A origem da UIECB está no trabalho missionário realizado pelo casal Robert Reid Kalley e Sarah Poulton Kalley, que chegaram à cidade do Rio de Janeiro, capital do Império do Brasil, em 10 de maio de 1855 para iniciarem nessa no Brasil um trabalho que duraria 21 anos e 57 dias. O casal Kalley, chegado ao Rio, foi instalar-se em Petrópolis, numa casa conhecida como GERNHEIM, que significa, “Lar muit
o amado”. Nessa mesma casa, em 19 de agosto de 1855, um domingo à tarde, Kalley e sua esposa instalaram a primeira classe de Escola Dominical, contando com cinco crianças, filhos de cidadãos americanos. Foi contada a história do profeta Jonas. Com o desenvolvimento do trabalho, Kalley escreveu a amigos e antigos companheiros que estavam em Ilinnois, convidando-os a virem auxiliá-lo no Brasil. O primeiro a chegar foi Wiliam Deatron Pitt, jovem inglês que havia sido educado por Sarah na Inglaterra. Pouco depois vierem três casais de madeirenses: Francisco da Gama, Francisco de Souza Jardim e Manoel Fernandes, com suas respectivas famílias. O primeiro crente batizado pelo Dr. Kalley foi o português José Pereira de Souza Louro, em 8 de novembro de 1857. Mas foi em 11 de julho de 1858 que ele organizou a primeira igreja evangélica de regime congregacionalista no Brasil: A Igreja Evangélica Fluminense. Foi organizada com 14 membros tendo sido batizado naquele dia o sr. Pedro Nolasco de Andrade, primeiro brasileiro batizado por Kalley. Evangelistas e colportores preparados por Kalley espalharam a mensagem do Evangelho por diferentes áreas do país, chegando à região do Nordeste, propriamente na cidade do Recife em Pernambuco, onde o próprio Kalley organizou a Igreja Evangélica Pernambucana no ano de 1873 e, à partir destas duas igrejas, outras foram implantadas em outras cidades. Kalley deixou um grande legado não só para as igrejas que se originaram de seu ministério, mas também para todo o Protestantismo brasileiro. Através de sua luta, em um período onde não havia liberdade religiosa, alcançou conquistas substanciais que passaram a constituir um legado para todos os brasileiros acatólicos e para a história do direito civil brasileiro. O casamento civil, a utilização de cemitérios públicos e o registro dos filhos de pessoas não-católicas foram conquistas que realçaram a liberdade religiosa brasileira até os dias de hoje. Deixou também uma hinologia básica para várias denominações comporem os seus hinários. Kalley voltou para a Escócia em 10 de julho de 1876, tendo deixado à Igreja Evangélica Fluminense uma súmula doutrinária composta por 28 artigos conhecida como “Breve Exposição das Doutrinas Fundamentais do Cristianismo” e João Manoel Gonçalves dos Santos foi seu substituto no pastorado da mesma Igreja. Kalley veio a falecer em 7 de janeiro de 1888. Mesmo depois de sua morte, D. Sarah Kalley cria a Help for Brazil Mission, com o objetivo de enviar obreiros para trabalharem juntos às igrejas fundadas por Kalley. No ano de 1913, treze igrejas locais originárias do trabalho do casal Kalley se reuniram e formaram a União das Igrejas Evangélicas Indenominacionais, que mais tarde passaram a ser chamadas Congregacionais. Essas igrejam possuiam em comum a forma de governo congregacional e subscreviam como declaração de fé a Breve Exposição das Doutrinas Fundamentais do Cristianismo. A partir de 1942 as igrejas Congregacionais estiveram unidas à Igreja Cristã Evangélica do Brasil (ICEB), formando uma denominação que veio a se chamar União das Igrejas Evangélicas Congregacionais e Cristãs do Brasil (UIECCB). Esta união durou até janeiro de 1968. Em 1969 foi aprovada a nova Constituição da nova entidade que agregara as igrejas congregacionais do país – União das Igrejas Evangélicas e Congregacionais do Brasil.
