a construção da capela, o então bispo criou a nova paróquia no dia 6 de agosto de 1926, dia em que se celebra a "Festa do Senhor Bom Jesus", padroeiro da nova igreja. Em janeiro de 1941, chegou o vigário frei Eugênio Becker. Ele resolveu, com a aprovação de Dom Aguire, construir a igreja definitiva no local melhor, mais central, da rua Cel. A primeira pedra da nova igreja do Bom Jesus foi a 9 de abril de 1942.
“Assim, pela manhã do dia 6 de agosto de 1944, celebrou-se a última missa na antiga capela provisória e, às 10 horas, transladaram o Santíssimo Sacramento para sua nova morada na nova igreja, em grandiosa e comovente procissão. Apesar da preocupação material da construção do novo templo, os frades realmente desenvolveram um verdadeiro e apostólico trabalho pastoral, atendendo regularmente a mais de 15 comunidades, entendendo que havia apenas duas paróquias nesse tempo em Sorocaba: a da Catedral e a dos Franciscanos”, escreve Frei Antônio Andrieta. Frei Eugênio Becker voltou para ficar de 1952 a 1959 e terminou as obras da igreja, inclusive a torre inaugurada em 1956 ou 1957. A imagem do Bom Jesus é do século XVIII e também servia na Catedral para a tradicional Procissão do Fogaréu ou do Senhor Preso, em que as pessoas andavam correndo com a imagem no andor depois do Lava-Pés da Quinta-Feira Santa. O primeiro pároco franciscano foi Frei Conrado Schiwiora, o segundo, Frei Eugênio Becker (duas vezes), depois Frei Florêncio Hannemann (duas vezes), Frei Odilon Stump, Frei Firmato (Paulo) Rebein, Frei Olivério Baxmann, Frei Ernesto Buzzi, Frei Luiz Carlos Squizzatto, Frei Almir Ribeiro Guimarães, Frei Atílio Abati, Frei Antônio Lopes Rodrigues, Frei Moisés Bezerra de Lima, Frei Eduardo Carlos Xavier, Frei Maurício José Pinheiro, Frei Wilson Zanetti, Frei Vilmar Alves da Silva, Frei Aldolino Bankhardt, Frei Carlos Alberto Guimarães, Frei Silvio Trindade Werlingue e, atualmente, Frei Benedito G. Gonçalves.
