A Igreja Presbiteriana de Vila Natal começou em uma casa adaptada e alugada pela irmã Mercedes Dias da Silveira, na Rua Morango Natal, nº104, no bairro Vila Natal. E o culto que inaugurou a congregação foi realizado no dia 06 de setembro de 1997, com uma mensagem pregada pelo Rev. A congregação está com cerca de 30 membros, quando o seminarista Cláudio César Gonçalves assume os trabalhos com sua e
sposa Cássia Rejane Neves da Luz Gonçalves, em 7 de janeiro de 2001
Então, uma grande conquista acontece: a aquisição de um imóvel de 4.000 m² na Rua Darcy Lima da Glória nº08 na entrada do bairro Vila Natal. Esta aquisição é aprovada pela assembléia da igreja sede, sob a presidência do Rev. Adailton no dia 24 de junho de 2001. O culto de inauguração ocorre no mesmo mês, no dia 28; inicia-se a Congregação Presbiteriana Maranata. No ano seguinte (2002), O seminarista Cláudio César é ordenado ao sagrado ministério e no ano seguinte se torna pastor integral da congregação. A igreja sede enfrenta dificuldades financeiras em 2007, portanto a congregação passa por um momento de inquietações e procura transferir sua sede. Em 19 de outubro com a aprovação do Conselho de Pinheiros, a congregação com os seus respectivos membros e pastor é transferida para a Igreja Presbiteriana de Pinheiros, sob a presidência do Rev. No dia 28 de setembro de 2008, 141 membros da Congregação são arrolados para a futura organização da Igreja Presbiteriana de Vila Natal, sendo 93 membros comungantes e 48 membros menores. Neste mesmo dia são eleitos os oficiais da igreja, sendo 3 presbíteros: Márcio Souza de Carvalho, Zildson Souza Novais e Raimundo Oscar Moreira Carvalho; 3 diáconos: Hospírio Vieira Lima, Francisco Edmilson Batista Raulino e Valmor Tavares; com a presença do Rev. Arival e demais membros da Comissão Especial do Presbitério de Pinheiros – PPNH. Finalmente, no dia 12 de outubro de 2008, a congregação se reúne na Igreja Presbiteriana de Pinheiros, em um culto de organização, onde são instalados os 6 oficiais já ordenados e a nova igreja é entregue ao Rev. Este culto também é a celebração de um começo, pois ainda há muito a fazer.
