A segunda Igreja Batista em Perus, foi organizada como igreja, nos dia 25 de Novembro de 2000, fruto de um trabalho iniciado com crianças pela Igreja Batista Sinai anos atrás. No ano de 1997, a Igreja Batista em Morro Grande, dirigida pelo pastor Edson Plaza, assumiu o trabalho, a pedido a Igreja Sinai, que assumiu a liderança do trabalho dirigido pelo então seminarista Ivo Gomes de Almeida, hoje
pastor auxiliar da Igreja Batista em Morro Grande. O seminarista Ivo foi auxiliado neste período pelo também seminarista na época, Francisco Sales, hoje pastor desta igreja. Em 1998, o seminarista Ivo e seu auxiliar, afastaram-se da congregação, como era denominada, por decisão da Igreja mãe, e assumiu a direção do trabalho o pastor Celso Mastromauro que permaneceu até o ano de 1998. No final deste período, o trabalho que passava por um momento difícil, foi avaliado pela igreja mãe, como inviável no momento devido as constantes crises que atravessava desde tempos passados. A direção da igreja juntamente com os diáconos, nos reunimos na cidade de Campos do Jordão, para avaliar melhor e desta reunião saiu a decisão de que o então seminarista Francisco Sales, assumiria o trabalho. No segundo semestre do ano de 1999, assumiu o trabalho, juntamente com minha esposa e filhos, auxiliado pela Igreja Batista em Morro Grande, que os apoiou em todas as áreas. Pela misericórdia de Deus e a cooperação de irmãos perseverantes que já havia na congregação e a chegada de outros irmãos, que direcionados por Deus, vieram cooperar para que o bairro fosse abençoado com uma igreja batista, o trabalho começou a florescer, apesar de várias lutas enfrentadas, e vencidas. No ano de 2000, no mês de Junho, a igreja do morro grande, solicitou o concílio de ordenação do seminarista, que foi ordenado no dia 09 de Julho, visando a organização da igreja em Perus. Fato que ocorreu no dia 25 de Novembro de 2000. A partir deste momento nascia a II Igreja Batista em Perus. Nestes anos de vida como igreja, temos recebido de Deus a visão de impactar este bairro, pela pregação do Evangelho de Jesus Cristo, e pelo testemunho dos Seus discípulos, nesta localidade. Nosso alvo é contribuir para a transformação desse bairro em um lugar onde a glória de Deus possa ser vista através de uma igreja viva e verdadeira, dirigida totalmente pelo Espírito Santo.